Так прожил преподобный в Радонежской обители немало времени и заслужил от братии общее почитание и славу. Но честь и слава от людей не привлекали подвижника: он стал просить у преподобного благословения на уединение и, получив разрешение, провел в отходной, или уединенной, келлии пятнадцать лет. Здесь труды телесные и непрестанная молитва наполняли все его время. Беседы с людьми он заменил – и с великой пользой – углублением в Божественные Писания. Напоенный же священными словами Писания, как древо при водном источнике, преподобный безмолвник возрастил в себе благодатный дар слова: слово его было растворено Божественной солью. И братия устремились за поучением к отшельнику, прерывая подвиги его уединения. Возрастала молва о проникновенных поучениях блаженного, но он находил, что для него самого полезнее бежать от братии. К великому Арсению было слово от Бога: «Бежи, молчи, безмолвствуй – и в сем корень несогрешения. Бегай от людей – и спасешься».
Размышляя об этом и полагая, что обращение с людьми принесет ему смущение и оторвет от богомыслия, преподобный Павел упросил своего наставника благословить его на пустынножительство.
Преподобный Сергий, зная духовную зрелость Павла, благословил его на отшествие в пустыню и, отпуская с молитвой, вручил ему непобедимое оружие – крест Господень, как верное напутствие. Сей медный крест до последнего времени хранился на гробе преподобного Павла в устроенной им обители.
Выйдя из Троице-Сергиева монастыря, преподобный Павел отправился на север, за Волгу, в лесную пустыню и переходил с одного места на другое: жил некоторое время в уединенной келлии недалеко от Успенского Аврамиева монастыря, но отсюда был изгнан игуменом; потом подвизался вблизи Городецкого Феодоровского монастыря; жил и в других уединенных местах. Потом ушел он в отдаленный Комельский лес и остановился на речке Грязовице, избрав себе для жительства дупло липы, в котором провел три года в полном уединении, в подвигах молитвы и поста, в созерцании, освобождавшим ум преподобного от пристрастия ко всему земному.
Но Господу было угодно, чтобы преподобный Павел послужил спасению других, наставляя их и своим словом, и примером подвижнической жизни. Преподобный оставляет дупло липы и еще раз переменяет место подвига: переходит к речке Нурме в том же Комельском лесу, где впоследствии он основал свою обитель. Здесь преподобный Павел построил себе малую хижину и выкопал колодезь в полугоре.
На новом месте он предался обычным своим подвигам поста и молитвы. Подвижник был уже престарелый возрастом: к тому времени он уже прожил лет 70. Но немощи старости не ослабили его ревности; наоборот, молитвы и славословие к Богу становились еще продолжительнее, пост суровее прежнего: пять дней в неделю пребывал преподобный совсем без пищи и только в субботу и воскресенье принимал немного хлеба и воды. Блаженная жизнь его была подобна жизни первого человека до грехопадения. И действительно, птицы и звери, даже хищные, мирно паслись возле жилища праведника, утешая его незлобием. К нему приходили заяц вместе с лисицей и принимали пищу из рук святого старца. Вились птицы. Являлся медведь и смирно ждал себе пищи. Правда, здесь испытал преподобный сильные искушения от врага человеческого рода, но, укрепившись ранее в добродетели, он победил все искушения и досаждения демонов, ограждая себя крестным знамением креста Христова. Еще менее могли вредить злые люди, пытавшиеся овладеть имуществом в хижине преподобного, который сам тяготился земными вещами.