Совет по делам Индий по опыту знал, что когда колониальные чиновники получают распоряжение проводить в жизнь непопулярные законодательные акты, они склонны выжидать и находить отговорки для уклонения от исполнения. Чтобы обеспечить проведение в жизнь законов в такой критической ситуации, в 1544 году они отправили специальных эмиссаров в каждый из главных центров, где находились правительства колоний, с полномочиями сместить с занимаемых должностей неподчиняющихся или коррумпированных чиновников. В Новой Испании visitador
(инспектор) Тельо де Сандовал имел здравый смысл и проконсультировался с Мендосой, который быстро убедил его в опасности ситуации. Он согласился отложить проведение расследования, и ответы на его вопросы представителей всех классов испанцев, включая миссионерское духовенство, продемонстрировали поразительное единогласие. Повиновение особенно доминиканцев дает яркое впечатление о страхах испанской общины, насчитывавшей всего несколько тысяч человек, окруженной индейцами, которые почти совершенно потеряли страх перед оружием европейцев, набивались до отказа в испанские поселения и реально контролировали большую часть поставок продовольствия колонии. Все истцы сходились на том, что без encomiendas поселенцы разбегутся или умрут с голода. В Перу события развивались по совершенно другому пути. Там не существовало никакой постоянной королевской администрации. Был назначен первый вице-король и создана audiencia Лимы на этот раз с четким приказом претворять в жизнь Новые законы. Слепая приверженность Бласко Нуньеса полученным указаниям, как мы уже видели, спровоцировала вооруженное восстание Гонсало Писарро, в котором был убит сам вице-король. Это было первое крупное открытое восстание испанцев в Новом Свете. Ответ на него мог быть только один: безжалостное подавление и казнь его руководителей. Военное искусство Педро де ла Гаска, а также страхи и раздоры среди восставших сделали это возможным в 1548 году. Тем временем сам факт восстания укрепил решимость короны осуществить свою волю. Вместо того чтобы отозвать свои непопулярные указы ввиду оказанного сопротивления, как это было в предыдущих случаях, Совет по делам Индий стал искать тот минимум уступок, чтобы Новые законы можно было претворить в жизнь, не принося в жертву никакие основные принципы. Результаты были воплощены в ряде указов 1545–1549 годов. Законы о рабстве индейцев должны были остаться и были приведены в исполнение в течение последующих нескольких лет, по крайней мере в Новой Испании и Гватемале. Encomiendas, с другой стороны, снова были разрешены, но с существенной разницей: encomenderos должны были получить право только на подати своих индейцев, которые в то время обычно принимали форму традиционно установленного количества кукурузы, домашней птицы, хлопковых тканей или какао. Им было запрещено требовать от индейцев любой труд или заявлять свои права на какую-либо власть. Таким образом сохранялись главные принципы личной свободы индейцев и непосредственной власти короны над ними, в то время как «старым завоевателям» и их потомкам был обеспечен доход с учетом их прошлых заслуг и нынешней воинской обязанности. Такое положение дел с незначительными изменениями существовало много лет. В пожизненном наследовании encomienda – хотя о нем часто просили – постоянно отказывали. Только в редких и особых случаях делались исключения. Две дочери Монтесумы получили индейские города в бессрочное пользование в качестве encomienda, но титул маркиза у Кортеса был единственной бессрочной наследуемой encomienda, которую когда-либо даровали испанцу в Индиях.