Пять лет Нельсон на 32?пушечном фрегате «Ловестов» охранял британские суда в Карибском море, командовал приданной ему шхуной, затем был переведен третьим лейтенантом на флагманский корабль «Бристоль» адмирала Питера Паркера и вскоре дослужился до звания первого лейтенанта. В декабре 1778 года, получив чин коммандера, двадцатилетний Нельсон был назначен командиром брига «Бэджер». В июне 1779 года он сменил убитого командира фрегата «Хинчинбрук». Столь быстрое продвижение по службе объяснялось умением и решительностью молодого офицера, находившего выход из трудных и рискованных ситуаций. Осенью 1779 года Нельсон командовал фортом Чарльз на Ямайке, ожидавшей французского вторжения, в 1780 году доставил английские войска в Никарагуа, но сам заболел и был отправлен в Англию. Привыкнув к тропикам, он страдал от холода. Тем не менее моряк, как только выздоровел и появилось подходящее назначение, отправился в море. На сей раз он командовал переоборудованным в 28?пушечный фрегат судном «Албемарл», конвоировал суда с грузами в Северном море, а с 1882 года — у берегов Америки. Нельсон добился перевода в эскадру лорда Худа, действовавшую в Вест?Индии. Здесь он взял французское судно с ценным грузом, пытался отбить, правда безуспешно, один из Багамских островов, захваченный французами, проводил разведку у берегов Кюрасао. По поручению Худа Нельсон обучал тактике принца Уильяма, будущего короля Вильгельма IV, стал его другом и сопровождал в Гавану с официальным визитом.
После заключения мирного договора «Албемарл» вернулся в Англию. Экипаж распустили. Но Нельсона по его просьбе командиром 28?пушечного фрегата «Борей» вернули в Вест?Индию. Здесь он показал себя человеком долга и боролся с контрабандой, выгодной местным властям. Его правоту, в конце концов, признало адмиралтейство, однако награду моряк не получил.
После возвращения в Англию в 1787 году Нельсон пять месяцев занимался насильственной вербовкой моряков и хотел уйти с флота. Еще пять лет ему пришлось жить в доме отца, работать на земле и охотиться. Корабль для него не могли найти. Лишь после того как разгорелась Французская революция и Конвент 1 февраля 1793 года объявил войну Англии и Голландии, Нельсону поручили командовать 64?пушечным кораблем «Агамемнон», который включили во флот Средиземного моря под командованием адмирала Худа. В начале Французской революции Худ привел англо?испано?сардинскую эскадру в Тулон. Однако, чтобы удержать порт против войск Конвента, сил не хватало. Худ направил «Агамемнон» в Неаполь с просьбой о подкреплении войсками к союзному королю Обеих Сицилий. В Неаполе Нельсон встретился с Эммой Гамильтон и при ее содействии получил необходимую помощь. Нельсон участвовал в обороне Тулона, затем в боевых действиях против Корсики. Летом 1794 года моряк участвовал в осаде Кальви; в бою осколок камня повредил ему глаз. Тем не менее вклад Нельсона в боях на Корсике не отметили, он не попал даже в списки раненых.
После ремонта в Ливорно быстроходный «Агамемнон» атаковал и взял в двухдневном бою более сильный французский корабль «Са Ира». До конца 1795 года Нельсон крейсировал по Средиземному морю, охраняя судоходство, оказывая помощь союзникам и блокируя порты противников. Прибывший на смену Худу в 1796 году Джервис, которому понравился моряк, поручал ему самостоятельные операции, назначил на 74?пушечный корабль «Капитан» и произвел в коммодоры.
Нельсон особенно отличился в сражении 14 февраля у мыса Сан?Винсенти против испанской эскадры. Джервис поступил неожиданно. Он приказал британской линии разрезать неприятельский строй, чтобы разбить его по частям. Испанцы попытались восстановить линию. Однако тут вмешался Нельсон, который нарушил заповедь: не оставлять линию без приказа флагмана. Его «Капитан», третий от конца, сначала отошел от строя, затем круто повернул и, пройдя сквозь арьергард противника, вошел в разрыв вражеской линии. Некоторое время ему пришлось выдерживать бой против 7 неприятельских кораблей, в том числе 4 100?пушечных, пока не подошли еще три британских корабля. Из 4 взятых испанских кораблей 2 овладел Нельсон. Он сам участвовал в абордажной схватке. Уже через неделю Нельсон получил чин контр?адмирала синего флага и титул рыцаря ордена Бани, возводивший его в дворянское достоинство, тогда как сэр Джон Джервис благодаря ему стал графом Сан?Висенти. Особенно Нельсона радовала золотая медаль, которую получили старшие офицеры — участники сражения.
Позднее вместе со Средиземноморским флотом Нельсон, подняв флаг на корабле «Тезей», блокировал Кадис, дважды в июле 1797 года обстреливал ночами порт из пушек и мортир и даже участвовал в рукопашной схватке. Временами моряка «заносило». Он задумал высадить под прикрытием огня артиллерии десант на остров Тенерифе и захватить стоявшее в гавани судно с золотом из Мексики. Но расчет на внезапность не оправдался, экспедиция не удалась, а Нельсон лишился руки, раздробленной пулей.