В разгоревшейся после смерти Цезаря гражданской войне Клеопатра, из сочувствия к своему бывшему возлюбленному, помогала цезарианцу Долабелле и послала к нему на помощь четыре своих легиона. Но Долабелла потерпел поражение от одного из убийц Цезаря - Кассия. После победы над ним Кассий хотел идти на Египет, однако был отвлечён войной в Европе. В это время власть в Риме перешла к полководцам-цезарианцам: Антонию, Октавиану и Лепиду. В 41 году до Р.Х., уже после победы над Кассием и Брутом, Антоний, один из вышеперечисленных триумвиров, приехал в Киликию и отправил гонца к Клеопатре с приказом явиться к нему и оправдаться в некоторых возводимых против неё обвинениях.
Клеопатра приготовила щедрые дары, взяла с собой много денег, роскошные наряды и украшения, какие и подобало везти с собою владычице несметных богатств и благоденствующего царства, но главные надежды возлагала на себя самоё, свои прелести и свои чары. Прибыв в Азию, она поплыла вверх по Кидну на ладье с вызолоченной кормою, пурпурными парусами и посеребрёнными вёслами, которые двигались под напев флейты, свист свирели и бряцание кифар. Царица покоилась под расшитою золотом сенью в уборе Афродиты, какою изображают её живописцы, а по обе стороны ложа стояли мальчики в костюмах эротов с опахалами. Подобным же образом самые красивые рабыни были переодеты нереидами и харитами и стояли кто у кормовых вёсел, кто у канатов. Дивные благовония восходили из бесчисленных курильниц и растекались по берегам.
Антоний, узнав о её приезде, послал Клеопатре приглашение к обеду. Царица просила его прийти лучше к ней. Желая сразу же показать ей свою обходительность и доброжелательство, Антоний исполнил её волю. Пышность убранства, которую он увидел на её корабле, поразила его до глубины души. На другой день Антоний принимал Клеопатру и приложил все усилия к тому, чтобы превзойти её роскошью и изысканностью, но был побеждён и в том и в другом. Угадавши в Антонии по его шуткам грубого солдафона, Клеопатра и сама заговорила в подобном же тоне - смело и без всякого стеснения. Ибо красота этой женщины, пишет Плутарх, была не тою, что зовётся несравненною и поражает с первого взгляда, зато обращение её отличалось неотразимой прелестью, и потому её облик, сочетавшийся с редкою убедительностью речей, с огромным обаянием, сквозившим в каждом слове, в каждом движении, накрепко врезался в душу. Самые звуки её голоса ласкали и радовали слух, а язык был точно многострунный инструмент, легко настраивающийся на любой лад - на любое наречие, так что лишь с очень немногими варварами она говорила через переводчика, а чаще всего сама беседовала с чужеземцами - эфиопами, троглодитами, евреями, арабами, сирийцами, мидийцами, парфянами. Между тем цари, правившие до неё, не знали даже египетского, а некоторые забыли и македонский.
Антоний тотчас влюбился в Клеопатру до такой степени, что потерял интерес ко всему остальному. Чего бы ни требовала Клеопатра, всё выполнялось без всякого внимания к священному или справедливому. Так, сестру Клеопатры Арсиною, находившуюся просительницей в Милете, в храме Артемиды, он велел убить по первой просьбе царицы. Из Азии Клеопатра увезла Антония к себе в Александрию и продержала там всю зиму. Потом Антоний на долгое время уехал по делам, вёл войны и даже женился на сестре Августа Октавии. Но память о Клеопатре неизменно влекла его к этой женщине. Наконец, будучи в 37 году до Р.Х. в Сирии, он вызвал царицу в Антиохию и женился на ней. К её владениям он прибавил Финикию, Келесирию, Кипр, значительную часть Киликии, а кроме того, рождающую бальзам область Иудеи и ту половину Набатейской Аравии, что обращена к Внешнему морю. Александру, своему сыну от Клеопатры, он назначил Армению, Мидию и Парфию.
По свидетельству еврейского историка Флавия, Клеопатра вполне воспользовалась своей властью. Провожая Антония в поход в Армению, она не стеснялась грабить храмы и гробницы, и не было такого священного места, которого она не лишила бы его украшений, не было алтаря с которого она не сняла бы всего, лишь бы насытить своё незаконное корыстолюбие. На обратном пути, пишет далее Флавий, Клеопатра заехала в Иудею. Здесь она остановилась у царя Ирода и достаточно долго прожила у него. Побуждаемая коварными замыслами, а может быть, охваченная чувством искренней любви, Клеопатра пыталась интимно сблизиться с Иродом. Но последний и раньше не был расположен к Клеопатре, а теперь стал ещё более ненавидеть её за такое бесстыдство. Одно время он даже всерьёз думал убить её, но потом, опасаясь Антония, отказался от этой мысли. Так и не добившись взаимности, Клеопатра уехала в Египет.