А тем временем энкомьенды теряли свою значимость: объем произведенной в них руками индейцев продукции и доставшихся тяжким трудом податей был незначителен по сравнению с состояниями, которые делались на рудниках и на торговле кокой. Многие энкомьенды отошли к короне после смерти их вторых владельцев. Новым угнетателем индейцев стал коррехидор, королевский чиновник, назначенный управлять владениями короны. Коррехидоры назначались только на несколько лет, поэтому они должны были наращивать темпы и делать эксплуатацию более изощренной, чтобы успеть сколотить себе состояние за срок своего недолгого пребывания на этом посту. В течение этого периода некоторые семьи энкомендеро успели приобрести документы о передаче им правового титула на земли индейцев. Собственность, полученная таким загадочным и незаконным образом, стала ядром, вокруг которого сформировались асьенды многих современных видных семей Перу.
Франсиско де Толедо критиковал гнет со стороны курака даже больше, чем гнет энкомендеро. Следом за Хуаном де Матьенсо он выражал свое резкое осуждение. «Если эти касики дурны, они побуждают толпу подражать им в том образе жизни, который обычно так плох, что его нужно увидеть своими глазами, чтобы поверить… Они устраивают пьяные пирушки и закрывают глаза на все пороки, которые процветают на них. Они побуждают поклоняться идолам и мумиям умерших и содержать наложниц — не одну, а пятьдесят или сотню. На них лежит ответственность за грабежи и тиранию, от которой страдают эти несчастные люди. Ведь если индеец платит четыре или шесть песо податей, они отнимут у него еще сорок песо сверх этого. Они обременяют несчастных бедняков податями, за исключением богатых индейцев, родственников своих любовниц и вождей низшего ранга — все они являются орудиями их злодеяний, в том числе убийств индейцев, которые не исполняют их желания».
Так как Толедо считал курака мелкими жестокими тиранами, он, естественно, издал законы, чтобы ограничить их власть. Он даже предпринимал попытки не допускать, чтобы курака занимали официальные посты в его новых городах. Но он признавал, что «индейцами нельзя править, не используя курака в качестве инструментов исполнительной власти как в мирской, так и в духовной жизни». И он полагался на курака в сборе податей и в определении норм выработки. Толедо запретил курака или другим индейцам иметь испанское оружие, играть в кости, устраивать пирушки или дарить подарки испанцам, покупать испанские товары выше определенной стоимости или путешествовать верхом на лошадях или в паланкине; исключение делалось только для больных или вождей провинций. Но он подтвердил право каждого курака и его старшего сына на освобождение от уплаты податей и личных повинностей и основал специальные учебные заведения для сыновей курака, чтобы вырастить из них образованную национальную аристократию. Он также перенял инкскую систему наследования титула касика: неспособный или нелояльный курака мог быть лишен своего поста в пользу своего сына, а его младшего сына могли выбрать в преемники, если он подавал больше надежд, чем старший.
Сначала Толедо не был уверен в том, каким образом защищать индейцев от их угнетателей. Настоятель августинцев Хуан де Виверо, который крестил Титу Куси, в 1572 году порекомендовал королю ввести в Перу должность генерального защитника индейцев, который сопровождал бы вице-короля и имел бы заместителей в каждом городе. На нем лежала бы ответственность за «защиту этих обездоленных индейцев, ибо за ними некому присматривать. Всякий, кто будет находиться на этом посту, должен пользоваться поддержкой и благосклонностью Вашего Величества и ваших посланников: ведь это будет постоянное мученичество, если он будет выполнять все, что ему положено». Толедо пытался следовать этому совету. В 1575 году он назначил генеральным защитником индейцев некоего Бальтасара де ла Круса, но перед этим он сделал этого человека протектором индейцев в Потоси и убедился в его добросовестности. Генеральный защитник индейцев стал выразителем интересов коренного населения. Он представлял на рассмотрение прошения и выступал с судебными исками от их имени, «так как индейцы не имеют права обращаться в суд». Каждую неделю он отчитывался перед вице-королем и принимал своих помощников в различных городах. Его обязанности были обычными: обеспечить, чтобы жалованье платилось правильно и чтобы энкомендеро, курака и священники не взимали незаконные поборы и не заставляли на себя работать.