Великий князь, видя по первому опыту перевода Псалтири даровитость глубокого познания ученого грека, никоим образом не соглашался отпустить его на Святую Гору и упросил Максима остаться еще на некоторое время в Москве. И когда Максим, переводя другие книги (Толкования древних отцов на Деяния апостольские и Толкование Иоанна Златоуста на Евангелие Матфея и Иоанна), довольно изучил русский язык, Василий Иоаннович по совету с митрополитом поручил ему заняться пересмотром и исправлением тогдашних церковно-богослужебных книг. Труд нелегкий и крайне щекотливый; тем не менее Максим не мог отказаться от него. Немало времени провел Максим в трудах книжного исправления, и во все время он пользовался милостями князя. «Жегомый Божественною ревностью, очищал плевелы обеими руками», как об этом сам он выражался, и, дерзая о Господе, преподобный иногда высказывал резкие отзывы о том, что видел. Но то, что видел он, видели немногие. Поэтому слепая страсть к старине все те отзывы Максима считала за оскорбление святыни. Начался втайне ропот на «пришельца греческого», – так выражались о Максиме ропотники; стали говорить втихомолку, что Максим не исправляет, а портит церковные книги; Максим – еретик! Однако явно никто не дерзал возводить клеветы на честного и бескорыстного труженика, боясь великого князя, который, кроме оказываемой ему любви и уважения, часто приглашал его к себе и пользовался его советами в делах церковных и государственных, так как видел в нем мудрого мужа и ревностного поборника за православную веру. Между тем и Максим, видя расположение к себе Государя, не скрывал для одного себя эту царскую милость: он через это внимание приносил пользу ближним, часто ходатайствуя перед великим князем за бояр, подпавших его гневу. Ревнуя о чистоте православной веры, преподобный и собору духовному подавал совет ревностно действовать против упорных пререкателей веры, наипаче же против ереси жидовской, возмущавшей Церковь, и предлагал митрополиту Варлааму перевести собрание правил церковных, но в исправлении богослужебных книг действовал осторожно, представляя свои недоумения на разрешение святителя, если находил что излишним против греческих книг. Хотя дело и производилось келейно, однако возбудил он недовольство духовенства: все заговорили, будто Максим отвергает русские церковные книги и утверждает, что на Руси нет ни Евангелия, ни Апостола, ни Псалтири, ни Устава. Клеветы сии не могли бы иметь никаких последствий для ученого пришельца греческого, если бы на кафедре Московской оставался благоразумный пастырь, ему покровительствовавший; но в 1521 году Варлаам был вынужден оставить свою кафедру по неудовольствию с великим князем, и на его место поступил Даниил, из иноков Волоколамского монастыря, тяжкий для Максима; и отселе начались все его бедствия.
Преподобный Максим и прежде замечал, что несправедливо включено в присягу архиерейскую обязательство никого не принимать от Константинопольского Патриарха. Оно могло быть нужным тогда, как дела Православия в последние годы Греческой империи в Константинополе колебались. Но впоследствии, когда Патриарх строго держался Православия, оно было оскорбительно для престола патриаршего, ибо порабощение империи не могло иметь никакого влияния на дела веры. Максим не оставил этого без замечания и написал об этом слово. Перемена митрополита подала повод и к другому вопросу: почему новый митрополит поставлен без сношения с греческим Патриархом? Любопытствующему иноку отвечали, что есть в Москве благословенная грамота от Патриарха Константинопольского, которой дозволяется русским митрополитам ставиться своими епископами. Но сколько не доискивался Максим, не мог он видеть этой грамоты. Такие вопросы и сомнения, конечно, не могли быть приятны Даниилу.
Новым митрополитом не были довольны, потому что находили его слишком угодливым перед светской властью; у Максима между этими недовольными были знакомые, которые приходили к нему за советами. В одно время Даниил просил ученого инока заняться переводом Церковной истории блаженного Феодорита, преподобный Максим отказался от сего поручения, потому что в этой книге помещено много актов еретических, которые могли быть соблазнительны для простого народа. Это очень огорчило митрополита.