После Аустерлица карта Европы претерпела очередные серьезные изменения. Наполеон награждал союзников и карал противников. Пруссия отдавала Баварии Аншпах, а Франции – княжество Невшатель и Клеве, Наполеон, в свою очередь, передавал пруссакам Ганновер. Бавария получала от Австрии Тироль, но отдавала Наполеону Берг. Вскоре французский император приказал войскам занять Неаполитанское королевство; Бурбоны бежали, и новым неаполитанским королем стал Жозеф Бонапарт. Награждались и другие родственники и соратники Наполеона. Людовик был долгое время королем Голландии (пока Наполеон не ликвидировал это королевство, включив Голландию в состав Франции), Жером в 1807 году стал королем Вестфалии, различные княжеские титулы получили Талейран, Мюрат, Бертье. В свое время наследным принцем шведским был избран хитрый Бернадот, выступивший впоследствии против своего недавнего повелителя. Двор императора сверкал огнями, лились реки шампанского, а в адрес Наполеона из уст придворных и марионеточных правителей – безудержная лесть.
В 1806 году Наполеон образовал Рейнский союз, в который вошли Бавария, Вюртемберг, Баден, Регенсбург, Берг, Гессен-Дармштадт, Нассау. Протектором союза стал сам Бонапарт. Образование союза положило конец существованию Священной Римской империи.
Тем временем Пруссия решалась на новую войну. Условий договора Наполеон не соблюдал: Ганновер не был освобожден французами. Усиление императора на рейнских землях рано или поздно должно было привести к полному покорению Пруссии. Опять подстрекала к войне Англия. Во главе военной партии стояла королева Луиза. В прусских газетах появились хвастливые статьи – казалось, сторонники войны с Наполеоном потеряли чувство реальности. 13 сентября 1806 года прусские войска двинулись в Саксонию. Прусскую армию возглавил престарелый герцог Брауншвейгский. Фридрих Вильгельм потребовал отвода французских войск от границы с этой страной. В ответ 8 октября Наполеон отдал приказ о переходе границы.
Великая армия двигалась из Баварии тремя колоннами. Впереди центральной колонны находилась кавалерия Мюрата, за ним следовал сам Наполеон с главными силами. Колонны шли через Франконский лес к Эльбе с тем, чтобы выйти в тыл к пруссакам. В первых двух боях 9 и 10 октября при Шлейце и Заальфельде пруссаки были отброшены. Часть основных прусских сил (38 тысяч) находилась около Йены под командованием князя Гогенлоэ. Другой, большей частью армии (53 тысячи) командовал сам герцог Брауншвейгский, он отходил севернее – к Наумбургу. Туда же Наполеон послал корпус Даву, чтобы отрезать пруссакам отступление на Берлин, в то время как сам с Неем, Сультом и Мюратом пошел на Йену. Вечером 13 октября Наполеон был уже в городе и с высот увидел разворачивающиеся на дороге силы Гогенлоэ. Князь уводил их на Веймар, но в ночь на 14 октября остановился и неожиданно для французского императора решил принять бой.
Дело было в том, что Гогенлоэ полагал, будто перед ним находятся лишь второстепенные силы французов. Поэтому он вел себя столь смело. Ночью он лег спать, даже не составив диспозиции на следующий день. Наполеон же, напротив, был уверен, что перед ним главные силы противника, вся прусская армия. Поэтому половину ночи он потратил на укрепление своих позиций. В темноте незаметно для неприятеля французы заняли гору Ландграфенберг, главенствующую над окрестностями Йены. В полном мраке 30 тысяч солдат вскарабкались наверх по тропам и втащили туда пушки, заняв тем самым выгодное исходное положение для атаки. Левым флангом французской армии командовал Ожеро. В центре французских позиций стоял корпус Ланна, несколько позади него находилась императорская гвардия. На правом фланге расположился корпус Сульта.
Утром 14 октября стоял густой туман. Сражение началось в 6 часов. Первым в бой двинулся корпус Ланна, который за три часа отбросил 8-тысячный авангард пруссаков, занимавший до этого ряд позиций под Каспедой, Лютцероде и Клозвицем. В это время князь Гогенлоэ оставался абсолютно спокоен. Только увидев бегущий авангард, он начал немного волноваться. Туман рассеялся, и Гогенлоэ к своему величайшему изумлению обнаружил, что на его позиции с высот Ландграфенберга и с флангов, и против центра идут атакующие французы. Он срочно запросил помощи у Рюхеля (тот с 15 тысячами стоял у Веймара), а сам попытался собрать в кулак свои разбросанные на большом расстоянии силы и двинул 25 тысяч навстречу французам к деревне Фирценхейлинген. Пруссаки устремились вперед по правилам линейной тактики, открыв массированный огонь без прицеливания.