В период подготовки к плаванию и Крузенштерн, и Резанов получали многочисленные инструкции от военно-морского ведомства, министерства коммерции, Правления РАК, большая часть которых была одобрена императором. Практически во всех этих документах Крузенштерн и Резанов фигурируют как первые лица экспедиции, равные друг другу, хотя их взаимоотношения были прописаны столь нечетко, что могли трактоваться весьма вольно. Об этой двойственности и Резанов, и Крузенштерн знали, но она их не смущала – первый считался коммерческим и хозяйственным главой экспедиции, второй должен был ведать морской частью, включая и научные исследования. Беда в том, что инструкции, выданные Резанову, вступали в прямое противоречие с морским уставом, который действовал на идущих под Андреевским флагом кораблях, укомплектованных военными моряками. Согласно его положениям, принятым еще Петром I и актуальным до сего дня, вся власть на корабле принадлежит капитану. Он определяет внутренний режим жизни, распоряжается судном по своему усмотрению, а все, находящиеся на борту, будь то гражданские или военные лица, вне зависимости от их должности, ранга, звания и положения, находятся в его полном подчинении. Поэтому для экипажей «Надежды» и «Невы» кроме Крузенштерна не могло быть никакого другого начальника.
Недоразумения начались уже во время размещения огромной свиты Резанова на «Надежде». Ратманов, занимавшийся этим хлопотным делом, отметил в своем дневнике: «… прибыли к нам Двора Его Императорского Величества Действительный Камергер и кавалер Резанов, который назначен чрезвычайным послом и уполномоченным министром в Империю Тензин-Кубоскаго величества, в Японию и с довольным числом свиты, и весьма корабль стеснили; о чем известясь Его Императорское Величество через графа Строганова и мыслящий как отец о своих подданных, прислал немедленно коммерц-министра графа Румянцева и товарища (заместителя. – Прим. авт.) министра морских сил Чичагова, которые, найдя излишества, донесли Государю и резолюция последовала излишних отослать по своим командам…»
Но и это было еще не все. Незадолго до выхода в море Резанов получил царский рескрипт, первый пункт которого извещал камергера, что «сии оба судна с офицерами и служителями, в службе компании находящимися, поручаются начальству вашему». Правда, в дальнейшем тексте этого документа говорилось, что все решения Резанов обязан принимать совместно с Крузенштерном, но именно к этому рескрипту будет впоследствии апеллировать Резанов, пытаясь утвердить свое верховенство в экспедиции. Крузенштерн о царском указе не знал, его содержание не было доведено до экипажей кораблей, и, следовательно, по выходе в море в силу он не вступил. Более того, никто из высшего руководства Резанова как главного начальника экспедиции офицерам не представил, наконец, сам Резанов, прибыв на судно, о своих полномочиях не объявил.
Итак, 26 июля 1803 года «Надежда» и «Нева» вышли из Кронштадта, а офицеры и матросы пребывали в полной уверенности, что их единственным начальником является Крузенштерн. И лишь один человек думал иначе – в кармане его камзола лежал документ, дающий ему, как считал он, неограниченные права на руководство экспедицией.
Начало экспедиции не предвещало никаких осложнений. Все решения принимались по взаимному согласию Крузенштерна и Резанова. Впрочем, у наблюдательного Ратманова еще во время стоянки в Копенгагене сложилось не слишком лестное мнение о Резанове, и он был явно не в восторге от предстоящего совместного плавания с этим человеком: «Посол жил на берегу… и мало сделал чести, ибо я несколько раз напоминал ему о его звании и снял бы знаки отличия их гоняясь за непотребными женщинами в садах и на улице. Тут я мог заметить, что мало будет делать чести его превосходительство, и чем более были вместе, тем более находили в нем и в свите подлости».