Таковы были идеальные представления испанцев о переселении индейцев в новые города. Некоторые из испанцев-администраторов были не столь оптимистичны в отношении этих новых поселений. Луис де Монсон признавал, что среди индейцев-рукана, живущих около Уаманги, есть такие, «которые были переселены на расстояние от одной до двух лиг [4-8 миль] от своих бывших домов. Они постоянно жалуются, говоря, что их поля находятся в их покинутых деревнях и им приходится прилагать большие усилия, чтобы ходить туда и возделывать их». Антонио де Чавес и де Гевара высказывался более откровенно о последствиях этих действий для провинции Уаманга в целом. «Города, которые недавно были заселены, по большей части непостоянны. Из-за физического истощения, связанного с переездом в другие климатические районы и места с нездоровыми условиями жизни, находящиеся далеко от их полей, многие индейцы с позволения губернаторов и коррехидоров своего района были возвращены в свои деревни».
Хотя некоторые попытки осуществить переселение индейцев потерпели неудачу, большинство из них были успешными. Эти аккуратные чистенькие поселения сыграли важную роль в том, чтобы заставить воспоминания о временах правления Инков и об их религии поблекнуть и сделать перуанских индейцев более восприимчивыми к правлению испанцев. Бальтасар Рамирес выражал свое восхищение теми способами и энергией, с которой Толедо завершил это великое переселение всего за два года. Он назвал это «великолепно проделанной работой, имеющей огромную важность как для мирской, так и для духовной жизни».
Сам Толедо рассматривал эти переселения индейцев как необходимую прелюдию к истинному обращению их в христианство. Пока индейцы были рассеяны по удаленным хуторам и деревням, перед священником каждой энкомьенды стояла невыполнимая задача. Толедо сообщал королю: «Я обнаружил, что вероучение, которое проповедуют туземцам эти священники, пресно и сухо, и делают они это
В течение последней трети XVI века и в начале XVII церковь предприняла наступательную кампанию с целью искоренения всякой духовной оппозиции. В 1570 году Синод в Кито дал указание священникам бороться со всеми «слугами дьявола, которые препятствуют распространению нашей христианской религии. Есть известные колдуны, которые занимаются этим в союзе с дьяволом, окруженные многими суевериями. Некоторые охраняют уака и общаются с дьяволом; другие действуют как священники, выслушивают исповеди индейцев и проповедуют поклонение дьяволу». В течение этих лет велся поиск вождей, стоящих во главе туземной религии; их подвергали физическим наказаниям, сажали в колодки или заключали в тюрьму. Но эти охоты на ведьм почти никогда не заканчивались сожжением на костре или казнью, как в более поздних колониях Северной Америки. Также для священников было очень важно уничтожить бесчисленные святыни, почитаемые индейцами. Они принялись за это с апостольским рвением: Франсиско де Авила хвастался, что в течение всей своей миссионерской карьеры он лично сжег свыше 30 тысяч идолов и 3 тысячи мумий. Даже такие разрушительные действия не искоренили все языческие верования. Хуан Мелендес жаловался, что «они возвращаются к своим древним идолам, как собаки к блевотине». Анды и по сей день полны религиозных предрассудков: почти на каждом рынке, кладбище и в каждом индейском доме есть необычные предметы, имеющие магическое значение.