Вскоре, летом 1930 года, началось знаменитое дело «Всесоюзной контрреволюционной монархической организации церковников Истинно-православная церковь». Новоселов был привлечен к нему в качестве одного из двух самых главных фигурантов. Вторым главным фигурантом был епископ Димитрий Гдовский, которому вменили в вину руководство церковноадминистративным центром организации в Ленинграде. Новоселову вменили руководство политическим центром той же организации в Москве. Идеологом этого центра следствие назначило А.Ф. Лосева, так как был перехвачен лосевский архив, и как раз на 1930 год пришелся скандал с книгой Лосева «Очерки античного символизма и мифологии», куда были включены куски, не прошедшие главлит (цензуру). Книга эта, довольно отвлеченного от церковных проблем содержания (но, пожалуй, автор, как и следствие, с такой оценкой бы не согласились), воспринималась следствием как аналог «Капитала» Маркса для ИПЦ.
Биограф Лосева обижается на собственноручно написанную Новоселовым фразу показаний: «Лосев занимал самую крайнюю и непримиримую позицию, желая превратить Церковь в политическую партию». Не зная протоколов допроса Лосева, можно подумать, что Новоселов пытался выплыть за его счет, что очень странно, если учесть, что Новоселову после стольких лет нелегального положения и документально доказанного руководства иосифлянами никак не «светило» уйти с первых ролей, и о других лицах Новоселов не говорил ничего компрометирующего. Известно, однако, как следователи во всем мире подходят к главным фигурантам коллективных дел. Эти фигуранты обычно не склонны давать показания и трудны в работе. Поэтому начинают «от меньших», собирая показания от тех, чья мера участия меньше, давая им возможность побольше скомпрометировать остальных, особенно главных. По этим правилам Лосева должны были допрашивать раньше и уже с его допросами на руках допрашивать Новоселова. А в показаниях Лосева содержится, например, такое:
Конкретных имен тут нет, но это про всех сразу. Тем более что идеология ИПЦ тут звучит из уст ее главного, согласно следствию, специалиста-идеолога. Такие показания подводили уже не одного Новоселова, а большое количество лиц (всю организацию ИПЦ) под расстрельную статью. Они ставили процесс над ИПЦ совершенно наравне с современным ему «Процессом Промпартии». Надо было нейтрализовать эти показания, а тут путь был один: свалить все на самого Лосева (просто промолчать по их поводу означало бы согласиться). Судя по приговорам, вынесенным в 1931 году, тактика сработала. Так, Новоселов, которому на момент вынесения приговора было 67 лет, получил всего лишь 8 лет, но не лагеря, а тюрьмы ОГПУ, то есть значительно более тяжелых условий. Очевидно, Новоселову готовили участь епископа Димитрия Гдовского – смерть в тюрьме. Вооруженного подполья никому «шить» не стали. Лосева тоже не стали приговаривать как повстанческого идеолога, дав ему и его жене соответственно 10 и 5 лет лагерей. Обоих освободили в 1933 году по ходатайству Е.П. Пешковой.