По показаниям, данным на следствии арестованным архиепископом Варфоломеем, на этих встречах говорилось о том, что Русская Церковь находится в крайне тяжелом положении. Архиепископ Николай (Добронравов), высказывая недовольство позицией митрополита Сергия, говорил, что, «вместо того чтобы, как это подобает главе Церкви, защищать ее интересы», тот «ведет соглашательскую линию в отношении советской власти» и тем самым ухудшает положение Церкви. Архиереи с ним согласились.
По одному делу с архиепископом Варфоломеем в феврале 1935 года было арестовано двадцать два человека. 21 февраля 1935 года Иван Васильевич был арестован. 26 февраля следователь допросил профессора.
— Где состоялась встреча с митрополитом Арсением в 1934 году?
— Я был у него на даче в Пушкино.
— Я имею в виду другую встречу с Арсением.
— Другая встреча имела место на квартире архиепископа Ремова во Всехсвятском осенью 1934 года.
— Кто там был еще?
—Помимо митрополита Арсения, архиепископа Варфоломея и меня, там был еще архиепископ Николай.
— Предшествовала ли этой встрече предварительная договоренность?
— Да, предшествовала.
— Какие вопросы тогда и в 1935 году на этих встречах обсуждались?
— Вопросов никаких не обсуждалось, были разговоры чисто житейские.
— Вновь настаиваю на правдивых ответах. Я располагаю данными, что эти встречи были по своему характеру совещаниями, на которых обсуждалось положение Церкви в СССР.
— Я это отрицаю.
—Как же вы это отрицаете, когда на этих совещаниях, участником которых вы являетесь, всеми присутствующими констатировалась гибельность для Церкви линии, проводимой митрополитом Сергием.
— Я повторяю, что этих вопросов мы не касались.
На этом допросы были окончены. 26 апреля 1935 года Особое Совещание при НКВД СССР приговорило Ивана Васильевича Попова к пяти годам ссылки в Красноярский край. Во время обыска сотрудники НКВД забрали у него некоторые предметы, не имевшие отношения к следствию, и Иван Васильевич, приехав на место ссылки в деревню Волоковское Пировского района Красноярского края, 28 ноября 1935 года отправил заявление в НКВД, в котором писал: «При моем аресте 22 февраля сего года в моей квартире… у меня были отобраны… 12 столовых серебряных ложек, 8 чайных серебряных ложек, одна десертная серебряная ложка, золотой нагрудный крестик, две сберегательных книжки с остатком по 5 рублей каждая, одна торгсиновская книжка с остатком на 12 рублей 20 копеек и две столовых ложки белого металла… альбом с семейными фотографиями, альбом с фотографическими видами моей родины, мое сочинение в рукописи под заглавием «Дидим Слепой» и документах: справка из Московского университета о продолжительности моей службы в нем в качестве профессора и два удостоверения о моей службе в философском исследовательском институте, состоявшем при 1–ом Государственном университете…
Прилагая при сем доверенность на имя»Помощи Политическим Заключенным», прошу НКВД выдать этому учреждению для возвращения мне как перечисленные ценности, так и перечисленные предметы, взятые для следствия. При этом считаю необходимым объяснить, что не могу представить квитанции на отобранные у меня ценности, которая была выдана мне на руки при переводе меня из изолятора НКВД на Лубянке, куда я был доставлен после ареста, в Бутырскую тюрьму, и не могу указать ее номера, который своевременно не записал. Квитанция эта была у меня отобрана в Бутырской тюрьме при объявлении мне постановления Особого Совещания о моей ссылке для затребования по ней, как мне объяснили, из Лубянского изолятора подлежащих возвращению мне моих ценностей (вечером 1 мая), но через два дня я был уже вызван на этап для отправления на место ссылки, и при этом мне не выдали ни ценностей, ни отобранной квитанции, объясняя это тем, что квитанция и ценности еще не присланы из Лубянского изолятора. Ввиду этого я просил администрацию тюрьмы оставить меня до следующего этапа, чтобы получить перед отправлением или мои ценности, или отобранную квитанцию, но разрешения на это не получил и вынужден был уехать, не добившись возвращения мне документа на отобранные ценности… прошу… выдать мои ценности и другие перечисленные предметы»Помощи Политическим Заключенным»».
Через некоторое время Ивана Васильевича перевели в село Игнатово того же района и поселили в доме пастуха. Дом состоял из двух половин, Ивану Васильевичу выделили отдельную комнату, жена хозяина готовила ему пищу. В ссылке у него было много книг, присланных ему друзьями, так что в какой‑то мере он смог продолжить свои научные занятия. Но началась новая волна гонений, когда всех ссыльных и находящихся в лагерях по приказанию Сталина и советского правительства стали вновь арестовывать и большей частью расстреливать. 9 октября 1937 года был арестован и заключен в тюрьму в Енисейске и Иван Васильевич Попов.