В 17 часов на поле боя показались передовые части Лестока. Они подошли на помощь войскам Остермана-Толстого. На всех пунктах русского левого фланга французы были отброшены, удержавшись только у Клейн-Заусгартена. До девяти часов вечера продолжалась канонада с обеих сторон, но для продолжения широкомасштабного сражения ни у той, ни у другой армии сил уже не было. Корпус Нея появился лишь к 22.00. Беннигсен, узнав об этом и опасаясь окружения, приказал отступать к Кенигсбергу. Наполеон стоял у Прейсиш-Эйлау, а потом отошел.
Сражение при Прейсиш-Эйлау – важная веха в истории гениального Наполеона. Он не проиграл, но чуть ли не впервые не выиграл (хотя оба командующих говорили о своей победе). В кровопролитнейшем сражении погибло около 50 тысяч русских, французов и пруссаков. Маршал Ней говорил по поводу этой битвы: «Что за бойня и без всякой пользы!»
Французы снова отошли на зимние квартиры, хотя далеко не всегда можно было говорить о квартирах. Наполеон писал жене и брату, что он участвует в войне «во всем ее ужасе». Император спал то в амбаре, то в крестьянской избе – он отказался жить в одном из больших городов, – питался самой простой пищей. Много времени уделялось подвозу боеприпасов и оружия, Наполеон лично распределял их по корпусам, армия пополнилась немцами и голландцами. К маю у императора было уже 8 корпусов, 228 тысяч солдат. Русская армия в это время снабжалась гораздо хуже.
С началом мая все войска Наполеона выступили из городов и деревень в лагеря. 5 июня 1807 года начал наступление Беннигсен. Багратиону удалось заставить отступать маршала Нея, Платов со своими войсками перешел реку Алле. Последовало наступление русских и на других участках фронта, но в какой-то момент по не совсем понятным причинам Беннигсен прекратил преследование Нея и повернул обратно. Наполеон быстро собрал в кулак 6 корпусов и гвардию (всего 125 тысяч человек) и начал контрнаступление. В окрестностях Гейльсберга Беннигсен остановился, укрепил позиции и 10 июня дал сражение. В нем французы потеряли 8, а русские – 10 тысяч человек.
Французский император отправил два корпуса на Кенигсбергскую дорогу, и Беннигсену пришлось отступать на северо-восток. Затем Наполеон отправил главные силы через Эйлау прямо на Кенигсберг, правильно предвидя, что Беннигсен обязательно попытается защитить город. 14 июня Бонапарту стало известно, что русская армия, накануне занявшая небольшой городок Фридланд, готовится перейти на западный берег Алле и пойти к Кенигсбергу. Ланн первым увидел этот отход и тут же открыл огонь. Император приказал всем войскам немедленно поддержать его. Беннигсен, торопясь перейти Алле, совершил большую ошибку, сосредоточив и «сдавив» значительную часть армии в излучине. В эту массу врезался корпус Нея. Французы с боем вошли в Фридланд, разрушили мост через Алле. Русские так и не смогли развернуться и укрепиться для боя. Они понесли страшные потери – около 25 тысяч человек, потеряли и всю артиллерию. Беннигсен отступил к реке Прегель.
Вскоре Сульт спокойно вошел в Кенигсберг, а Наполеон с основными силами подошел к Неману. Французы стояли у города Тильзит, у самой границы Российской империи. Беннигсен запросил перемирия. 25 июня состоялась знаменитая встреча Наполеона с Александром I. Для этого рандеву двух императоров был построен плот посреди реки. Александр и Наполеон долго дружески беседовали в шатре на этом плоту. Бонапарт со всем возможным уважением разговаривал со своим русским коллегой, оба сошлись на нелюбви к англичанам. Прусского короля не удостоили чести быть третьей стороной. С 26 июня оба императора были в Тильзите, проводя ежедневные переговоры, обедая вместе и т. д. 8 июля 1807 года был заключен мир, по которому Пруссии оставлялись Старая Пруссия, Померания, Бранденбург и Силезия. Все ее владения к западу от Эльбы вошли в состав новообразованного Вестфальского королевства. Из отнятых у Пруссии польских земель (Познанская и Варшавская области) было образовано Великое герцогство Варшавское, герцогом в котором стал саксонский король (его собственная страна была чуть позже присоединена к Рейнскому союзу). Александр I при этом получил небольшой Белостокский округ. Между Наполеоном и Александром был также заключен тайный наступательный и оборонительный союз, из которого следовало, что Россия должна была включиться в экономическую блокаду Англии. На некоторое время между российским и французским императорами установилась «полная любовь и согласие».