Точно так же одобрение со стороны конфуцианцев не могло не вызвать его благосклонное отношение к написанию династической истории в традиционном китайском духе. Конфуцианство, всегда с почтением смотрящее в прошлое и использующее исторические события как примеры для подражания, давало толчок к осуществлению подобных официально одобренных историографических замыслов. В августе 1261 г. Ван Э, уже составивший (в 1234 г.) историю падения Цзинь, предложил собрать исторические записи о династиях Ляо и Цзинь, включив сюда и историю первых монгольских властителей. Он следовал традиционным китайским воззрениям, повторив тезисы о том, что история содержит образцы для настоящего и что как добродетели, так и пороки предшествующих династий служат прекрасными примерами. Подразумевалось, что Хубилаю следует подражать великим императорам древности. Чтобы обеспечить правильный сбор записей и архивную работу, Ван предложил учредить Историческое Управление, которое дополнило бы уже существующую академию Ханьлинь, в которой трудились ученые-конфуцианцы. По-видимому, это новое учреждение должно было использовать влияние ученых Ханьлинь для ускорения работы над историческими проектами. Новое ведомство, получившее название Ханьлинь гоши юань, должно было собирать записи и затем составлять истории династий Ляо и Цзинь, а также истории монгольских правителей до Хубилая. Император, похоже, в отличие от китайцев не испытывавший никакой склонности к историческим трудам, тем не менее, одобрил предложение Вана и санкционировал создание Управления написания государственной истории. Скорее всего, он сделал это с целью успокоить конфуцианцев и позволить им заниматься своим традиционным делом. Какими бы ни были соображения Хубилая, Ван Э собрал в Управлении написания государственной истории редакторов, составителей и ученых. Хотя ни история Ляо, ни история Цзинь так и не была завершена при Хубилае даже в черновом варианте, Ван Э разработал организационную схему для «Истории Цзинь». Однако заслуга самого замысла и начала претворения его в жизнь принадлежит Хубилаю и его советникам.
Естественно, если Хубилай хотел выступать в роли правителя всего Китая, он должен был завоевать доверие не одних лишь конфуцианцев. Следовало прислушиваться к представителям других религий и культов. Хубилай проводил политику, направленную на привлечение симпатий всех религий в его владениях. Перед китайскими учеными он выдавал себя за поборника конфуцианской системы; перед тибетскими и китайскими монахами он стремился выглядеть ярым буддистом; европейцам, таким как Марко Поло, он предрекал массовое обращение своих подданных в христианство, а мусульманам он обещал свое покровительство. Такое хамелеоноподобное поведение весьма помогало Хубилаю управлять этнически и религиозно разнородным населением империи.
Одной из религиозных групп, которые Хубилай стремился привлечь на свою сторону, были мусульмане. Начиная с 1261 г. он все чаще доверял им правительственные должности и даровал особые привилегии. Например, мусульмане были освобождены от постоянных налогов.
Двор редко вмешивался в религиозные дела мусульман. Упоминания о мусульманских общинах часто можно встретить в китайских и персидских источниках.
Мусульмане жили в летней столице Хубилая Кайпине и в главной столице Даду. Среди них были ремесленники, торговцы и архитекторы; как известно, Хубилай высоко ценил эти професии.
Хубилай терпимо относился к мусульманам, которые во многих областях страны создали практически самоуправляемые сообщества, и иногда даровал им награды.
Общины часто возглавлялись лицом, носившим звание шейх ал-ислам (кит.: хуэйхуэй тайши), которое часто выступало в роли посредника между общиной и монгольскими властями. Мусульманские законы толковались кади (кит.: хуэйцзяоту фагуань). В мусульманских районах были свои базары, больницы и мечети. Хубилай не препятствовал мусульманам соблюдать такие религиозные заповеди, как обрезание и воздержание от свинины. Он также не пытался навязать им китайский или монгольский язык. Многие члены общины продолжали говорить на арабском, персидском и тюркском. Хубилай выказывал свою благосклонность мусульманам, поскольку они приносили ему большую пользу в делах правления. Они налаживали торговые связи с другими азиатскими странами и служили сборщиками налогов и управляющими финансами, ослабляя зависимость Хубилая от китайских советников и чиновников. Так как мусульмане полностью зависели от императорского двора, наделявшего их должностями и властными полномочиями, император мог рассчитывать на их верность больше, чем на преданность китайцев.