Профессор Иван Васильевич Попов был автором текста обращения православных епископов к правительству СССР, известного как «Памятная записка соловецких епископов», которое было принято всеми заключенными в Соловецком концлагере архиереями. В этом обращении подробно описывались идейные различия между идеологией коммунизма, принятой советской властью за государственную доктрину, и церковным мировоззрением и каковы сложившиеся на тот момент отношения между Церковью и государством; в нем отмечались общие принципы взаимоотношений между Церковью и государством, основанные на признании закона об отделении Церкви от государства. В этом обращении, в частности, говорилось: «Православная Церковь не может по примеру обновленцев засвидетельствовать, что религия в пределах СССР не подвергается никаким стеснениям и что нет другой страны, в которой она бы пользовалась полной свободой. Она не скажет вслух всего мира этой позорной лжи, которая может быть внушена только или лицемерием, или сервилизмом, или полным равнодушием к судьбам религии, заслуживающим безграничного осуждения в ее служителях… Свое собственное отношение к государственной власти Церковь основывает на полном и последовательном проведении в жизнь принципа раздельности Церкви и государства. Она не стремится к ниспровержению существующего порядка и не принимает участия в деяниях, направленных к этой цели; она никогда не призывает к оружию и политической борьбе; она повинуется всем законам и распоряжениям гражданского характера, но она желает сохранить в полной мере свою духовную свободу и независимость, предоставленные ей конституцией, и не может стать слугой государства…
В Республике всякий гражданин, не пораженный в политических правах, призывается к участию в законодательстве и управлении страной, в организации правительства и влиянию, в законом установленной форме, на его состав… Церковь вторглась бы в гражданское управление, если бы, отказавшись от открытого обсуждения вопросов политических, стала влиять на направление дел путем пастырского воздействия на отдельных лиц, внушая им либо полное уклонение от политической деятельности, либо определенную программу таковой, призывая к вступлению в одни политические партии и к борьбе с другими. У каждого верующего есть свой ум и своя совесть, которые должны указывать ему наилучший путь к устроению государства. Отнюдь не отказывая вопрошающим в религиозной оценке мероприятий, сталкивающихся с христианским вероучением, нравственностью и дисциплиной, в вопросах чисто политических и гражданских Церковь не связывает их свободы, внушая им лишь общие принципы нравственности, призывая их добросовестно выполнять свои обязанности, действовать в интересах общего блага, не с малодушной целью угождать силе, а по сознанию справедливости и общественной пользы…
Если предложения Церкви будут признаны приемлемыми, она возрадуется о правде тех, от кого это будет зависеть. Если ходатайство будет отклонено, она готова на материальные лишения, которым подвергается, встретит это спокойно, памятуя, что не в целости внешней организации заключается ее сила, а в единении веры и любви преданных ей чад ее, наипаче же возлагает свое упование на необоримую мощь ее Божественного Основателя и на Его обетование о неодолимости Его Создания».
Протоиерей Михаил Польский, вспоминая, как обсуждалось и принималось это обращение к правительству, писал: «В день отдания Пасхи, 26 мая 1926 года, в монастырском кремле Соловецкого острова, в продуктовом складе лагеря заключенных, собрались по возможности все заключенные здесь епископы для заслушания доклада другого узника, профессора Московской Духовной академии Ивана Васильевича Попова. Складом продуктов и их раздачей заключенным заведовал игумен из Казани отец Питирим Крылов, имевший группу сотрудников из духовенства… Отец Питирим предоставил епископам свое помещение для секретного совещания, которое и приняло так называемую»Памятную записку соловецких епископов», должную быть представленной на усмотрение правительства…
Иван Васильевич Попов, благочестивый старец–аскет, профессор святоотеческой литературы, автор ценнейших печатных трудов, при составлении»Записки»руководился указаниями старшего среди архиереев на Соловках архиепископа Евгения [69]
. С ним он по преимуществу совещался, но до общего собрания епископов читал»Записку»и небольшой группе епископов и духовенства, подвергая ее многосторонней критике…»4 ноября 1927 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило Ивана Васильевича к трем годам ссылки, и он был отправлен в ссылку на реку Обь под Сургут.