На берегу водоема можно встретить львов с гривой, черной от полчищ надоедливых мух цеце. 50 львов, обитающих на территории заповедника, уничтожают за год около семи процентов живущих здесь травоядных.
Однако самые активные хищники в кратере Нгоронгоро не львы и не многочисленные шакалы (их здесь три вида), а гиены (их на территории резервата около 370 особей). Они охотятся ночью группами на гну и зебр. Выбрав жертву, гиены преследуют ее, пока та не падает от усталости. Их боится даже лев. Престарелые и отбившиеся от прайда львы погибают, когда на них нападают эти животные. О. Ефремов пишет:
В кратере вулкана обитает всего десять леопардов, примерно 10 гепардов, зато рысь, каракал, агрессивный кот сервал нередки в Нгоронгоро.
По отмели озера Магад бродят в поисках пищи многочисленные шакалы. Еще здесь водятся около 20 гиеновых собак. Кроме того, живут зебры, бизоны, газели, антилопы гну и Томсона, болотные козлы. Общее количество крупных копытных в кратере составляет около 22 тысяч голов (в том числе около 14 тысяч гну, почти 5 тысяч зебр, примерно 3 тысячи антилоп Томсона). Травоядные избегают заболоченных пастбищ, в основном они держатся северных и восточных склонов Лозирус и Олмоти.
Стада антилоп гну забредают сюда, когда травы подрастут. Потом приходит пора антилоп денди, газелей Гранта, газелей Томсона. В долине можно встретить также газелей дикдики величиной с зайца, красноватых, с белыми полосками антилоп бушбоков, кабанов-бородавочников с витыми клыками, муравьедов с торчащими ушами и голым хвостом.
А вот жирафов в Нгоронгоро нет. Они не способны спуститься в такую глубокую котловину, их можно видеть лишь на подступах к национальному парку.
Бабуины кормятся на лесной поляне, а в кроне деревьев ведут активную жизнь мартышки.
Орнитофауна заповедника представлена 500 видами пернатых. Здесь живут попугай, птица-секретарь, венценосный журавль, цесарка, европейский и лесной желтоклювый аист, африканский марабу, пеликан. По веткам акаций снуют бананоеды.
Озеро Магад населяют тысячи ярко-розовых фламинго, большие и малые (эти виды отличаются и интенсивностью окраски — малый фламинго ярче). Здесь же можно увидеть перепелок, зуйков. Щебечут скворцы, кружат коршуны, перелетают в зарослях кустарника с места на место длиннохвостые вдовушки. На краю болота пасется аист ябиру. В траве прячется дрофа. В маленьких озерках плавают утки, нашли здесь себе среду обитания ибисы, нильские гуси, лысухи.
Чтобы ничем не беспокоить животных, в парке запрещено подавать звуковые сигналы и даже разговаривать громким голосом.
Кратер представляет интерес и с археологической точки зрения. Как-то при раскопках в ущелье Олдуваи к западу от кратера здесь были обнаружены скелеты ископаемых животных и останки древнейшего человека-зинджантропа.
На территории резервата Нгоронгоро сохранено несколько селений скотоводов-кочевников масаи, которые до сих пор не изменили своего уклада жизни. Их хижины, окруженные забором из колючих веток кустарников, а также самих жителей, вооруженных длинными копьями, можно увидеть в кратере Нгоронгоро. Масаи не занимаются охотой, а значит, не наносят прямого ущерба местной фауне. Однако их домашний скот пасется на тех же пастбищах, что и травоядные копытные, а это создает определенную проблему в сохранении природного равновесия. При всем своем типичном обличье и виде жизнедеятельности масаи уже не те. Они ловко зарабатывают деньги на своей экзотической внешности. Поджидают у рынка иностранцев и за определенную плату разрешают фотографироваться с ними.