Хотя китайские источники преувеличивают злодеяния «трех подлых министров» — Ахмеда, Лу Шижуна и Сангхи — репутация Хубилая вследствие выбора этих чиновников значительно пострадала в глазах китайских подданных. В первые годы правления он привлек на службу много китайских советников, и многие высшие чиновники при дворе, имевшие постоянный доступ к императору, были конфуцианцами. Однако к 1280-м гг. главные советники ушли из жизни, а все большие финансовые трудности вынуждали Хубилая обратиться по преимущественно к министрам иноземного происхождения. Даже китайские чиновники, такие как Лу Шижун, наталкивались на враждебный прием. Сложные задачи, стоявшие перед ними, не могли доставить им популярности, так как им в обязанность был вменен сбор дополнительных доходов для государственной казны. Что бы они ни делали, они неизбежно вызывали недовольство китайцев, поскольку были вынуждены повышать налоги. Казалось, что династия теряет бразды правления. Власть в свои руки брали министры, и каждый из них становился фактическим правителем государства. И все же со временем каждый министр сталкивался с серьезной оппозицией, ему предъявляли обвинения, а затем либо казнили, либо убивали. Управлял ли Хубилай страной? Был ли он осведомлен о ходе государственных дел и действиях своих подчиненных? По-видимому, он все больше терял связь с реальным положением дел, проводя политику, которая иногда полностью расходилась с прежним курсом.
Веротерпимость, являвшаяся краеугольным камнем политики Хубилая и важнейшим фактором, способствовавшим монгольским успехам, очевидно, уходила в прошлое. Напряженность в религиозных вопросах усилилась. Например, может показаться странным, что в конце 1270-х гг. Хубилай начал выпускать постановления, направленные против мусульман. У этого нового курса были некоторые основания. Тюрки-мусульмане, поддерживавшие Хайду, противника Хубилая, постоянно угрожали северо-восточным приграничным областям Китая. Западные мусульманские страны срывали планы монгольских союзников великого хана и неоднократно бросали вызов монгольским правителям в Персии. Мусульмане также вызывали враждебность и в самом Китае. Китайские советники часто обвиняли главных мусульманских чиновников в высокомерии и жестокости. В это же время стали появляться рассказы и анекдоты, высмеивающие жадность, вульгарность и «странности» мусульман. Вероятно, и самого Хубилая беспокоило растущее влияние мусульманских чиновников в правительстве. Его собственный внук, Ананда, был воспитан в мусульманской семье, а когда достиг зрелого возраста, обратил в ислам 150000 солдат, состоявших в его подчинении, если верить Рашид ад-дину.
Анти-мусульманские настроения подогревал чиновник-христианин, известный в китайских источниках под именем Айсюэ. Занимая посты в управлениях астрономии и медицины, он обладал определенным весом в юаньском правительстве. Рашид ад-дин утверждает, что он подстрекал рабов и рабочих из мусульманских хозяйств выдвигать против господ ложные обвинения. По словам Рашид ад-дина, Айсюэ и сам оклеветал Мавляну Бурхан ад-дина Бухари, одного из вождей мусульман в Китае, и добился его изгнания.
Рашид ад-дин также сообщает, что в 1279 г. Хубилай, под давлением Айсюэ и китайских советников, начал ужесточать политику по отношению к мусульманам. В конце этого года ко двору приехали купцы из Средней Азии и привезли в подарок хану кречета и орла. Хубилай пригласил их на пир, но, поскольку животные, из которых были приготовлены блюда, были убиты не по-мусульманскому обычаю, они отказались есть мясо. Раздраженный отказом, в январе 1280 г. Хубилай издал постановление, которым налагал запрет на мусульманский способ убийства баранов и предписывал смертную казнь за нарушение этого запрета. Хубилай требовал строгого соблюдения законов Ясы при убийстве животных. По наущению Айсюэ и его сторонников, великий хан также запретил обрезание. Наконец, Рашид ад-дин завершает список обвинений, отмечая, что Айсюэ и прочие христиане «доложили хану, что в Коране есть такой стих: "Убивайте всех многобожников без исключения"». Встревоженный этой цитатой из мусульманской Священной Книги, Хубилай спросил своих советников-мусульман, считают ли они его многобожником. В конце концов один мусульманский мудрец из Самарканда успокоил Хубилая, сказав ему: «Так как ты пишешь в начале ярлыка имя бога, то ты не многобожник, многобожник — это тот, кто не признает единого бега и приписывает ему товарищей, а великого бога отвергает». По-видимому, Хубилай был доволен этим ответом, но, по словам Рашид ад-дина, это не смягчило политики ограничений, направленной против мусульман.