В 2001 году в Пакистане была принята поправка к конституции, запретившая одному и тому же лицу занимать пост премьер-министра более двух раз, что было воспринято многими как попытка Мушаррафа обезопасить себя от конкуренции со стороны Бхутто в случае проведения демократических выборов. В том же году Верховный суд Пакистана назначил новый процесс над Бхутто – это означало приостановку действия приговора, вынесенного в 1999 году. Беназир была приговорена к трем годам тюремного заключения за неявку в суд, что послужило основанием для отказа Бхутто в регистрации как кандидата на парламентских выборах 2002 года. В 2003 году суд Швейцарии признал Бхутто и ее мужа виновными в отмывании денег и приговорил их к 6 месяцам тюрьмы с отсрочкой исполнения наказания (банковские счета Бхутто были заблокированы Швейцарией по просьбе Пакистана еще в сентябре 1997 года).
В начале 2007 года в Абу-Даби состоялась первая личная встреча Беназир Бхутто и президента Пакистана Первеза Мушаррафа в целях налаживания контактов. Президент Мушарраф подписал указ о предоставлении ей и другим оппозиционным деятелям амнистии от обвинений в коррупции: военные круги Пакистана считали ее своим союзником в борьбе за изоляцию религиозных сил и исламистских военизированных группировок. 18 октября 2007 года Беназир Бхутто вернулась на родину после 8 лет вынужденной эмиграции. Во время следования кортежа в толпе встречавших ее сторонников прогремело два взрыва. Более 130 человек погибли, около 500 получили ранения… Сама Беназир не пострадала, но было ясно: Черной Розе вручили черную метку.
Прежде «Аль-Каида» и «Талибан» не раз угрожали устроить масштабные теракты, как только Бхутто ступит на пакистанскую землю. Однако наиболее вероятными организаторами теракта считают радикальных последователей Муххамада Зия-уль-Хака.
Упрямая Беназир решила не сдаваться и баллотироваться на новый премьерский срок. Парламентские выборы в стране намечены на январь 2008 года, и Беназир рассчитывала на победу. По закону пост премьер-министра нельзя занимать более двух раз. Бхутто была премьером как раз дважды. Однако многие аналитики считали, что президент страны Первез Мушарраф, подписавший в октябре соглашение с бывшей изгнанницей, пойдет на отмену запрета. Кандидатуру Бхутто поддерживали и США – именно официальный Вашингтон выступил инициатором возвращения Бхутто на родину и в большую политику.
3 ноября 2007 года президент Пакистана Первез Мушарраф ввел в стране чрезвычайное положение, необходимость которого объяснил «разгулом терроризма и экстремизма», поставившим под угрозу суверенитет государства, а также «саботажем деятельности» президента со стороны судебной власти». Действие конституции и работа судов на время чрезвычайного положения были приостановлены. Бхутто резко высказала свое мнение: введение чрезвычайного положения в Пакистане объясняется попытками властей укрепить в стране нынешний режим и предоставить Мушаррафу неограниченные властные полномочия. 9 ноября представители правоохранительных органов Пакистана при поддержке бронетанковой техники не позволили экс-премьеру покинуть свой особняк в Исламабаде и выступить с речью на митинге. На следующий день Беназир Бхутто была освобождена из-под домашнего ареста. Однако через несколько дней, 13 ноября, Бхутто вновь была помещена под домашний арест сроком на 7 дней и освобождена только через три дня – 16 ноября. Арест был произведен после заявления Бхутто, в котором она призвала президента страны Первеза Мушаррафа уйти в отставку и заявила о том, что исключила для себя возможность работать под его руководством в новом правительстве. Беназир Бхутто назвала президента Пакистана «препятствием на пути демократии» и подчеркнула, что его отставка необходима для «спасения Пакистана».
Через два месяца после первого покушения, 27 декабря 2007 года, Бхутто вновь стала жертвой террористического акта. В городе Равалпинди, где она выступала в районе парка Лиагат Багх на митинге перед своими сторонниками, все ликовали, скандировали приветственные лозунги, заранее праздновали победу. Ничто не предвещало беды. И вдруг к Беназир подошел 15-летний подросток, выхватил пистолет, выстрелил ей в шею и грудь, а потом подорвал на себе пояс шахида. В момент нападения Бхутто находилась в окружении охранников в бронежилетах, но на ней самой для большего изящества бронежилета не было. В ходе этого теракта погибло более 20 человек, а Беназир с тяжелыми ранениями была доставлена в больницу, где вскоре не приходя в сознание скончалась на операционном столе.
Разгневанные сторонники Беназир Бхутто стали зачинщиками уличных беспорядков в Карачи и других городах страны. В своей последней речи накануне покушения Беназир Бхутто сказала: «Я подвергаю свою жизнь опасности, потому что наша страна находится в опасности. Люди обеспокоены. Но все вместе мы вытянем страну из кризиса!»