Батюшка постригал очень избирательно. Постепенно подготавливал человека, тщательно выбирал имя и всегда говорил:«Так как вы без стен монастырских и без одежды монастырской, надо менять вам имя в рясофоре, чтобы у вас был новый предстатель, чтобы вы чувствовали страх перед своим новым святым и радость, что у вас есть новый заступник». Батюшка хотел, чтобы новая жизнь была более реальна и ощутима в условиях монашества без стен и одежды…
«Батюшка, — бывало, спрашивал его кто‑нибудь, — и Вы не устаете с народом?» — «Нет, — односложно ответит он, — никогда не устаю». — «Батюшка, а Вы не боитесь, — к Вам ведь приходят люди всяких профессий: и ученые, и инженеры, и артисты — как Вы им ответите на все их вопросы?«Здесь уж батюшка молчал или только улыбался.
Он говорил мне позднее, что перед тем, как принимать народ, он всегда читал молитву о том, чтобы ему говорить людям не свои слова, а то, что угодно Богу и что им может пойти во спасение.«Прочту молитву, — говорил батюшка, — и бываю всегда покоен».
Служение батюшки душам человеческим было глубоко самоотверженным. Когда человеку трудно давалось откровение, батюшка готов был положить последние свои силы.«Я готов всю ночь сидеть, — говорил он, — лишь бы ты все мне до конца открыл».
Батюшка требовал очень усердного исполнения послушания в церкви, у кого оно было, требовал не только честного, но даже ревностного отношения к светским служебным обязанностям, вменяя их во святое послушание. И жизнь наполнялась до краев. Протекая в тех же внешних формах, она получала вдруг иное содержание, все делалось теперь уже во имя Бога и ради Бога — так учил батюшка. Не было великих и малых дел, так как во всем батюшка учил хранить свою совесть. Он не мог спокойно относиться к тому, когда люди делали что‑то спустя рукава, и любил во всем порядок.
Все годы службы в Боголюбском храме батюшка еще ходил пешком к себе на Троицкую, правда, уже с провожатым — батюшка как бы падал вперед, его надо было поддерживать — иногда же вынужден был брать извозчика.
Большая загруженность делами наместника монастыря, а еще более — обременение народом, которого становилось все больше и больше, понуждали батюшку в летнее время искать хотя бы малого отдохновения в тишине под Москвой. Ему было необходимо почитать духовные книги, побыть наедине с Господом.
Летом 1927 года появилась такая возможность. В Загорянском (под Москвой, по Северной железной дороге) в небольшом домике над рекой поочередно жили владыка и батюшка…
В Загорянском батюшке пришла мысль устроить скит в Москве, там, где жили старшие сестры, чтобы тем самым положить начало своему городскому монастырю. Насельницами скита становились мать Евпраксия и мать Ксения, во главе со старшей монахиней Евфросинией. Икона Божией Матери»Знамение»освящала тогда комнаты загорянской дачи. Батюшка и благословил учреждаемый скит этой святой иконой, назвав его»Знаменским».
По мысли батюшки, в скиту должны были находить приют, духовный и телесный отдых все сестры, которые вступали на путь иноческой жизни. Таких, вместе с живущими в скиту постоянно, было уже семь человек…
Батюшка очень любил скит, хотя по болезни ему было трудно часто туда подниматься. Это был чердак. высокого семиэтажного дома, стоящего к тому же на высокой горке. Скит находился в Печатниковом переулке на Сретенке, недалеко от Петровского монастыря. Когда батюшка объяснял путь в скит, он говорил:«Сначала будет широкая лестница — это мир, а потом узенькая дорожка на чердак — это монашеский путь: там и дверь скита»».
Летом 1929 года храм во имя Боголюбской иконы Божией Матери был закрыт и братия Петровского монастыря перебралась в храм преподобного Сергия Радонежского на Большой Дмитровке.
В это время болезнь отца Агафона усилилась и ему стало трудно возвращаться к себе на Троицкую между утренней и вечерней службой. Бедная вдова, которую звали Александра, — она работала дворником и жила неподалеку от храма, — предложила ему свою комнату для отдыха. Александра устроила маленькую нишу, в которой отец Агафон мог полежать и отдохнуть между службами. Когда приходили духовные дети отца Агафона, то она им служила за столом. Впоследствии отец Агафон постриг ее в рясофор и назвал в честь преподобного Иоанна Многострадального. Она скончалась в больнице не старой еще женщиной до ареста отца Агафона.
Рождественским постом 1929 года здоровье отца Агафона резко ухудшилось, и он подал прошение архиепископу Филиппу (Гумилевскому), викарию Московской епархии, о пострижении в схиму. 30 января в день памяти игумена Германа (Гомзина) во Владимирском приделе храма преподобного Сергия Радонежского архимандрит Агафон был пострижен в великую схиму с именем Игнатий в честь священномученика Игнатия Богоносца и в память святителя Игнатия (Брянчанинова), труды которого он издавна и глубоко полюбил.