В это же время вслед за Ланном вступили в бой войска Сульта и Ожеро. Сульт на левом фланге прусских позиций выбил стоявший в лесу сильный отряд генерала Гольцендорфа. Тем временем маршал Ней заметил движение противника к Фирценхейлингену. Он укрепился в этой деревне с 3 тысячами солдат. В течение часа Ней сдерживал здесь пруссаков. Обученные действовать в рассыпном строю и прицельно стрелять, французы из-за заборов и из построек спокойно выкашивали прусские линии. Наполеон приказал Ланну поддержать Нея. В 13.00 императору сообщили, что резервные линии французской кавалерии развертываются на исходных позициях, а следом за ними выстраиваются для боя две свежие дивизии из корпуса Нея. Когда обходные колонны Сульта и Ожеро, завершив маневр, дружно ударили по противнику с флангов, Наполеон отдал приказ к решительной атаке всеми силами. Гогенлоэ, вместо того чтобы немедленно отступать, продолжал в нерешительности ждать Рюхеля. Французы опрокинули прусско-саксонские войска и вскоре те (кроме одного саксонского гренадерского батальона) начали паническое бегство. Рюхель появился на поле боя в 14.00 и не смог исправить положение.
Мюрат долго преследовал бегущих пруссаков, в Веймаре он нагнал и уничтожил большинство из них (и многих жителей города, просто попавших под горячую руку). Огромное количество прусских солдат было убито, еще больше пропало без вести. День 14 октября стал роковым не только из-за Йены. В этот же день возле Ауэрштедта, в 20 километрах от Йены, маршал Даву силами одного своего корпуса разгромил войска герцога Брауншвейгского, причем сам герцог был убит. А прусский король с ужасом узнал, что его армия практически прекратила свое существование всего через шесть дней после начала войны.
Наполеон шел прямо на Берлин. Были заняты герцогство Гессен-Кассель, Брауншвейг, Эрфурт, Галле, Виттемберг и пр. Император торжественно въехал в Берлин 27 октября 1806 года. Надо отметить, что население городов не оказало Наполеону особого сопротивления. Более того, его встречали во многих местах, что называется, «с музыкой». К 8 ноября французы практически полностью заняли территорию Пруссии. Был взят в плен отряд Блюхера, некоторые сильные крепости с большими гарнизонами просто позорно сдавались без единого выстрела, по первому же требованию наполеоновских офицеров. Королевский двор укрылся в Мемеле (Клайпеда), Фридрих Вильгельм с ужасом ожидал решения своей участи и участи своей страны.
Бонапарт чувствовал себя на вершине могущества. Может быть, именно это настроение привело его к мысли, что пора решительно покончить со своим основным соперником. В самом деле, вокруг императора одна за другой рушились старинные династии, прекращали свое существование государства, а Англия была все еще сильна. 21 ноября в Берлине Наполеон подписал свой знаменитый указ об организации континентальной блокады. Согласно этому указу, запрещалась всякая торговля и любые сношения с Британией. Император хотел удушить Британию экономически, лишив ее европейского сырья, а главное – европейского рынка сбыта. Эта блокада впоследствии стала своеобразной идеей фикс для великого полководца. Для того чтобы она была действенна, нужно было заставить соблюдать ее абсолютно все страны Европы, что при неуемном властолюбии и больших амбициях Наполеона вело к новым и новым войнам. А английские товары тем временем все равно просачивались в Европу – через контрабандные окна, не захваченные государства, под американским флагом и т. д. и т. п. Наполеон устраивал облавы на своих же чиновников и магазины внутри страны, в Европе пылали костры из английских тканей и продуктов, император бесцеремонно занимал портовые города… Блокада наносила вред не только англичанам, но и французским торговцам, однако из любого экономического кризиса Бонапарт делал только один вывод: как можно скорее кончать с Англией, а после победы над ней снять блокаду.
Прусская война, собственно, не окончилась с разгромом самой прусской армии. На помощь Фридриху Вильгельму выступил русский император. Он имел много веских причин для этого. Помимо союзных обязательств и материальной помощи со стороны Англии, среди них были и опасения за свои польские владения (Наполеон заигрывал с поляками, намекая на восстановление их королевства, разделенного еще в конце XVIII века), и близость французов к российским границам, и невыгодность для России объявленной Наполеоном блокады, наконец, настроения реванша после Аустерлица. Русские войска двинулись в Восточную Пруссию и Польшу. Туда же направил свое 100-тысячное войско и Наполеон.