Но торговля кокой приносила слишком большие барыши. Когда Сьеса де Леон достиг Куско после поражения Гонсало Писарро, все говорили об этом чудесном растении. «Никогда еще во всем мире не было такого растения, как это, которое приносит плоды каждый год… и которое так высоко ценилось бы». Некоторые плантации коки давали до 80 тысяч песо в год, а Акоста подсчитал, что ежегодный товарооборот коки в Потоси составлял полмиллиона песо. Такое богатство вызывало появление могущественного клана защитников производств и торговли кокой, которая была единственным товаром, высоко ценившимся среди индейцев. Они доказывали, что одна только кока может побудить индейцев работать за вознаграждение и участвовать в денежных отношениях. А также они говорили, что эта торговля слишком широко развернулась, чтобы ее запрещать, и является слишком важной частью перуанской экономики. Ряд серьезных авторов считали, что употребление коки может оказаться полезным: они видели, как повышается выносливость индейцев, чье чувство голода и боли было заглушено кокаином. Но лучше всех эту проблему подытожил Эрнандо де Сантильян: «Здесь [на плантациях коки] есть одна болезнь, которая хуже всех остальных, — это безграничная жадность испанцев».
Вице-король маркиз де Каньете терпеливо относился к торговле кокой, но пытался уменьшить трудности, связанные с ее производством. Он издал указ, чтобы рабочие на плантациях коки работали только двадцать четыре дня и получали соответствующую плату. Они также должны были получать дневной рацион кукурузы, даже по воскресеньям, праздничным дням и во время пути на плантацию и обратно. Королевские указы от 1560-го и 1563 годов запрещали принудительный труд на плантациях коки, а закон от 1569 года повелевал вице-королям защищать здоровье рабочих на плантациях коки и стараться предотвращать использование коки в колдовских ритуалах. Таким образом, кока осталась частью перуанского пейзажа, хотя ее употребление в конечном счете несколько снизилось с улучшением питания туземцев.
Другой крупной отраслью, в которой требовался труд коренного населения — добровольный или принудительный — была горнодобывающая промышленность. В самом разгаре восстания Гонсало Писарро в апреле 1545 года один индеец-янакона по имени Диего Гуальпа обнаружил серебряные месторождения в Потоси, в юго-восточной части высокогорного плато Чаркас. В поисках одной из индейских усыпальниц Гуальпа вскарабкался на остроконечный холм и был сброшен на землю сильным ветром. Он обнаружил, что в руках у него зажата руда серебра, и сообщил о находке разным скептически настроенным испанцам из близлежащего горняцкого городка Порко. Он уговорил Диего де Вильяроэля, управляющего своего хозяина, изучить находку. Были открыты пять сказочно богатых серебром жил, и вскоре началась серебряная лихорадка. В течение пяти лет местные энкомендеро имели возможность разрабатывать эти жилы при помощи индейцев из этого района. Серебро располагалось близко к поверхности холма, и индейцы получали хорошее жалованье, и им даже разрешалось проводить за свой счет собственные изыскания в выходные дни. Руду очищали в индейских плавильных печах, в которых использовалась сильная струя воздуха для раздувания жара до необходимой температуры. Потоси привлекало индейцев с альтиплано (плато) возможностью добыть серебро для уплаты податей, а также потому, что ходили слухи, будто на этой высокой безлюдной горе нельзя было заразиться никакими болезнями.