В 1900 году, благодаря деятельности Тифлисского миссионерского братства, в одном из самых неблагоустроенных районов Тифлиса, населенного сектантами, открылись три церковноприходские школы, в которых училось до трехсот человек. Вскоре число школ возросло до восьми. Заведующим школами был поставлен отец Иоанн. Он не только руководил занятиями, но и совершал богослужения (сначала в классах, а затем в устроенной его усилиями домовой церкви), а также проводил беседы о воспоминаемых Церковью лицах и событиях, о поведении в храме, в школе и дома. Число учащихся через несколько месяцев достигло пятисот человек, двадцать процентов из них составляли дети сектантов. «Пусть они сближаются с Православной Церковью, — писал отец Иоанн, — пусть видят любовь к ним и заботливость о них. Не может быть, чтобы потом на любовь они не ответили любовью».
В декабре 1900 года Святейший Синод утвердил отца Иоанна в должности Наблюдателя церковноприходских школ и школ грамоты Грузинской епархии с возведением в сан протоиерея.
Среди множества трудов в должности руководителя церковношкольного дела в Грузинском Экзархате отец Иоанн находил силы и время участвовать в жизни общественных организаций. 18 декабря 1903 года он был избран членом Кавказского отдела Императорского Русского географического общества. В том же году утвержден секретарем Тифлисского отдела Православного Императорского Палестинского общества. Кавказское окружное управление Красного Креста 25 января 1905 года присваивает ему звание пожизненного члена Общества и избирает членом Комитета Кавказского окружного Управления Красного Креста.
Отмечены наградами и священнические труды отца Иоанна. Святейший Синод 6 мая 1904 года наградил его палицею.
Дважды обер–прокурор Святейшего Синода посылает его в ответственные командировки: 16 декабря 1904 года на Северный Кавказ (в Ставропольскую и Владикавказскую епархии) для обозрения инородческих церковноприходских школ и для ознакомления с делами местных Епархиальных Училищных советов, а 6 июля для выявления нужд и положения Ардонской Духовной семинарии[29]
. Протоиерей Иоанн вновь безупречно выполнил порученные ему дела. По особому представлению Святейшего Синода от 27 августа 1905 года «Всемилостивейше сопричислен за отлично–усердную и полезную службу к ордену Святой Анны 2–й степени». За два дня до этого указа о награждении обер–прокурор Святейшего Синода направил его в продолжительную и крайне трудную поездку для ознакомления с нуждами духовно–учебных заведений Иркутской, Забайкальской и Приамурской епархий.Особо значимым в жизни отца Иоанна был день 25 января 1906 года. Указом Святейшего Синода он назначается на должность проповедника–миссионера. Начинается последний — московский — период его жизни. Протоиерею Иоанну было тогда 42 года. Яркие и многообразные дарования, соединившись с опытом жизни, созрели для новых выдающихся трудов. Богатые силы своей незаурядной личности он всегда отдавал служению любимой им Церкви. «В Церкви наше спасение, — писал он. — В Церкви — мир, радость, счастье и жизнь; без нее не стоит работать, не к чему стремиться, без нее — скажем дерзновенно — не стоит жить, ибо бессмысленно жить. Итак, будем в послушании Церкви. Пусть послужит нам в этом руководством прекрасное слово древнего библейского мудреца:«Подставь послушанию плечо твое и, неся его, не тяготись узами его. Путы его будут тебе крепкою защитою, и цепи его славным одеянием (см. Сир. 6, 30—31).
Последние двенадцать лет жизни были отданы отцом Иоанном Восторговым святому делу миссионерского служения. Его кипучая энергия, блестящий дар слова, творческий ум и высокое чувство долга вполне соответствовали требованиям этого важнейшего общецерковного дела.
25 августа 1906 года митрополит Московский Владимир (Богоявленский), как Председатель Всероссийского Миссионерского общества, ввел отца Иоанна в состав Совета Общества. Трудился он и в миссионерском Братстве Св. Петра Митрополита, членом Совета которого был назначен еще 25 января 1906 года.
Святейший Синод также возложил на отца Иоанна ряд ответственных поручений. С 1 июня 1906 года он — член Предсоборного Присутствия при Святейшем Синоде. В сентябре 1906 года он посещает Самарскую и Симбирскую епархии, знакомясь с состоянием там церковных школ. В августе 1907 года участвует в работе Миссионерского съезда в Нижнем Новгороде. 22 августа 1907 года обер–прокурор Святейшего Синода посылает его в командировку для изучения состояния миссионерского дела в 24–х епархиальных городах: Твери, Рязани, Тамбове, Воронеже, Ярославле, Вологде, Вятке, Калуге, Казани, Ставрополе, Харькове, Туле, Орле и др.
6 декабря 1906 года отец Иоанн был награжден митрой.