Второй сын Аменхотепа III по своему происхождению не был чистокровным египтянином. У его матери, царицы Тии, внешность несомненно семитская. Дед Эхнатона, Юя, носил титул «отец Бога» и исполнял должность жреца бога Мина. Кроме религиозных функций он отвечал за колесничные подразделения. Его бабушка, Туя, была «управительницей гарема Мина» и «управительницей гаремаАмона». Кроме того, у нее был титул «украшение царя». По одной гипотезе, Юя — это библейский Иосиф Прекрасный, другие видят в нем получившего образование в Египте сирийского принца, третьи — уроженца египетского города Ахмима в Верхнем Египте.
Считают, что на формирование политических и религиозных мыслей Эхнатона решающее влияние оказала царица Тия. Брат царицы и дядя будущего реформатора Аанен совмещал две очень важные должности — «самого великого из видящих» Гелиополя и «второго жреца Амона», что позволяло ему быть в курсе происходящего в одной и в другой религиозных общинах. Достойным наследником трона родители сочли своего второго сына. Он принял имя Аменхотеп IV, как бы заявив, что его царствование будет продолжением правления его отца во славу бога Амона.
Ритуальная коронация Аменхотепа IV происходила не в храме Карнака, а в Фиванской области в Гермонте. Гермонт считался Южным Гелиополем, который соответствовал городу Солнца на севере. В начале своего правления новый царь не порывал с традициями. Он принял необычный титул «Первый жрец Ра-Хорахти, ликующего в Стране Света в своем имени Шу, который есть Атон». Ра-Хорахти непрерывно созидает жизнь, Шу поддерживает ее солнечный свет, Атон в жреческом титуле царя впервые предстает как синтетический образ, объединяющий в себе обе эти концепции.
Аменхотеп IV не воевал ни с богом Амоном, ни с его жрецами. Он превратил Карнак, где почитался бог Амон, в храм Атона. Революция произошла в том смысле, что храм перешел в ведение другого божества. Святилища Атона выросли в восточной части Карнака, то есть там, где поднимается солнце. В четырех новых храмах был впервые изображен солнечный диск, лучи которого заканчивались кистями рук, а имя бога Атона окружалось двумя картушами — овалами, в которые вписывались имена фараонов. Символом владыки неба и земли Атона был солнечный диск, обвитый змеей. С ее шеи свисал анх — знак жизни. Змея в Египте символизировала идею непрерывных метаморфоз жизни. Супругой Эхнатона была знаменитая Нефертити.
Французский историк Кристиан Жак пишет о том, что Нефертити была чем*то гораздо большим, нежели просто супругой фараона и матерью его детей, и называет царицу главным инициатором религиозной реформы, способствовавшей утверждению культа Атона. Нефертити — одна из трех выдающихся египетских цариц (наряду с Хатшепсут и Тией), оставивших свой след в истории и оказавших влияние на свою эпоху.
На четвертом году своего правления Аменхотеп IV совершил официальный визит в Средний Египет, туда, где должна была появиться новая столица — город Солнца. Священный город Атона возник на полпути между Фивами и Мемфисом — в нынешней эль-Амарне. Девятнадцатого дня третьего месяца сезона перет (зима) имя «Аменхотеп (IV)» было запечатлено на царском памятнике в последний раз. На шестой год своего царствования фараон принял революционное решение и изменил свое имя на Эхнатон.
Эхнатон не вычеркнул память об Аменхотепе IV, но повелел заменить те свои изображения, на которых присутствовало старое имя.
Эхнатон обычно переводят как «Угождающий Атону», «Угодный Атону», «Полезный для Атона». Английский египтолог Сирил Олдред предложил такое прочтение: «living spirit of Aten» — «Действенный дух Атона», то есть наделенный сознанием канал, в котором циркулирует свет Атона. Эхнатон, о чем призвано свидетельствовать его имя, распространяет сияние бога Атона.
Город Атона возвели быстро и заселили через четыре года после завершения строительных работ. Квалификация строительных рабочих, по одной из гипотез, была низкой, так как Эхнатон вербовал их среди преступников, приговоренных к каторжным работам в каменоломнях. По другой версии, специалистов по строительству просто подгоняли нереально быстрые сроки, которые поставил перед ними фараон. Скульпторы так торопились, что даже изобрели новый способ изготовления статуй, при котором различные детали высекались из разных пород камня.
Источники свидетельствуют, что город Ахетатон (ныне Тель-эль-Амарна) — новая столица Египта, стал городом с красивыми и уютными улицами, хорошо спланированными кварталами.
После смерти фараона недолгое время правила его супруга Нефертити под именем Сменхкара. Их сына Тутанхатона взяли под опеку могущественные жрецы Амона и сменили его имя на Тутанхамон.
После прекращения XVIII династии культ Атона считался в Древнем Египте страшной ересью.
Много вопросов возникает у современников и по поводу фигуры Эхнатона: череп — яйцом, затылочная часть сильно оттянута назад, длинная тонкая шея, худые руки, высокая талия, широкие бедра и худые ноги. Египтяне обычно объясняют это тем, что он болел и поэтому его тело было деформировано.