Горячая ревность отца Иоанна Восторгова о благе святой Церкви, мужественная защита православия от клеветы, искренняя любовь к царю и, несомненно, активное участие в патриотических организациях навлекали на него нападки тех, кто, напитавшись «прогрессивными» идеями, испытывал явную или скрытую вражду к православию и вековым отечественным традициям. «Тяжкая тревога закрадывается в сердце при виде этой зияющей бездны ненависти, окружающей Церковь и истинно церковных людей, — писал отец Иоанн. — Мы видим опасность: все эти рассуждения, таящие ненависть к Церкви, однако прикрытые и замаскированные общелиберальными и прогрессивными фразами то о свободе, гуманности и прочих приманках современности, то о свободе и силе самой Церкви, делают свое пагубное дело».
Отец Иоанн, все свои колоссальные силы и время отдававший церковному делу, почти не участвовал в полемике. На выпады против себя отец Иоанн старался не отвечать. Лишь однажды, когда Н. Н. Дурново выпустил брошюру, в которой отца Иоанна Восторгова обвиняли в блуде и присваивании казенных денег, он выступил с опровержением. Упомянутое сочинение и аналогичные публикации побуждают задуматься об умственном и душевном здоровье авторов. Так, Дурново писал: «Русская революция выдвинула чуть не на высоту расстриг: архимандрита МихаилаЖидовина, попа Георгия Гапона, Огнева, Тихвинского, Бриллиантова, Григория Петрова и о. Иоанна Восторгова». В своем опровержении отец Иоанн писал: «Полагаю, что для многих и, особенно, для меня — совершенная новость, что я будто бы»расстрига». Кто и когда и за что с меня снял сан и расстриг, не знаю и не помню. Но я ведь состою на службе, совершаю богослужения, проповедую, имею должность при Святейшем Синоде, получаю различные поручения, и в формуляре у меня не значится, что я лишен сана».
Ложные печатные обвинения, несмотря на их фантастичность, подхватывали недоброжелатели и распространяли повсюду. В проповеди, произнесенной 24 августа в станице Ново–Александровской, в которой прошло детство отца Иоанна, он говорил: «Вы знаете, что по рассказам ваших смутьянов, усердно распространяемым здесь, на моей родине, и я будто бы за что‑то сослан в Сибирь, совершал преступления, убил жену, бежал даже в Америку. Все это клевещут за то одно, что я остался верен долгу и присяге, Богу, Царю и отечеству и, как ныне перед вами, везде, куда Бог привел меня учить, я обличал смутьянов, бунтовщиков и лжеучителей. Но вы видите, вот я пред вами, не сослан, не обвинен и не был никогда и никем обвиняем в преступлениях». С сожалением нужно признать, что и среди людей, находившихся в церковной ограде, в том числе священников, были те, кто, поддавшись настроениям социально–общественного обновления или будучи теплохладными в вере, питали к отцу Иоанну неприязнь.
Он глубоко печалился от этого, но утешался тем, что люди, которые его знали и были едины в общем деле служения Церкви, его горячо любили. Принимая в августе 1912 года по завершении пастырско–миссионерских курсов в дар Албазинскую икону Божией Матери, он сказал: «Святыня эта будет знаком нашего духовного с вами общения. Ведомо вам и то, что мне приходится идти часто над зияющей бездной ненависти человеческой. Страшно заглядывать в нее, и нередко сердце сжимается от боли и естественных страхований. В эти минуты ваш святой дар будет у меня перед глазами — укреплением и утешением. Он мне будет говорить о том, что на пути моем встречал я не одних врагов, но встречал и друзей, не одну ненависть, но и любовь».
Указом Святейшего Синода от 16 февраля 1908 года отец Иоанн Восторгов был назначен членом Особого Совещания при Святейшем Синоде о миссионерском деле для разработки мер к наилучшему устроению внутренней и внешней миссий и к оживлению их деятельности.
1909 год прошел для отца Иоанна, как и предшествующий, в напряженных делах и многотрудных поездках. Митрополит Московский Владимир утверждает его 4 января в звании Товарища Председателя Братства Воскресения Христова в Москве.
В конце 1909 года Государь Николай Александрович поручает ему совершить поездку по восьми переселенческим епархиям (включая Владивостокскую) для определения порядка открытия в них новых приходов и школ, построения церквей и школьных зданий. Святейший Синод сделал эту поездку еще более насыщенной, поручив отцу Иоанну: 1) обозрение состояния и дел Пекинской духовной миссии в Китае; 2) рассмотрение на месте вопроса о епархиальном управлении церквами Северной Манчжурии в связи с возникшими разногласиями между Пекинским и Владивостокским епархиальными начальствами; 3) обозрение духовных семинарий, духовных мужских и женских епархиальных училищ в восьми епархиях Зауралья. Кроме того, Совет Православного Миссионерского общества поручил ему ознакомиться с состоянием миссионерского дела в Японии и Корее с обозрением местных миссионерских учреждений.