Хубилай понимал, что для эффективного управления страной ему надо завоевать доверие конфуцианцев. Одним из шагов, предпринятых с этой целью, был перенос столицы в Северный Китай. Китайские летописцы приписывают честь возведения нового столичного города императорскому советнику Лю Бинчжуну. Согласно этим источникам, город был построен по образцу идеальной столицы, изображенной в древнем тексте Чжоу ли. Лю изображается истинным вдохновителем строительства, а Хубилай выставлен в образе правителя, всего лишь одобрившего планы своего советника. Однако представляется совершенно невероятным, чтобы Хубилай сам не мог оценить важность такого предприятия, как перенос центра государства в самую густонаселенную и бесспорно самую процветающую часть своих владений. Он, несомненно, осознавал всю символическую нагрузку этой меры и вряд ли нуждался в особых уговорах со стороны Лю Бинчжуна.
В 1266 г. Хубилай приказал начать строительство столицы близ современного Пекина. Этот город первоначально при династии Цзинь назывался Чжунду (Центральная Столица), а в 1272 г. он получил название Даду (Великая Столица); тюрки называли его Ханбалык (Город Хана), а монголы — Дайду. Обычно место расположения будущего города определялось китайцами с помощью геомантии (фэншуй). Однако город Чжунду уже существовал; новый город строился чуть северо-восточнее столицы династии Цзинь. Кроме того, от большинства других китайских городов его отличало то, что на строительстве работало множество иноземных мастеров. На самом деле надзор за работами был доверен мусульманину. Тем не менее, город вышел китайским по духу и стилю, так как планировщики следовали китайским образцам и возводили большую часть зданий в китайской архитектуре. По желанию Хубилая, новая столица должна была символизировать его благосклонность к традиционной китайской учености и конфуцианству.
Хубилай избрал для своей столицы местность, удаленную от центров коренных китайских династий. Три древние столицы Китая — Сиань (в современной провинции Шэньси), Лоян и Кайфэн (обе в современной провинции Хэнань) — располагались у Хуанхэ или одного из его притоков, значительно южнее современного Пекина. Столицей династии Цзинь был Чжунду, но это была чужеземная, чжурчжэньская династия. Хубилай также пошел наперекор китайским традициям и возвел свою столицу за пределами области, которую можно назвать колыбелью китайской цивилизации. Причиной этому послужило, отчасти, его стремление показать, что Китай — лишь часть его владений. Желая удерживать в своих руках контроль над коренными монгольскими землями, он построил город гораздо севернее древних китайских столиц. Административный центр на севере представлял собой прекрасный пост сбора информации и базу, позволявшую осуществлять контроль над монгольскими степями. Подобно китайским императорам, Хубилай при выборе места будущей столицы преследовал и другие цели. Город должен был располагаться в удобной для обороны местности, служить транспортным, торговым и информационным узлом для различных областей империи и иметь доступ к необходимым запасам воды и продовольствия. Главный недостаток Чжунду заключался в нехватке зерна, который Хубилай пытался восполнить, наладив поставки продовольствия из южных областей страны. Чтобы облегчить подвоз припасов, он в конце концов приказал продлить Великий Канал до самой Столицы.