Все 1490-е годы Иван III прекрасно знал о деятельности жидовствующих в его ближайшем окружении, но не считал нужным что-либо делать до тех пор, пока в 1502 году не переменил окончательно свое решение о наследнике. Внука Димитрия вместе с его матерью Еленой он заточил под домашний арест, а право наследования передал своему сыну Василию, будущему Василию III. Параллельно произошла рокировка боярских кланов: окружение Василия вышло из опалы, а окружение Елены и Димитрия было репрессировано. Репрессии шли еще с 1499 года, когда насильным монашеским постригом заменили смертную казнь князю из династии Гедиминовичей Василию Патрикееву, в монашестве Вассиану – будущему ближайшему ученику Нила Сорского. Репрессии против окружения Димитрия были информационно прикрыты новой кампанией против еретиков. Московский собор 1504 года прошел без участия нестяжателей, и на основании его решений (то есть решений церковного органа, а не светской власти, что совсем уже ненормально) в декабре 1504 года были публично сожжены лидеры еретиков, а в январе 1505-го убита в заточении (бессудно) Елена Волошанка.
Историки могут только гадать о причинах столь крутой перемены политики Ивана III. Например, благочестивая Е.В. Романенко полагает, что у этого абсолютно прожженного циника незадолго до смерти пробудился страх Божий, и он решил не допустить до власти покровителей жидовствующих (хотя до этого их покровителем был он сам). По-научному циничный А.И. Алексеев, автор прекрасного исследования о сочинениях Иосифа Волоцкого, полагает, что обвинение в ереси понадобилось Ивану III, чтобы сделать недействительным уже совершенное венчание Димитрия на великокняжеский престол: действительно, других способов тут не было.