Все взрослые монголы до 70 лет были военнообязанными. Кроме того, некоторые китайские кланы были приписаны к армии и должны были поставлять в нее солдат и припасы. Однако теперь, создав бюрократический аппарат и выступив в роли покровителя оседлых земледельцев, Хубилай лишился возможности мобилизовать на войну все мужское население страны. Он жаловал монгольским воинам землю за службу, и они просто не могли бросить свое хозяйство, чтобы выступить в поход. Тем не менее, по-видимому, они сохраняли боеготовность, и в случае необходимости на них всегда можно было положиться. Военные, как монголы, так и китайцы, платили лишь половину налогов, которыми облагались простые граждане, но были вынуждены сами производить необходимые припасы, тем самым снижая расходы двора. По словам одного исследователя, военные дома образовывали наследственную военную касту, обремененную тяжелыми физическими и финансовыми тяготами.
При Хубилае эти тяготы еще можно было терпеть. Армия поддерживала высокую боеспособность, как показывают позднейшие успехи в Маньчжурии и Юго-Восточной Азии. Однако при этом возникали многочисленные возможности для взяточничества и других злоупотреблений. Офицеры вымогали деньги у солдат. Кроме того, власть военной администрации была ограниченной. Хотя Тайный Совет контролировал столичный округ, военные нужды большинства прочих областей находились в-ведении местных подразделений, которые часто были практически автономны.
Некоторые части традиционной монгольской военной системы продолжали пользоваться большим влиянием и после того, как Хубилай стал императором Китая. Хубилай сохранил кесиг, отряд телохранителей Чингис-хана, и предоставил им особые привилегии и награды. Воины, служившие в кесиге, обычно происходили из знатных монгольских родов и сохраняли свое положение в монгольской иерархии. Хубилаю они были нужны в качестве противовеса китайским военным. Так, он доверял личную охрану и охрану своих приближенных не китайцам, а кесигу. Сходным образом, расставляя в своих владениях гарнизоны, Хубилай чувствовал необходимость поддерживать монгольское господство. Начальниками гарнизонов, стоявших в столице, на границах, во Внутренней Азии и в потенциально взрывоопасных областях Китая, назначались монгольские полководцы.
Хубилай также понимал, насколько важно поставить под монгольский контроль военное снабжение. Он ввел государственную монополию на бамбук, не для того, чтобы увеличить доходы, а с целью не допустить его свободного использования для изготовления оружия. Так как из бамбука изготавливались луки и стрелы, этот материал перешел в полную собственность монгольского правительства, а китайцам строго запрещалось его покупать и продавать.
Столь же хорошо Хубилай осознавал ценность лошадей для военного дела и необходимость создания разумной системы для их получения. Монголы, жившие теперь в оседлом мире, начали испытывать те же сложности с лошадьми, что и китайцы. Для расширения пределов своих владений и защиты от врагов Хубилаю требовалось наладить поставку боевых коней. Поэтому он учредил «конную администрацию» и издал постановления для охраны табунов. Он создал Двор императорских конюшен, чтобы пасти своих коней, а также содержать лошадей, приписанных к почтовым станциям, императорской гвардии и войскам. По указам, выпущенным двором, одна из каждых ста лошадей, находящихся в собственности граждан, должна была передаваться правительству. Хубилай также присвоил себе право покупать лошадей, а владельцы были вынуждены продавать их по установленным ценам. Иногда он даже забирал коней, не выплачивая возмещения владельцам, под следующим предлогом: «Лошади уже были реквизированы у буддийских монахов, христиан, даосов, мусульманских наставников в Северном Китае. Зачем лошади монахам и даосам, сидящим в своих храмах?» Китайским семьям, укрывавшим коней, грозили суровые наказания. Такие же кары были предусмотрены для китайских и мусульманских купцов, переправлявших их контрабандой через границу на продажу врагам Хубилая. Хубилай придавал большое значение предотвращению этой контрабанды.