Сложно сказать, действительно ли события, описанные Рашид ад-дином, имели место, однако китайские источники подтверждают, что двор выпустил ряд анти-мусульманских указов. 27 января 1280 г. вышло постановление, грозящее смертной казнью всякому, кто зарежет животное по мусульманскому обычаю. Ранее мусульмане были обложены налогами; также им было предписано выполнять трудовые повинности. Очевидно, Хубилай был озабочен растущим влиянием мусульман в правительстве и возможностью восстания из-за их злоупотреблений. Таким образом, суровые указы Хубилая были обусловлены скорее политическими соображениями, чем ненавистью к исламу.
Анти-мусульманский курс поддерживался вплоть до 1287 г. В том году Сангха убедил Хубилая отказаться от этой политики. Он приводил следующие доводы: «Все купцы мусульмане отсюда уехали, из мусульманских стран купцы не приезжают, таможенные доходы недостаточны, редких и ценных товаров не привозят, а все потому, что вот уже семь лет, как не режут баранов, если последует разрешение резать, то купцы будут приезжать, и тамга будет получаться полностью». Рашид ад-дин утверждает, что несколько влиятельных мусульман подкупили Сангху, чтобы тот выступил в их защиту. Как бы то ни было, Хубилай смилостивился и отменил свои распоряжения. Впрочем, на примере одного рассказа из китайских источников можно видеть, что Хубилай сохранил настороженное отношение к мусульманам. В 1293 г. один мусульманский купец хотел продать Хубилаю жемчуг, но великий хан отклонил его предложение, сказав, что эти деньги лучше потратить, «чтобы помочь народу».
И все же в действиях Хубилая заметна непоследовательность, поскольку он продолжал привлекать мусульман на государственную службу. Мусульмане, обладавшие административными или финансовыми способностями и не отличавшиеся религиозным фанатизмом, не подвергались никаким гонениям. Например, для управления недавно завоеванной областью Юньнань Хубилай выбрал мусульманина из Средней Азии Саида Аджаля Шаме ад-дина. Этот регион, ныне являющийся провинцией в Юго-западном Китае, был единственной областью в стране, администрацию которой возглавлял мусульманин. Мотивы, которыми руководствовался Хубилай при этом назначении, туманны. Возможно, он рассматривал Юньнань как важный перевалочный пункт в торговле с Бирмой и Индией, а так как мусульмане были самыми заметными представителями купеческого сословия в монгольских владениях, ему представлялось логичным поставить в Юньнань мусульманского губернатора. Или, может быть, он считал Юньнань самым подходящим местом для переселения части мусульман, пригнанных монголами на восток из Средней Азии и Персии. Юньнань все еще была плохо заселена, а обитали здесь по большей части неграмотные народы не-китайского происхождения. Возможно, Хубилай решил, что целесообразнее будет привлечь для колонизации этой области мусульман, чем китайцев, которые более враждебно относились к монгольской власти. Или, может быть, двор доставил это назначение Саиду Аджалю, сочтя его верным и благонадежным подчиненным.
После назначения губернатором Юньнани в 1274 г., Саид занялся осуществлением первоочередной задачи — укреплением военного и экономического контроля династии Юань над этой областью. Прежде чем вступить в должность, он изучил топографию, экономику и обычаи Юньнани. Приехав на место службы, он первым делом устремил свои усилия на завоевание доверия местного не-китайского населения. Хотя он и расставил по территории края гарнизоны и караулы, но дал солдатам приказ не раздражать «варваров». Когда несколько офицеров напали на местных жителей, Саид казнил нападавших. Придерживаясь политики справедливости и беспристрастности, он быстро привлек сердца большей части местных народностей. Он также спешно создал и наладил почтовую систему для убыстрения сообщения и для обеспечения нужд обороны и торговли. Под его управлением Юньнань достигла процветания. Он способствовал развитию сельского хозяйства, приказав своим людям научить местных жителей земледелию и лесоводству. До его приезда у народов Юньнани не было ни риса, ни шелковицы, ни конопли. Наверное, самым большим вкладом, который внес Саид в развитие экономики, следует считать проекты ирригации в области Гуньмин, часть которых продолжала использоваться и в XX веке. Он построил водохранилища и дамбы, чтобы наводнения и засухи не мешали крестьянам обрабатывать землю. Мусульмане оживили торговлю, а сам Саид разрешил использовать в качестве средства обмена раковины Каури, чтобы подтолкнуть местное население к торговой деятельности. Наконец, он облегчил налоги и повинности, сделав монгольскую власть вполне приемлемой для жителей области.