Потомственные вожди завоеванных инками племен продолжали выполнять свои обязанности наряду с назначенными в центре токрикоками. Им воздавали почести и предоставляли предметы роскоши, а их дети получали образование в специальных школах при дворе в Куско. Но их полномочия были ограниченны. Большинство из них занимались только тем, что осуществляли надзор за сбором дани и отбирали кандидатов для гражданской или военной службы. Каждой провинции довелось стать свидетелем борьбы за власть между вождем племени и инкой-токрикоком, которая происходила в течение неспокойных лет после конкисты. Правители, участвовавшие в коронации Манко, уже к этому времени вернулись в свои провинции и стали заново утверждать центральную власть. В некоторых случаях они брали на себя полномочия автономных местных правителей. Но во многих частях Перу тонкая прослойка администраторов из числа инков растаяла навсегда. И до той поры, пока при помощи своей армии инки не смогли вернуть эту систему, местные вожди вновь стали по традиции править своими племенами, и начали возрождаться племенные божества.
Над самым нижним уровнем социальной структуры инков находился класс людей, известных как «янакона». Они не возделывали землю, не платили дань в общинах, но были в личном услужении у знатных инков. Некоторые из них были искусными ремесленниками; другие были полуквалифицированными рабочими, которые выполняли разную работу по приказу своего хозяина. Янакона быстро признали новых правителей Перу. Они немедленно присоединились к испанцам в качестве личных слуг. Они представляли собой бесценный источник информации для захватчиков. В обмен на их услуги испанцы продолжали освобождать их от обязанности платить дань и дали янакона возможность заняться грабежами и возвыситься за счет своих сородичей. Имея такой стимул, число не платящих дани янакона естественным образом возросло.
Инки объединили в своей империи много земель и сбалансировали ее население при помощи переселения людей. Группы колонистов с исконных территорий инков поселялись в отдаленных провинциях и образовывали там лояльное к власти ядро. Этот слой населения назывался «митмак», которых испанцы называли «митимаес». Во всей империи митимаес составляли ни много ни мало, а треть населения, часть из них была родом с исконных земель инков, другие были депортированы из различных частей страны. С падением центральной власти деревни митимаес по всему Перу превратились в обособленные общины. Теперь они стали главным орудием Манко в установлении заново власти его правителей на местах.
Менее полезными для него были общины подвластных ему племен, которые поселились в Куско. Самыми значительными из них были каньяри, эквадорское племя, которое подверглось жестокому истреблению со стороны Уайна-Капака и Атауальпы. Вождь поселившихся в Куско индейцев-каньяри приветствовал армейскую колонну Писарро, когда она приблизилась к Куско. И индейцы этого же племени, которое с таким энтузиазмом помогало Беналькасару, пошли на службу к испанцам и стали их верными союзниками в Перу. Поэтому Манко оказался в самом Куско окружен индейцами, чья верность вызывала сомнения, и большим количеством янакона, которые предательски сотрудничали с горожанами-испанцами.
Испанцы вряд ли знали о трудностях, которые переживала исполнительная власть инков. Они имели дело с местным населением только при посредничестве горстки переводчиков. Но они негласно поддерживали попытки Манко восстановить управление империей, так как они доверяли ему и предпочитали иметь дело с одним Инкой-марионеткой. Манко в свою очередь поддержал их власть и рекомендовал своим чиновникам оказывать содействие в сборе дани для испанских энкомендеро.
Манко начал строить для себя дворец в Куско, так как таков был обычай для каждого нового правителя. Для этого ему было предоставлено место на склоне горы выше главной площади, между дворцом Касана, в котором разместился Франсиско Писарро, и дворцом Уаскара под названием Колькампата, расположенном на самом возвышенном месте города под утесом, над которым возвышалась гора Саксауаман.