В январе 1556 года Карл I отрекся от престола, и королем обанкротившейся страны стал Филипп II. Естественно, он сильно соблазнился денежным предложением и в сентябре написал в Совет по делам Индий, что он решил принять его. Он планировал создать из креолов аристократию, продавая титулы и гербы, и дать потомственным энкомендеро всю полноту власти на местах, подчиняющейся только центральным судам. Совет по делам Индий пришел в смятение. К его чести, надо сказать, что он отправил королю свое решительное осуждение этого предложения. Совет предостерег короля, что передача энкомьенд их владельцам в бессрочное владение будет на пользу только нескольким сотням энкомендеро за счет тысяч других испанцев, поселившихся в Перу; это будет означать вечное рабство для индейцев. Предоставление энкомендеро широких полномочий не соответствовало изначальному замыслу папы, подарившему королю эту страну, и было бы неосмотрительно предоставить такую власть группе беспокойных поселенцев, многие из которых участвовали в недавнем восстании. Такой решительный отпор решению нового короля был смелым поступком Совета. Филипп II позволил своим денежным затруднениям затмить человеколюбивые доводы, которые производили такое впечатление на его отца.
Оппозиция в Перу тоже росла. Группа курака собралась в Лиме в 1559 году и назначила Доминго де Санто Томаса и Бартоломе де Лас Касаса — оба они были в то время в Испании — представлять их контрпредложение королю. Они предложили великолепную взятку: на 100 тысяч дукатов
К этому времени король Филипп уже послал комиссию в Перу, чтобы расследовать со всех сторон вопрос о передаче энкомьенд в бессрочное владение. Он тайно наделил трех членов своей комиссии полномочиями решить этот вопрос положительно, если они посчитали бы это желательным, но сказал, что он предпочел бы, чтобы они прислали очень полный и подробный отчет с их рекомендациями. Защитники интересов двух сторон, Антонио де Рибера и Доминго де Санто Томас, также возвратились в Перу в 1560 году. Спор о передаче энкомьенд в бессрочное владение продолжался в течение всех шестидесятых годов XVI века. Это было буйство красноречия, оскорблений, интриг и идеализма. Король и члены его комиссии пригласили высказаться по спорному вопросу всех сановников вице-королевства; результатом этого была лавина научных трудов. В течение 1562 года члены комиссии посылали по два эмиссара, чтобы выслушивать мнения испанских граждан в Перу и индейских провинциальных вождей. Оба посланца, отправившиеся в центральные высокогорные районы, имели хорошую квалификацию: это был пылкий защитник индейцев Доминго де Санто Томас и более спокойный Поло де Ондегардо, который в это время был судьей Аудиенсии Ла-Платы.