Члены комиссии выслушали все свидетельства и составили свой доклад и рекомендации. В нем они уничижительно отзывались об индейцах, которых считали тупыми и лишенными способностей и интеллекта. «Они не знают ни способов, как им управлять собою, ни людей, которые могли бы это делать, ни желания. Они понятия не будут иметь о том, что им делать завтра, если им не отдать распоряжение». Курака могли бы взять на себя руководство, если бы энкомендеро совсем не стало бы, «и вполне можно допустить, что индейцы увидят от них больше вреда и угнетения, чем от энкомендеро». Члены комиссии высказались за объединение индейцев в более крупные общины, как это делалось инками, «чью политику в области человеческих ресурсов мы считаем очень хорошей». Индейцы в новых общинах «должны иметь органы управления — алькальдов и рехидоров, объединенных в совет, — со своими законами и порядками. Эти алькальды должны осуществлять правосудие в гражданских и уголовных делах в первой инстанции». Испытывая недоверие к духовенству и курака, признавая факты плохого обращения с индейцами со стороны многих энкомендеро и желая пополнить королевскую казну, члены комиссии рекомендовали трехсторонний компромисс. Одна треть всех энкомьенд должна была быть продана в бессрочное пользование с предоставлением права суда во второй инстанции самым достойным энкомендеро, которые, таким образом, образуют лояльную к королевской власти аристократию. Еще одна треть должна будет отойти к короне по истечении существующего срока владения при условии, что курака заплатят столько, сколько они обещали. Оставшаяся треть должна будет перейти к короне, но впоследствии ее можно будет вновь передать достойным испанцам в пожизненное владение.
Закончив свою работу, члены комиссии отплыли домой в Испанию. К сожалению, пока они плыли по Атлантическому океану, некоторые секретные документы вице-короля Ньева попали в руки жителя Перу, который плыл в Испанию на другом корабле. Из документов явствовало, что члены комиссии вступили в сговор с вице-королем и занимались далеко идущей незаконной деятельностью во время своего пребывания в Перу. Вместе с ним они получали взятки за назначение на должности, в том числе судейские, и занимались перепродажей энкомьенд, захватом и продажей земель, принадлежавших короне, а также продажей документов, подтверждающих права существующих энкомендеро на их владения. Незаконным путем они сделали себе такие огромные состояния, что начали организовывать сеть посредников, чтобы скупать контрабандный товар и нелегально перевозить его в Испанию при помощи трех сговорчивых капитанов. Такая всеохватывающая коррупция была поразительна даже для Испании XVI века. Один член комиссии умер в Перу, а двух других арестовали при высадке на берег. Один из них получил длительное тюремное заключение, а другому было запрещено работать в государственных, муниципальных и общественных учреждениях в течение нескольких лет. Король немедленно отправил лицензиата Лопе Гарсию де Кастро арестовать вице-короля графа де Ньева. Но Гарсия де Кастро достиг Перу не раньше октября 1564 года, а его намеченная жертва внезапно умерла в феврале предыдущего года.
Ньева был известным распутником, который уже заставил замолчать священников, осмелившихся критиковать его за безнравственность. Лицензиат Монсон докладывал королю, что репартимьенто в Сурко неподалеку от Лимы «было выделено для развлечения неких женщин, от которых исходит моральное разложение; оно было выделено как для них, так и для всяких третьих лиц, которые пожелают». Во вкусе графа Ньева были самые высокородные женщины, каких только можно было найти в Перу, причем многие из них были замужем. Ньева умер внезапно: выехал в полночь в своей карете, а в два часа ночи его привезли назад при смерти. Оидоры распространили официальное сообщение о том, что вице-король умер от апоплексического удара, и архиепископ Лоайса повторил это королю. Но ходили слухи, что он получил удар кинжалом от ревнивого мужа, или что «однажды ночью он был убит мешками с песком, когда был застигнут при попытке взобраться по лестнице на балкон», или что он умер «от опухоли в интимном месте». Какова бы ни была судьба Ньевы, подписанный им и членами комиссии доклад был дискредитирован вскрывшимися фактами их должностных преступлений. Вследствие этого их рекомендации относительно будущего энкомьенд были оставлены без внимания.
Король не принял заманчивых предложений энкомендеро и курака. Ряды энкомендеро постепенно редели из-за того, что умирали наследники первых энкомендеро, и они теряли свое финансовое превосходство: состояния, сколоченные разработчиками рудников и торговцами кокой, значительно превышали сельскохозяйственные подати обычных энкомендеро. Таким образом, могущество энкомендерского лобби постепенно приходило в упадок, но вопрос о бессрочном владении энкомьендами остался нерешенным, а с ним и вопрос о будущей форме правления в Перу.