Между тем, поскольку руки Хулагу были связаны войной с золотоордынцами, Хубилай остался с врагами один на один. Будучи вынужден полагаться только на собственные силы, он прежде всего позаботился о том, чтобы оправдать свои притязания на престол и очернить своего младшего брата, изобразив его неправомочным узурпатором. Несомненно, под влиянием своих китайских советников, он изложил свое видение событий в истинно китайском духе. Через месяц после восшествия на престол он выпустил манифест (на самом деле составленный его советником Ван Э), в котором стремился представить себя в роли наследника древних китайских императоров. Он признавал, что, несмотря на, военную мощь монголов, в искусстве управления они не столь преуспели. Для объединения китайского народа и предотвращения бесчинств, которые несет армия Ариг-Буки, необходим мудрый правитель. Эту функцию принимает на себя Хубилай, отмечая, что он всегда выступал защитником добродетели и справедливости и не раз помогал простому народу. Он обещал снизить налоги и облегчить бремя, лежащее на плечах китайцев. Он подчеркивал, что первейшей его задачей будет накормить голодных, но также упирал на то, что он будет править в соответствии с традициями, установленными его предшественниками, тем самым явно обращаясь к сердцам своих китайских подданных. Манифест завершался призывом ко всем воинам и простым жителям, как в его владениях, так,и за их пределами, действовать в интересах империи. Это обращение практически ничем не отличалось от привычных воззваний китайских императоров.
Он призывал своих китайских подданных помочь ему объединить Китай, но этот призыв был выдержан в совершенно китайском ключе. Через несколько дней после обнародования манифеста он принял китайский девиз правления Чжунтун (срединное правление), подобно типичному китайскому императору. Кроме того, он создал правительственные учреждения, либо напоминавшие, либо повторявшие традиционные китайские институты. Чжуншу шэн (секретариаты) и Сюаньвэй сы (управления по умиротворению), которые в количестве десяти штук были учреждены в его владениях, лишь немногим отличались от структур, существовавших в Китае при династии Сун и ранее. Хубилай ясно давал понять, что он принимает все атрибуты и сам стиль правления китайских императоров.
Хотя Хубилаю удалось завоевать симпатии множества китайцев в Северном Китае, его усилия не увенчались успехом в Южной Сун. В действительности, китайская династия воспользовалась трудным положением, в котором оказался Хубилай не севере, чтобы вернуть под свою власть земли, ранее захваченные монголами. Первый министр империи Сун Цзя Сыдао приказал войскам напасть на малочисленные отряды, оставленные Хубилаем на недавно завоеванных владениях. Они изгнали монголов и вернули эти земли под власть императора. Цзя намеренно завысил важность этой победы, введя в заблуждение императорский двор и укрепив решимость не идти на компромисс с «северными варварами». Как бы то ни было, Хубилай отреагировал достаточно вяло. Его армии были задействованы в войне с Ариг-Букой, и поэтому он не имел возможности снарядить карательный поход против Сун. Напротив, 21 мая 1260 г. он направил к императорскому двору посольство во главе с Хао Цзином, одним из своих советников-конфуцианцев, с которым поехали Хэ Юань и Лю Жэньцзе, чтобы уладить конфликт дипломатическим путем. Ответ Цзя Сыдао был предсказуем, хотя и неблагоразумен: он задержал Хао Цзина и всех остальных послов. Однако это наглядное свидетельство враждебности со стороны Сун могло только пробудить в Хубилае стремление отомстить обидчикам. Так в конечном счете и случилось. Однако в данный момент внимание Хубилая было приковано к войне с Ариг-Букой.
Стратегия Хубилая заключалась в том, чтобы не дать Ариг-Буке воспользоваться ресурсами земледельческих владений. Опираясь на базу в Каракоруме, Ариг-Бука должен был обеспечить поставку продовольствия для своей армии, а Хубилай стремился отрезать его от центров снабжения. Одним из таких центров была страна уйгуров с главным городом Бешбалыком. Монгольский правитель Бешбалыка, сын Угэдэя и двоюродный брат Хубилая Хадан поддерживал Хубилая. К 1262 г. Хадан одержал верх над сторонниками Ариг-Буки. Кроме того, он защищал от вторжений войск Ариг-Буки территорию древнего Тангутского царства в северо-западном Китае. Его отряды захватили Ганьсу, тем самым преградив Ариг-Буке доступ к ресурсам этой области.
Армия самого Хубилая стала лагерем в Яне (близ современного Пекина, позднее сюда Хубилай перенес свою столицу в Северном Китае), третьем возможном центре снабжения каракорумских монголов. Ариг-Бука сохранил под своей властью лишь одну область — долину Енисея к северо-западу от Каракорума. Исследования советских ученых показывают, что в верховьях Енисея земледельцы выращивали пшеницу, просо и ячмень, а ремесленники производили для монголов бытовые изделия, оружие и сельскохозяйственные орудия. Именно эта область поставляла Ариг-Буке необходимые припасы.