Чези хорошо предсказал возможное развитие ситуации. Он ошибался только в одном: дать делу обратный ход было уже невозможно. Князь даже нашел священника, который высказался в защиту сторонников Коперника. Им стал Паоло Антонио Фоскарини. Он даже написал работу «Письмо отца настоятеля Паоло Антонио Фоскарини, члена ордена кармелитов, к Себастьяну Фантони, генералу ордена, о мнении пифагорейцев и Коперника о движении Земли и неподвижности Солнца и о новой пифагорейской системе мира».
Но события начали развиваться с головокружительной быстротой. 7 февраля 1615 года доминиканский священник Лорини написал донос на Галилея и других сторонников Коперника. В своих обвинениях Лорини опирался на растиражированное письмо Галилея к Кастелли. 16 февраля с обвинениями против Галилея выступил епископ Фиезоле, а 25 февраля было начато дело инквизиции против Галилея. Ученый обратился к своим римским друзьям, которые посетили кардинала Беллармино. Кардинал сообщил, что ничего не знает. На самом деле верхушка инквизиции уже рассмотрела донос и затребовала от своего флорентийского коллеги оригинал письма Галилея к Кастелли.
Интересно, что Беллармино с пониманием относился к ученому или, по крайней мере, демонстрировал лояльность. В ответ на письмо Фоскарини, заступника Галилея, он писал, видимо желая предупредить необдуманные действия Галилея и его единомышленников: «Во-первых, мне кажется, что Ваше священство и господин Галилео мудро поступают, довольствуясь тем, что говорят предположительно, а не абсолютно, я всегда полагал, что так говорил и Коперник. Потому что, если сказать, что предположение о движении Земли и неподвижности Солнца позволяет представить все явления лучше, чем принятие эксцентров и эпициклов
Во-вторых, как Вы знаете, собор запретил толковать Священное Писание вразрез с общим мнением святых отцов. А если Ваше священство захочет прочесть не только святых отцов, но и новые комментарии на книгу «Исхода», псалмы, Экклезиаст и книгу Иисуса, то Вы найдете, что все сходятся в том, что нужно понимать буквально, что Солнце находится на небе и вращается вокруг Земли с большой быстротой, а Земля наиболее удалена от неба и стоит неподвижно в центре мира. Рассудите сами, со всем своим благоразумием, может ли допустить церковь, чтобы Писанию придавали смысл, противоположный всему тому, что писали святые отцы и все греческие и латинские толкователи?»
Как видим, кардинал предоставил Галилею возможность признать свои идеи и идеи Коперника математической моделью, цель которой как можно лучше отобразить астрономические явления. Но в ученом в который раз проснулся «задира». Он понимал, что его воззрения истинны, и хотел побороться за них. Он попытался разделить функции науки и религии. В письме, адресованном Фоскарини, ученый не только в очередной раз излагает свои астрономические воззрения, но и утверждает, что эти идеи являются не просто удобной математической моделью, они истинны, а теория геоцентризма ложна. Сходные мысли содержались в письме, которое Галилей отправил герцогине-матери Кристине. Кроме того, там попадались и довольно резкие выражения, в которых ученый указывал на невежество своих врагов: «Почему же всякий, кто ничего в этом не смыслит, имеет право проповедовать против Коперника, тогда как мне запрещается говорить в его пользу?»
В конце марта 1615 года Томмазо Каччини был допрошен инквизицией. Он изложил суть своих обвинений в адрес Галилея, рассказал о том, что ученый водил дружбу с Паоло Сарпи — еще одним флорентийским противником иезуитов, и назвал имена друзей и сторонников Галилея. Вскоре флорентийский инквизитор получил приказ допросить этих людей. Следствие велось тайно, но, по всей видимости, кто-то из них нарушил присягу о неразглашении тайны и рассказал о нем Галилею. В результате в конце 1615 года ученый решил предпринять поездку в Рим.