В последний год своей учебы Георгий Говоров решил всецело посвятить себя служению Святой Церкви в иноческом чине. 1 октября 1840 года, в праздник Покрова Пресвятой Богородицы, он подал академическому начальству прошение о пострижении в монашество, в котором писал: «Имея постоянное усердие к занятию богословскими предметами и к уединенной жизни, я, чтобы соединить то и другое на предлежащем мне служении Церкви, положил обет посвятить жизнь свою монашескому званию».
С разрешения академического и высшего духовного начальства 15 февраля 1841 года он принял постриг с именем Феофан. Чин пострижения был совершен в Свято-Духовской церкви Киево-Братского монастыря ректором академии архимандритом Иеремией, который был впоследствии архиепископом Нижегородским.
С апреля 1841 года Феофан тем же Иеремией (в то время уже епископом Чигиринским, викарием Киевского митрополита) в большом Успенском соборе Киево-Печерской Лавры рукоположен был в иеродиакона, а 1 июля – в иеромонаха.
Во время этой важной перемены в своей жизни иеромонах Феофан продолжал учебу в академии и писал курсовое сочинение на тему: «Обозрение подзаконной религии». Он успешно сдал выпускные экзамены, а курсовое сочинение академическим ученым советом в числе лучших было отослано в Синод на рассмотрение. Постоянный член Синода митрополит Московский Филарет, строгий ценитель богословских сочинений, своим мудрым и проницательным взором заметил даровитость и трудолюбие отца Феофана.
В 1841 году иеромонах Феофан в числе первых закончил академию со степенью магистра. Началось время его служебной деятельности на учебновоспитательном поприще.
27 августа 1841 года иеромонах Феофан был назначен ректором Киево-Софийского духовного училища, которое находилось под непосредственным наблюдением Киевского митрополита Филарета. Но недолго трудился отец Феофан в Киевском училище: 7 декабря 1842 года он был назначен инспектором Новгородской семинарии. Три года иеромонах Феофан был в Новгороде. За это короткое время он успел проявить себя как талантливый воспитатель и прекрасный преподаватель психологии и логики.
Высшее духовное начальство высоко ценило нравственные качества и незаурядные умственные способности иеромонаха Феофана, и потому 13 декабря 1844 года он был переведен в Петербургскую духовную академию на должность бакалавра по кафедре нравственного и пастырского богословия.
Сознавая великую ответственность перед Богом в деле духовного воспитания юношества, отец Феофан стремился действовать на будущих пастырей своей большой добротой, любовью и кротостью. Свой взгляд на духовнопедагогическую деятельность потом он выразил следующими словами: «Воспитатель должен пройти все степени христианского совершенства, чтобы впоследствии в деятельности уметь держать себя, быть способным замечать направления воспитываемых и потом действовать на них с терпением, успешно, сильно, плодотворно. Это должно быть сословие лиц чистейших, богоизбранных и святых». К преподаваемым предметам иеромонах Феофан относился с большим вниманием. Оставив философско-умозрительные методы работы, молодой богослов опирался на опыт аскетический и психологический. Главными после Священного Писания и творений святых отцов источниками его лекций были жития святых и психология.
1 февраля 1845 года отец Феофан был назначен помощником инспектора академии, а с 20 мая по 4 августа 1846 года он исполнял обязанности инспектора. За ревностное исполнение этих обязанностей, засвидетельствованное академическим начальством, иеромонах Феофан был во второй раз удостоен благословения Святейшего Синода, а 25 мая 1846 года – и звания соборного иеромонаха Александро-Невской Лавры.
Иеромонах Феофан был глубоко предан важному делу христианского воспитания, однако его влекло другое, а именно – уединенная монашеская жизнь. Его учебная работа соединилась с административными и хозяйственными заботами, к которым не лежала его душа, а поэтому внутренне он не был удовлетворен служебной деятельностью. Дух его стремился в более сродную ему сферу иноческого жития и молитвенного общения с Богом.
Вскоре представился случай к удовлетворению духовных потребностей отца Феофана. 21 августа 1847 года по собственному желанию он был назначен членом Духовной Миссии в Иерусалиме. И 14 октября 1847 года Миссия в полном составе отбыла из Петербурга в Палестину.
Шестилетнее пребывание на Востоке имело для иеромонаха Феофана большое духовное и нравственное значение. Посещая древние обители, он неутомимо изучал писания святых отцов по древним рукописям, знакомился с уставом и житиями древних подвижников восточных обителей и святой Афонской горы.
Молодой аскет вошел в тесную связь с афонскими старцами, которые оказали благотворное влияние на направление его духовной жизни и впоследствии способствовали изданию его сочинений. Здесь, на Востоке, отец Феофан основательно изучил греческий и французский языки, познакомился с еврейским и арабским.