Когда волнение несколько стихло, архимандрит с братией просили Никона об оставлении части святых мощей на благословение обители. Никон тотчас же согласился исполнить их просьбу и, «мало укрывшись», начал отделять часть святых мощей. В ту же минуту митрополит почувствовал чудесное благоухание, которые сподобились обонять и многие из предстоящих. Рака с честными мощами святителя Филиппа была поднята, поставлена на уготованный одр и покрыта привезенным из Москвы царским покровом. Затем при пении иноков и торжественном звоне колоколов ее понесли из собора на морское судно. Снова раздался неописуемый плач соловецкой братии. Многие из иноков от слез не могли даже идти и в изнеможении падали на пути. Но велика была радость самого митрополита и его свиты: им казалось, что и солнце в тот день светило ярче и воздух был благораствореннее. Когда святые мощи поставлены были на судно, а крестный ход возвратился в монастырь, Никон угощал братию трапезою от царского имени и оделял подарками. К вечеру того же дня (7 июня) он отправился в обратный путь в Москву.
Обратное путешествие митрополита Никона из Соловков в Москву совершилось в один месяц и без особенных препятствий. Весь путь от берегов Белого моря до Москвы, путь, которым святой Филипп возвращался в престольный град свой после осуждения, изгнания и мученической кончины, представлял из себя необычную и умилительную картину, ибо народ выходил всюду большими толпами с крестами и хоругвями, чтобы встретить и проводить святые мощи страдальца Христова.
Первую ночь пути Никон провел на острове Заяцком, где некогда святой Филипп устроил пристань и гостиницу для плавателей. Пробыв здесь два дня в ожидании погоды, 10 июня Никон отправился в море и во время плавания по нему только на несколько времени останавливался у острова Кия пред устьем реки Онеги, где он к своей радости нашел целым поставленный им еще в 1639 году крест в благодарность Богу за спасение от потопления во время морской бури. На Онежском устье, куда Никон со святынею вошел 11 числа утром, его уже давно ждали царские гонцы с важными письмами из Москвы. В них царь Алексий сообщал своему любимцу, что по случаю кончины Святейшего Патриарха Иосифа «сделалась вдовствующею мати наша Соборная и Апостольская Церковь», и умолял его поспешить возвращением в Москву, чтобы поскорее приступить к избранию нового первосвятителя, давая ясно понять Никону, что он хочет видеть его Патриархом всея Руси.
Митрополит не мог ослушаться царского повеления и ускорил свой путь. Пересев на речные суда, отправились вверх по реке Онеге и достигли Каргополя. За версту от города святые мощи были встречены духовенством с крестами и множеством народа. В городе мощи были внесены в соборную церковь Рождества Христова, и митрополит Никон отслужил перед ними молебен. На другой день Никон совершил здесь литургию и после полудня продолжал плавание по рекам и озерам до пристани Волока-Короткого, откуда сухим путем направился к Кириллову монастырю. В деревне Взвозе, принадлежащей названной обители, раку с честными мощами поставили опять в судно и плыли реками Шексною и Волгою до Ярославля, куда после пятидневного плавания и прибыли 30 июня. Здесь плавание должно было окончиться, и Никон, не теряя времени, продолжал дорогу сухим путем через Переяславль Залесский на Троице-Сергиеву Лавру. 3 июля, не доезжая верст семи до обители преподобного Сергия, митрополит Никон остановился в ожидании царского указа; но так как никаких грамот от царя не было получено, то утром 4 июля, накануне дня обретения мощей преподобного Сергия, мощи святителя Филиппа были торжественно внесены в лавру и поставлены в соборе Живоначальной Троицы.
Никон служил здесь молебен и литургию и после обеда отправился далее, спеша согласно прежнему царскому указу скорее достигнуть Москвы. Но едва он успел отъехать шесть верст, как был встречен государевым стольником с запоздавшим царским повелением остановиться в Троице-Сергиевой Лавре и ждать здесь дальнейших распоряжений. Чтобы не возвращаться назад, Никон расположился ожидать повелений в селе Воздвиженском, в 12 верстах от Троицы. Святые мощи не были внесены в местную деревянную церковь за многолюдством стекавшегося отовсюду для поклонения им народа и за опасением пожара от множества горевших свечей, но были помещены под царским шатром.
Сюда же в село прибыли посланные царем для встречи и сопровождения святых мощей до Москвы митрополит Казанский Корнилий и Вологодский архиепископ Маркелл с духовенством и боярин князь Трубецкой со своей свитой.
Это новое почетное посольство прибыло в село Воздвиженское в ночь на 6 июля и утром 7-го, после молебна перед мощами святителя Филиппа, торжественное шествие снова и на этот раз уже не так поспешно направилось к Москве. Митрополит же Никон после проводов из Воздвиженского, согласно царскому повелению, отбыл вперед в Москву. 8 июля мощи святителя Филиппа были перенесены в село Ростокино и поставлены в шатре близ церкви за невозможностью пронести их через узкие церковные двери.