Провинция Чинча, расположенная в сотне миль к югу от Лимы, была когда-то одной из самых населенных долин побережья. Сьеса де Леон сообщил, что к 1550 году ее население сократилось в пять раз. А Бартоломе де Вега писал, что к началу шестидесятых годов в Чинче проживало только 1000 человек. Через десять лет, по сообщениям, в Чинче осталось всего лишь 500 коренных жителей, а в Пачакамаке — всего 100. Сьеса писал и о многих других местах, где царил ужасающий упадок. Особенно это касалось долин рек Санта, Ика и Наска, а также в Парамонге, где, по его мнению, «совсем не осталось индейцев, чтобы пользоваться ее плодородием». А по словам Гарсиласо де ла Веги, население долин Лунауана и Уарку сократилось с 30 тысяч до 2 тысяч человек к 1600 году.
Некоторые наблюдатели сделали убийственные сравнения. Фернандо де Армельонес писал: «Мы не можем скрывать великий парадокс: варвар Уайна-Капак поддерживал такой великолепный порядок, что в стране царило спокойствие и все были накормлены, тогда как сейчас мы видим только бесконечную череду опустевших деревень, стоящих вдоль всех дорог королевства». Другой отчет включал в себя такую оценку: «Ясно, что раньше управление страной было лучше и полезнее, так как, когда правили Инки, численность населения постоянно росла».
Другие хронисты были встревожены той перспективой, которая ожидала Перу. Высокопоставленный иезуит Хосе де Акоста писал: «Многие считают, что то немногое индейское население, которое еще осталось, скоро исчезнет». А доминиканец Санто Томас обратился к королю с просьбой: «Если не будет отдан приказ прекратить неразбериху в управлении этой страной, ее коренное население вымрет; а когда с ним будет покончено, закончится и господство Вашего Величества над ней». Диего де Роблес также подчеркивал безотлагательность этой проблемы: «Если вымрет коренное население, стране конец. Я имею в виду ее богатство: ведь все золото и серебро, которое поступает в Испанию, добывается благодаря этим индейцам». И Родриго де Лоайса писал: «Я должен уведомить Ваше Католическое Величество, что несчастных индейцев истребляют и они вымирают. Половина из них уже исчезла, и всех остальных ждет такая же участь в течение восьми лет, если ситуацию не исправить».
Эти ужасающие примеры сокращения численности населения относились к тем районам Перу, которые в наибольшей степени подверглись испанской оккупации. Многие индейцы из прибрежных долин укрылись в горах, а в самой сьерре индейское население уменьшалось не так катастрофически. Испанские чиновники предпринимали попытки оценить, во сколько раз сократилось население в горных долинах вдоль дороги из Лимы в Вилькасуаман. Их оценки разнятся от 3,75 до 1,5 раза. Современные историки попытались подсчитать, каково было население империи инков во время конкисты. Джон Роу взял данные по пяти провинциям, в которых сохранились оценки количества населения для того времени, и на основе своего случайного выбора вывел средний коэффициент сокращения населения во всей стране в течение пятидесяти лет после завоевания Перу испанцами, который составил цифру 4. Джорджу Каблеру показалось, что население сократилось всего лишь вдвое — и все равно эта цифра оглушает. Самой точной оценкой численности населения Перу в конце XVI века является цифра около 1 800 000 человек. Если пользоваться критерием Джона Роу, то население Перу во время конкисты составило бы, таким образом, около 7 миллионов человек.