Как только он возвратился из Кампаньи опять в монастырь, его обвинили в недостаточной почтительности к святым реликвиям. Было перечислено 130 пунктов, по которым брат Джордано отступил от учения католической церкви. К ним присоединилось обвинение, что он вынес из своей кельи все иконы, оставив лишь Распятие. Надеясь встретить у прокуратора в Риме больше сочувствия, чем в родном монастыре, Бруно отправился в Рим. Вскоре ему стало известно, что дело его ухудшилось, так как в монастыре были найдены принадлежавшие Бруно творения Иоанна Златоуста и Иеронима с замечаниями Эразма Роттердамского. Рассчитывать Бруно было не на что. Он сбрасывает монашеское одеяние и отправляется в Геную. Говорят, что, убегая из Рима, Бруно встретил у ворот своего товарища по ордену, который пытался его задержать и отправить в тюрьму. Но Бруно столкнул его в волны Тибра, где ревностный служитель церкви нашел достойную смерть. В Генуе Бруно пробыл всего три дня: там свирепствовала чума, что заставило его поскорее оставить город. Оттуда он перебрался в Ноли, а через пять месяцев — в соседнюю Савону, через две недели он переехал в Турин, а затем — в Венецию. В то время Венеция, подобно Генуе, страдала от чумы. После двухмесячного пребывания, Бруно оставил Венецию и переселился в Падую, а затем — после нескольких месяцев скитаний — решает перебраться в Женеву. Из Женевы Бруно отправился в Лион, но, не найдя там работы, в середине 1578 года перебрался в Тулузу, которая славилась в то время своим университетом. Бруно получил там вакантную кафедру философии и в течение двух лет читал лекции.
«Студенты университета, — писал хроникер того времени, — вставали в четыре часа утра, слушали обедню, а в пять сидели уже в аудиториях с тетрадями и свечами в руках». Бруно, ярый противник Аристотеля, не стеснялся критиковать великого философа, авторитет которого считался в то время непоколебимым. Логика и физика Аристотеля, вместе с астрономической системой Птолемея, считались тогда нераздельными частями христианской веры. В 1624 году, четверть столетия после смерти Бруно, парижский парламент издал декрет, запрещавший публично поддерживать тезисы против Аристотеля, а в 1629 году тот же парламент по настоянию Сорбонны постановил, что противоречить Аристотелю — значит идти против церкви.
Отрицательное отношение к Аристотелю и к ученому сословию тогдашнего времени создало всюду для Бруно враждебную атмосферу. Когда в мае 1580 года Генрих Наваррский занял город и его окрестности, Бруно простился с университетом и отправился в Париж. А далее — Оксфорд, Лондон и снова Париж, потом Цюрих — Бруно не мог долго оставаться в одном городе — непримиримость к учению Аристотеля и Птолемея создавала ему врагов. Он писал и издавал книги, читал лекции. Чтобы понять причину ненависти к Бруно, необходимо воспроизвести тогдашнее представление об устройстве Вселенной. Сущность Аристотеле-Птолемеевской системы заключалась в учении о Земле, как центре Вселенной, вокруг которой вращались Луна, Солнце и звезды. Земля помещалась в центре небесного свода, представляемого огромным шаром, который в свою очередь состоял из десяти твердых, шарообразных поверхностей, вставленных одна в другую и прозрачных как кристалл. Самая крайняя из этих так называемых сфер, с неподвижными звездами, совершала движение с востока на запад, как бы вокруг оси, проведенной через центр Земли. Второе движение, происходившее внутри вращения первой сферы, имело обратное направление и соответствовало движению Солнца, Луны и семи планет, причем каждое из этих тел двигалось по своей собственной сфере. Наконец, за пределами всех этих сфер с прикрепленными на них небесными телами средневековая мысль поместила Эмпирей — вечное царство золотого эфира, где праведники созерцают Вседержителя и где незыблемо покоится престол апостола Петра.
Сам Коперник, утверждая, что Земля и планеты вращаются вокруг Солнца, думал, что за отдаленной планетой — Сатурном — находится кристаллическая сфера неподвижных звезд. Бруно предвосхитил современную космологию.
Он утверждал:
1. Земля имеет лишь приблизительно шарообразную форму: у полюсов она сплющена.
2. Солнце вращается вокруг своей оси.
3. Вокруг звезд вращаются бесчисленные планеты, для нас невидимые, вследствие большого расстояния.
4. Мир и системы их постоянно изменяются, и как таковые они имеют начало и конец, вечной пребудет лишь лежащая в основе их творческая энергия.
После пятнадцати лет скитаний Бруно возвратился на родину, в Венецию. Риск, которому подвергал себя Бруно, был велик еще и потому, что прежний процесс не считался законченным.
23 мая 1592 года Бруно был арестован и препровожден в тюрьму инквизиции. В это самое время Галилей начинал читать курс математики, и все шесть лет, в продолжение которых Галилей занимал кафедру математики, Бруно провел в заточении.