Павший духом моряк считал, что однорукий адмирал не нужен флоту. Но в Англии его встретили как героя. Уже в конце 1797 года, воспрянув духом и окрепнув, Нельсон обратился в адмиралтейство за назначением, а в апреле следующего года поднял флаг на линейном корабле «Вэнгард» и отправился с эскадрой на Средиземное море, где в Тулоне французы накапливали корабли. Моряку следовало выяснить их намерения.
Шторм разбросал корабли эскадры, что позволило французскому флоту оставить Тулон незамеченным. Наскоро отремонтировав корабли, получив от графа Сан?Висенти подкрепления и приказ уничтожить неприятельский флот, контр?адмирал приступил к поискам, пока не узнал, что французский флот в Александрии и 1 августа появился перед мысом Абукир, где стояли корабли Брюэса. Нельсон, найдя противника, решил атаковать немедленно, не дожидаясь отставших кораблей. Он заявил командирам кораблей: «Завтра в это время я заслужу или титул лорда, или Вестминстерское аббатство».
Уверенный в победе, Нельсон атаковал, несмотря на малочисленность флота и приближающуюся ночь. Свои корабли он приказал обозначить для распознавания во тьме четырьмя фонарями. Французский флагман, хотя и обсуждал недавно с Наполеоном Бонапартом неудобства стоянки на открытом рейде, принял бой, не меняя строя. Он рассчитывал на близость отмелей и береговые батареи. Английскому флотоводцу помогла необычная тактика. Его корабли обошли часть неприятельских с двух сторон. Вскоре был выведен из строя передовой корабль, через два часа из строя вышла половина эскадры.
В ходе Абукирского сражения Нельсон, раненный осколком в голову, был уверен, что умирает, однако на перевязочном пункте потребовал, чтобы перевязали тех, кто поступил ранее. Ранение оказалось неопасным, и флотоводец смог диктовать донесение о бое, а затем поднялся на палубу и наблюдал взрыв неприятельского флагманского корабля «Ориан». К утру от французского флота уцелели два корабля и два фрегата, ушедшие в море. Английская эскадра из?за повреждений не могла их преследовать.
Победа при Абукире разрушила планы генерала Бонапарта удержать Египет и развернуть наступление на Индию. Нельсон стал национальным героем, пэром Англии, бароном Нила и Бернем?Торпа, получил пожизненную пенсию — 2000 фунтов в год, был произведен в контр?адмиралы красного флага. Свои поздравления и подарки прислали союзные монархи, а Ост?Индская компания за избавление Индии от вторжения выдала ему 10000 фунтов. Командир одного корабля эскадры, своеобразно выражая свое уважение, преподнес флагману дубовый гроб, изготовленный из обломка мачты «Ориана». Позднее Нельсон возил гроб с собой на корабле; он и стал его последним пристанищем.
При дворе были поражены победой, всю Англию охватило ликование. Пришло восторженное поздравление и от Эммы Гамильтон, поддерживавшей переписку с флотоводцем. 22 сентября эскадра во главе с «Вэнгардом» вступила на рейд Неаполя. Среди участников торжественной встречи оказалась леди Гамильтон, ставшая судьбой Нельсона до конца жизни. Она ухаживала за страдавшим от лихорадки и раны на лице контр?адмиралом, организовала великолепное празднование его сорокалетия.
Через три недели эскадра направилась к Мальте. Угрожая обстрелом, Нельсон заставил капитулировать французский гарнизон острова Гоцо. Однако защитники Мальты продолжали удерживать остров, и флотоводец вернулся в Неаполь.
Вновь поставленный на ноги заботами Эммы Гамильтон, Нельсон подтолкнул короля Фердинанда к активным действиям. Неаполитанская армия быстро освободила Рим, а Нельсон перебросил 5000 войск в Ливорно для наступления французам в тыл. Однако французское контрнаступление отбросило неаполитанцев к границе королевства и создало угрозу самому Неаполю. Король с семьей и ценностями тайно перешел на эскадру Нельсона, которая доставила монарха в Палермо на Сицилии. С ним прибыли леди Гамильтон и британский посол лорд Гамильтон. Вскоре французы овладели Неаполем и провозгласили Партенопейскую республику. Только после освобождения Неаполя Нельсон вернулся туда с королевской семьей. По требованию королевы Марии?Каролины Нельсон приказал повесить итальянского мятежного адмирала на рее, не препятствовал кровавой бойне, которую развернули в Неаполе против республиканцев королевские войска. Увлеченный личными делами, флагман даже не выполнил приказ идти к Менорке, и его спасло только то, что острову никто не угрожал.
В благодарность король Фердинанд по совету леди Гамильтон присвоил флотоводцу титул герцога Бронте, присоединив к титулу небольшое имение у подножья Этны на Сицилии, которое приносило три тысячи фунтов годового дохода. Контр?адмирал получил также от султана орден Турецкого полумесяца с большой звездой — высшую награду Турции немусульманину.