Копии допросов Бруно были направлены в Рим, оттуда 17 сентября последовало решение: требовать от Венеции выдачи Бруно для суда над ним в Риме. Общественное влияние обвиняемого, число и характер ересей, в которых он подозревался, были так велики, что венецианская инквизиция не отважилась сама окончить этот процесс.
Римское инквизиционное судилище (конгрегация) состояло из нескольких кардиналов под личным руководством папы.
Великим инквизитором на процессе Бруно был кардинал Мадручи; следующее за ним по влиянию место занимал кардинал Сан-Северино, который называл Варфоломеевскую ночь «днем великим и радостным для всех католиков». Экспертом в деле Бруно был кардинал Белармин.
27 февраля Бруно был перевезен в Рим. В Римских тюрьмах он провел шесть лет, не соглашаясь признать свои научные и религиозные убеждения ошибкой. 14 января 1599 года Бенжамин представил восемь еретических положений, извлеченных из сочинений Бруно. Три недели спустя папа приказал предъявить эти тезисы как еретические, «если признает он их такими — хорошо; не признает — дать ему на размышление 40 дней».
Но срок этот истек без результата. 21 декабря, при общем обходе заключенных, Бруно опять спрашивали, желает ли он отречься от своих заблуждений. Великий узник твердо заявил, «что он не может и не хочет отречься, что ему не от чего отрекаться, что он не знает, в чем его обвиняют». Это заявление лишь ускоряло развязку. Тщетно посылала конгрегация для переговоров с Бруно генерала ордена Ипполита Марию и его викария Павла Мирандолу. Бруно отказался признать представленные ему тезисы за еретические и с негодованием прибавил: «Я не говорил ничего еретического, и учение мое неверно передано служителями инквизиции».
20 января 1600 года состоялось последнее, заключительное заседание по делу Бруно. Его святейшество одобрил решение конгрегации и постановил о передаче брата Джордано в руки светской власти. 9 февраля Бруно был отправлен во дворец великого инквизитора кардинала Мадручи и там, в присутствии кардинала и самых знаменитых теологов, его принудили преклонить колено и выслушать приговор. Он был лишен священнического сана и отлучен от церкви. После того его сдали на руки светским властям, поручая им подвергнуть его «самому милосердному наказанию и без пролития крови». Такова была лицемерная формула, означавшая требование сжечь живым.
Бруно держал себя с невозмутимым спокойствием и достоинством. Только раз он нарушил молчание: выслушав приговор, философ гордо поднял голову и, с угрожающим видом обращаясь к судьям, произнес следующие слова, ставшие потом историческими:
«Быть может, вы произносите приговор с большим страхом, чем я его выслушиваю». Из дворца Мадручи Бруно был отвезен в светскую темницу. Казнь назначили на 12 февраля. Инквизиция еще не теряла надежды, что она устрашит этого удивительного еретика близостью мучительной казни и заставит его, как раскаявшегося ренегата его собственной философии, вернуться в лоно католической церкви. Но и на этот раз надежды судей не оправдались. Бруно не отрекся. «Я умираю мучеником добровольно, — сказал он, — и знаю, что моя душа с последним вздохом вознесется в рай». Таким образом еще раз предоставленный ему срок истек бесполезно и наступил день 17 февраля 1600 года.
В Римской Кампаньи цвела и благоухала итальянская весна. Жаворонки щебетали в голубом эфире; в миртовых рощах пели соловьи. В самом Вечном городе хоругви и звон колоколов возвещали большое торжество. Клемент VIII, тот мудрый и благочестивый папа, которому удалось вернуть Генриха IV в лоно католической церкви, праздновал свой юбилей. Рим кишел пилигримами из всех стран. Одних кардиналов съехалось до пятидесяти; вся католическая церковь, в лице ее высших сановников, собралась около своего папы и ожидала сожжения Бруно. Представители религии любви предвкушали зрелище предсмертных мук умирающего философа.