Ритуал вспахивания земли Инкой был одним из путей, посредством которого по всей империи насаждалась загадочность личности Инки и утверждалась его власть. Но у Инки Манко возникли некоторые трудности в установлении своей власти. Он возвысился при помощи иностранных солдат в период неразберихи в стране. Некоторые представители местной аристократии еще не были уверены в том, что время испытаний кончилось или что Манко доказал, что он самый достойный из возможных претендентов. Поэтому в конце 1534 года и в течение 1535 года обстановка в Куско на беглый взгляд была спокойной, но под внешним спокойствием скрывались трещины, расколовшие общество инков. Еще более глубокие разногласия нарастали между испанскими военачальниками, и прежде всего в отношениях между индейцами и испанцами.
Когда Манко вышел с армией из Куско вместе с Сото и, позже, с Франсиско Писарро, он оставил своего единокровного брата Паулью в качестве своего заместителя в городе. Паулью был всего на несколько месяцев моложе Манко, обоим было около двадцати лет. Положение Паулью как принца-наследника было несколько ниже, так как хотя он и был сыном Инки Уайна-Капака, его мать Аньяс Кольке была дочерью вождя Уайласа, а не принцессой королевской крови Инков. Каким-то образом Паулью удалось выжить в то время, когда Кискис пытался искоренить кусковскую ветвь королевской фамилии. Вероятно, он нашел спасение к югу от Куско в Кальяо, так как на юге он всегда пользовался большим влиянием. «Будучи сыном Уайна-Капака, он был признан правителем на всей этой земле вплоть до Чили». Паулью был разочарован тем, что испанцы выбрали Манко на пост Инки, и хотя в начале 1534 года он с помпой вернулся в Куско, ничего не предпринял, чтобы оспорить титул Манко. На самом деле он оказал Манко сильную поддержку в подавлении любых угроз его власти.
Манко питал больше подозрений в отношении своих других родственников, но его ссоры с ними были тесно связаны с расколом, который нарастал между испанскими военачальниками Франсиско Писарро и Диего де Альмагро. В декабре 1534 года Альмагро отплыл в Пачакамак, чтобы ратифицировать договор с целью избавиться от Альварадо. Писарро был рад, что вопрос с Альварадо разрешился, и послал Альмагро в глубь страны, чтобы тот заменил де Сото на посту губернатора Куско. А сам он продолжал заниматься обустройством своей новой столицы в Лиме. Такова была ситуация, когда в начале 1535 года до Перу дошли вести, что император Карл V подписал документ, дарующий северную часть империи инков Писарро, а южную часть — Альмагро. Точные детали были еще не известны — Эрнандо Писарро должен был привезти их из Испании в конце 1535 года, — но казалось возможным, что Куско останется в пределах юрисдикции Альмагро. Во всяком случае, некий Диего де Агуэро, впервые услышав этот слух, поспешил вслед за Альмагро и перехватил его в Абанкае, сообщив ему весть о том, что король подарил ему Куско. Естественно, такая двусмысленная ситуация вынудила жителей Куско встать на сторону либо Альмагро, либо двух младших братьев Писарро, Хуана и Гонсало, которые находились в городе. Альмагро привел с собой много бывших солдат из армии Альварадо, которым было ненавистно богатство уже укоренившихся здесь испанцев. Трения быстро нарастали до марта 1535 года, когда сторонники братьев Писарро почти спровоцировали открытое применение силы. Они вооружились, укрепились во дворце Инки вместе с артиллерией и, «бесчестно появившись на площади, были на грани того, чтобы начать перебранку».
Хуану Писарро едва успели помешать ударить Эрнандо де Сото, который, как ему показалось, слишком уж симпатизировал Альмагро. Королевский чиновник Антонио Тельес де Гусман выступил в роли посредника, пригрозив обеим сторонам суровым наказанием. «Ибо, — как он написал королю, — если бы христиане стали воевать друг с другом, индейцы напали бы на тех, кто уцелел». Губернатор Франсиско Писарро поспешил на юг, чтобы попытаться уладить взрывоопасную ситуацию.
В конце мая 1535 года Писарро достиг Куско и немедленно принялся искать решение многочисленных проблем. Он начал вести переговоры о соглашении со своим старым партнером Диего де Альмагро. Маршал Альмагро должен был возглавить большую экспедицию, отправлявшуюся исследовать Чили, которая — и это не вызывало сомнений — находилась в южном районе, относившемся к его юрисдикции. Писарро оказал значительную финансовую помощь этому предприятию. Очевидно, он надеялся, что Чили окажется достаточно богатой страной, которая удовлетворит Альмагро и его последователей. Сото предложил огромную сумму за то, чтобы быть его заместителем в экспедиции, но Альмагро предпочел Родриго Оргоньеса. Приготовления к этому большому завоевательному походу на оставшуюся третью часть империи инков успокоили бушевавшие в Куско страсти, поглотив большую часть энергии и захватив воображение беспокойных вояк.