В августе 1942 года немецкая разведка получила сведения о переходе из Гибралтара на Мальту британского конвоя из 14 крупных транспортов. Англичане включили в состав охранения кроме эсминцев и крейсеров авианосец «Игл», который должен был обеспечить прикрытие конвоя с воздуха, но и он сам оказался жертвой торпедной атаки немецкой лодки «U-73» — взрыв паровых котлов погубил авианосец, и лишенный воздушного прикрытия конвой был почти весь уничтожен немецкими торпедными катерами, самолетами и подводными лодками.
Немецкие подводники в ходе войны пустили ко дну 2 линкора, 5 авианосцев, 6 крейсеров и 88 кораблей других классов, а потери союзников в транспортных кораблях были еще большими.
30 января 1945 года на советской подводной лодке «С-13», находившейся в Южной Балтике, акустик уловил шумы винтов группы кораблей, об этом немедленно было доложено капитану 3-го ранга А.Маринеско. Лодка двинулась навстречу, и в 21.10 рулевой сигнальщик обнаружил вражеские суда. Это были теплоход «Ганза» и лайнер «Вильгельм Густлов», окруженные кораблями охранения.
Несколько часов погони и 3 мощных взрыва унесли на дно 50 экипажей из 1500 квалифицированных подводников фашистской Германии. Охранение не ожидало нападения подводной лодки со стороны прибрежного мелководья. За другой поход экипаж «С-13» уничтожил еще 8 тысяч — целую дивизию —лучших немецких специалистов с крупного транспорта «Генерал Штойбен».
Из итогов первой мировой войны каждая страна сделала свой вывод. Американцы считали, что линкоры, авианосцы, крейсеры будут главной целью субмарин, и строили подводные лодки, способные действовать в составе флота, причем непосредственно в водах противника. И обладая в начале второй мировой войны 112 лодками, в ходе ее разработали ряд удачных конструкций лодки «Гэтоу» и модификацию лодки типа «Балао», введя в строй 203 новые субмарины.
В ходе войны потери американцев составили 52 подводные лодки, погибшие от японских надводных кораблей. Японцы в свою очередь потеряли 9 авианосцев, 1 линкор, 12 крейсеров, 122 малых надводных корабля и 23 подводные лодки — почти треть всего флота. Из всех воюющих держав Япония особое внимание уделяла подводным лодкам, несущим на борту самолет. Верхом достижений стали субмарины серии «I-400», способные разместить на борту два бомбардировщика, затем ангар был увеличен до 3 самолетов. Эти авианесущие субмарины могли автономно находиться в море до 90 дней с радиусом действия до 30 тысяч миль и скоростью хода 16 узлов. Но до конца войны японцам удалось построить всего 2 лодки такого типа.
Самым крупным подводным флотом к началу войны располагали итальянцы. Его основу составляли средние лодки типа «Аргонаута». В ходе боевых действий, которые велись в основном в Средиземном море, была введена в строй еще 41 лодка. Но главным успехом итальянского флота был первый опыт применения человекоуправляемых торпед. Две такие торпеды (мини-лодки) в декабре 1940 года надолго вывели из строя два английских линкора. К сентябрю 1943 года Италия вышла из войны. Ее потери составили: 84 лодки были потоплены, 34 капитулировали, 20 уничтожены своими экипажами, 10 захвачены немцами, 9 разоружены.
Первыми итальянский опыт активно начали использовать англичане. Разработав управляемую ракету-транспортировщик типа «МК-1», переоборудовали под ее носители несколько подводных лодок, в том числе «Тандерболт».
Немцами же было сформировано так называемое соединение «К» (от Kleinkampferband — соединение малого боя. — Прим. авт.). На его вооружении были управляемые торпеды и сверхмалые подводные лодки типа «Зеехунд», «Мольх Бибер» и др. У японцев были управляемые торпеды типа «Кайтэн-1» и «Кайтэн-2», которые могли транспортироваться на лодке носителя «И-58». Но ни одна из них в боевых действиях не участвовала.
В ходе второй мировой войны было опробовано много новшеств в подводной войне, некоторые из них получили дальнейшее развитие в послевоенный период. Судьба же других закончилась в военном противостоянии. Драматично сложилась судьба военно-морского флота Франции. Ее корабли топили и англичане, и американцы, и немцы, и даже сами французы. Из 77 лодок она потеряла 65, 29 были потоплены союзниками, 19 — самими французами, а остальные — итальянцами, немцами и японцами.
Во время войны проявились как сильные, так и слабые стороны субмарин. Как бы там ни было, но с поля боя подводные лодки вернулись с множеством новых устройств и приспособлений. Они стали заряжать аккумуляторные батареи, практически не всплывая, а только выставив на поверхность воздухозаборник шноркеля. Акустические торпеды сами наводились на шум винтов цели. Увеличились мощь оружия, скрытность, дальность действия, но появились и средства по обнаружению и уничтожению. Субмарины обрели ночное зрение с помощью радаров, а также подводное чутье благодаря гидролокаторам-сонарам. Они научились пеленговать не только неприятельские радиопередатчики, но и лучи его радиолокаторов.