Главнокомандующий лорд Кейт считал, что Нельсон этого времени, увешанный орденами, выглядел жалко. Он доверил контр?адмиралу командование на Средиземном море. Но пока Нельсон оставался в Палермо с королевской семьей, опасавшейся жить в Неаполе, Наполеон Бонапарт морем прибыл во Францию и утвердил свою власть в качестве первого консула. Кейт вернулся в Ливорно к началу 1800 года, вызвал Нельсона, чтобы заставить его действовать, прибыл с ним в Палермо, откуда через несколько дней эскадра Нельсона во главе с Кейтом направилась к Мальте. По пути встретили они французский 74?пушечный корабль «Женере», один из спасшихся при Абукире, и Нельсон без приказа Кейта погнался и овладел им. Кейт отправился на север — помогать австрийской армии осаждать Геную. На Нельсона он возложил ответственность за блокаду Мальты. Через несколько недель Нельсон, не выдержав разлуки, сказался больным и вернулся в Палермо. Флагманский корабль он направил обратно, и командир «Фоудройанта» по пути к Мальте овладел последним французским кораблем, уцелевшим при Абукире. Эта удача на время успокоила критику в адмиралтействе действий Нельсона, который дошел до того, что продемонстрировал Гамильтонам предпринятый им специально обстрел Валетты с моря, а затем совершил с ними прогулку по морю.
Наконец терпение адмиралтейства лопнуло. Моряка вызвали на лечение в Англию. Последней почестью короля Фердинанда явился орден Святого Фердинанда с большой золотой звездой, который он учредил специально для моряка. Так как Нельсону с Гамильтонами для переезда не предоставили военный корабль, они направились по суше. Путешествие по Европе вылилось в триумф флотоводца. Восторженно встречал его и народ на родине. 6 ноября Нельсон прибыл в Ярмут. Основной трудностью являлись взаимоотношения с женой и любовницей, вызывавшие недовольство двора. Потому сразу же по прибытии вице?адмирал направил в адмиралтейство просьбу о незамедлительном назначении.
Вскоре дело для моряка нашлось. Организованный Павлом I союз вооруженного нейтралитета России, Швеции и Дании был направлен против интересов Великобритании. Нельсона произвели в вице?адмиралы синей эскадры и направили заместителем командующего флотом на Балтике адмирала Хайда Паркера. Флотоводец поднял флаг на корабле «Сан?Жозеф», который сам он взял в сражении у Сан?Висенти. Вскоре Нельсон выехал в Портсмут, где готовилась эскадра. Он торопился начать и быстрее закончить кампанию. Однако Хайд Паркер откладывал поход. Нельсон написал другу в адмиралтейство, что задержки грозят соединением шведского и датского флотов с русским. Предупреждение подействовало: 13 марта флот из Ярмута направился к Копенгагену. Хайд Паркер вновь не торопился действовать, а затем поручил Нельсону возглавить атаку датского флота с 10 кораблями, бомбардирскими судами и брандерами. Вечером 1 апреля, осмотрев датские укрепления, вице?адмирал считал, что истребит их огнем корабельной артиллерии. Флотоводец намеревался применить ту же тактику, что и при Абукире: пройти вдоль линии части кораблей датского флота, начиная с арьергарда, взорвать их и перейти к следующим. Удачная перемена ветра позволила ему в сражении 2 апреля 1801 года занять нужную позицию. Но и датчане, поддержанные огнем батарей, чувствовали себя уверенно. Паркер, наблюдая обрушившийся на англичан шквал огня, поднял сигнал прекратить сражение. Нельсон на флагманском корабле «Элефант», приняв сигнал, не подчинился. Вскоре датский флагман «Даннеброг» загорелся, обрубил якоря и, отнесенный на середину пролива, взорвался. Были потоплены и выведены из строя 17 неприятельских кораблей. К вечеру вице?адмирал готовился атаковать датчан брандерами, однако первоначально предложил им капитулировать, угрожая сжечь плавучие батареи. Флотоводец блефовал, ибо несколько его кораблей стояли на мели под огнем батарей. Однако принц Фредерик согласился сдать корабли и выполнить другие требования.
За победу при Копенгагене Нельсон получил титул виконта; орденами его не наградили, ибо война не была объявлена. Паркера отозвали, и Нельсон стал командующим. Когда шведский флот вышел в море, одно движение британского флота заставило его бежать в гавань. Узнав о смерти Павла I, Нельсон все же решил продемонстрировать свою силу России и привел флот к Ревелю. Александр I, знакомый с боем при Копенгагене, объявил, что Россия не будет примыкать к антианглийским союзам.