Правление Беназир также характеризовалось резким ростом коррупции в стране. При этом в коррупционных скандалах нередко упоминалось имя мужа премьер-министра, получившего прозвище «господин десять процентов» – якобы он всегда требовал от инвесторов именно десять процентов от вложений. Скандал принял почти международный размах, так как обвинения в адрес Асифа Али Зардари выдвигали правоохранительные органы не только Пакистана, но и Великобритании с Швейцарией. В этот период Бхутто часто выезжала за пределы страны, избегала дебатов в парламенте и принимала произвольные и непродуманные решения. Пакистан раскололся на два непримиримых лагеря – сторонников премьера и последователей погибшего диктатора Зия-уль-Хака, над страной постоянно висела угроза полномасштабной гражданской войны. Собственная семья Беназир не поддерживала ее. Стали регулярно пропадать или умирать видные политики, неугодные правящему режиму. Эти обвинения закончились тем, что в середине 1990 года президент Гулам Исхак Хан отправил правительство Беназир Бхутто в отставку.
В 1993 году на очередных выборах Бхутто одерживает победу под лозунгом борьбы с коррупцией и бедностью. Общее количество голосов, полученных Пакистанской народной партией (ПНП), оказалось меньше, чем у главного соперника – Мусульманской лиги, поэтому для формирования правительства Бхутто образовала коалицию с партиями консервативного толка. В ноябре из эмиграции вернулся ее брат – Муртаза, который потребовал уступить ему руководство партией. Раздоры в семействе Бхутто сказались на единстве партии. Муртаза возглавил отколовшееся крыло Пакистанской народной партии – с одобрения их матери, считавшей, что семейным политическим делом должен руководить мужчина. Однако по прибытии в Карачи Муртаза был арестован по обвинению в терроризме, но был освобожден под залог в июне 1994 года.
Став во второй раз премьером страны, Бхутто начала ряд масштабных реформ в стране. Она национализировала нефтяные месторождения и развернула финансовые потоки на осуществление социальных программ. В результате предпринятых ею реформ безграмотность среди населения страны снизилась на одну треть, был побежден детский недуг – полиомиелит, в бедные села и деревни проведены электричество и питьевая вода. Кроме того, она сделала бесплатными здравоохранение и образование и увеличила государственные расходы на них. За период ее правления многократно вырос объем внешних инвестиций, темпы экономического развития Пакистана были более высокими, чем в соседней Индии.
Эти реформы Беназир Бхутто были по достоинству оценены не только народом Пакистана, где она стала объектом фанатичного поклонения, но и за пределами страны. В 1996 году она была внесена в Книгу рекордов Гиннесса как самый популярный международный политик, ей была присуждена почетная докторская степень Оксфордского университета, французский орден Почетного легиона и множество других наград. Во внешней политике Беназир Бхутто демонстрировала независимость – она продолжила финансирование программы создания ядерного оружия, с помощью афганского движения «Талибан» перекрыла оживленную наркоторговлю и даже пошла на сотрудничество с Россией, освободив российских солдат, находившихся в плену со времен войны в Афганистане.
И если во время второго премьерства Беназир Бхутто преуспела в социальной и международной политике, то коррупция в эти же годы в Пакистане приобрела еще больший размах. В частности, муж Бхутто, Азиф Али Зардари, был вновь обвинен в получении взяток. Брат Бхутто, выступавший за тщательное расследование этого дела, был убит в Карачи во время странной перестрелки с полицией. В его убийстве был обвинен муж Бхутто и сама Беназир. Популярность Бхутто в народе падала, а влияние исламских фундаменталистов росло. Чета Бхутто-Зардари жила в роскошном дворце из розового мрамора, Беназир держала экзотических диких зверей и кормила их деликатесами, а ее муженек закатывал грандиозные вечеринки и играл в гольф позолоченными клюшками – и это тогда, когда каждый третий пакистанец недоедал!
На выборах 1997 года ПНП потерпела сокрушительное поражение, получив всего 17 мест из 217. В начале 1998 года Бхутто, ее мужу и матери были предъявлены официальные обвинения в коррупции, их счета в британских и швейцарских банках были заморожены, а в конце 1999 года к власти пришли военные во главе с Первезом Мушаррафом, что еще больше усугубило положение.
Бхутто были предъявлены обвинения в финансовых махинациях и организации заказных убийств, и она была вынуждена покинуть страну. Ее муж провел более пяти лет в тюрьме по обвинению во взяточничестве, пока она с тремя детьми жила в Дубае. Туда же после освобождения в 2004 году приехал и ее супруг. Большую часть времени Бхутто проводила в Лондоне и Дубае, выступала по всему миру с лекциями и поддерживала контакты с руководством ПНП.