«Проект Х» подчинялся непосредственно Францу Альфреду Зиксу. Сам он никогда не занимался непосредственной работой по изучению истории преследования ведьм, однако как глава сначала 2-го, а затем 7-го управления РСХА он являлся автором тех директив, на которые опирались сотрудники «Зондеркоманды Х». Уже одного этого обстоятельства вполне достаточно, чтобы поближе познакомиться с биографией Франца Зикса. Он родился 12 августа 1907 года в Мангейме, и, таким образом, к моменту создания РСХА ему было лишь немногим более 31 года. Как отмечает отечественный исследователь Константин Залесский, всё это позволяет характеризовать Франца Зикса как «молодого интеллектуала», который был привлечен к сотрудничеству с СС лично Рейнхардом Гейдрихом. В свое время Зикс изучал философию и политэкономию в знаменитом Гейдельбергском университете, где в 1934 году защитил диссертацию и получил ученое звание доктора философии. Однако в национал-социалистическом движении Зикс не был случайным человеком и, в отличие от большинства сотрудников той же криминальной полиции, примкнул к нацистам не из карьерных соображений, а по убеждениям. Уже в 1929 году он стал членом гитлерюгенда и Национал-социалистического союза студентов, а 1 марта 1930 года – полноправным членом НСДАП (он имел партийный номер 246 670) и CA. На протяжении нескольких лет он сделал успешную карьеру в молодежных нацистских организациях и к 1934 году стал пресс-директором Германской ассоциации студентов Кёнигсбергского университета. В 1936 году Зикс получил должность доцента юриспруденции и политических наук Кёнигсбергского университета. К этому времени он уже вовсю сотрудничал с СД, выполнял задания по исследованию отдельных направлений враждебной идеологии, поэтому вполне логично, что высоко ценивший его знания Гейдрих предложил Зиксу перейти на службу в СД.
20 апреля 1935 года Зикс вступил в СС (получил номер СС 107 480), получил звание унтерштурмфюрера и был назначен начальником Центрального отдела I 3 (пресса и музей) Главного управления СД, причем одновременно он остался руководителем одного из главных управлений Национал-социалистического союза студентов. За два года он стремительно преодолел несколько ступенек по служебной лестнице и в июне 1939 года возглавил отдел исследований вопросов идеологии III управления Главного управления СД, а 12 декабря того же года был произведен в оберштурмбаннфюреры СС (что соответствовало уже подполковнику). Как уже указывалось выше, 27 сентября 1939 года Зикс стал начальником II, а затем и VII управления РСХА. 11 сентября 1938 года ему было присвоено звание штандартенфюрера СС. Так как Зикс возглавлял «научное» управление, то одновременно происходил и его «профессиональный» рост – в 1938 году он стал почетным профессором Кёнигсбергского, а в октябре 1939 года – Берлинского университета. О том, каким высоким авторитетом пользовался Зикс у руководства, может служить тот факт, что его планировалось после успешного захвата Великобритании назначить руководителем СД и полиции безопасности на Британских островах.
Франц Альфред Зикс на судебном процессе