Когда в 2002 году в США была организована независимая комиссия по расследованию нью-йоркских терактов 11 сентября 2001 года, Джордж Буш-младший назначил его председателем. К тому времени авторитет Киссинджера значительно снизился из-за просочившихся в прессу сведений о нелицеприятных сторонах его прошлой деятельности, и назначение вызвало волну общественных протестов. Конгрессмены США от Демократической партии настояли на том, чтобы он опубликовал свои финансовые документы, но Г. Киссинджер подал в отставку. Этот шаг несостоявшийся глава Комиссии мотивировал желанием предотвратить потенциальные конфликты с клиентами его частной консалтинговой фирмы, среди которых ряд правительств из стран Азии и Ближнего Востока.
Еще до этого и левые, и правые политики критиковали деятельность Киссинджера на государственных постах, приписывая ему обвинения в двойных стандартах и нарушениях прав человека в ходе операций спецслужб США по установлению подконтрольных Вашингтону диктатур в странах Азии, Африки и Южной Америки. А некоторые граждане во многих государствах считали его военным преступником.
В 2001 году журналист Кристофер Хитченс опубликовал книгу «Процесс Генри Киссинджера». В ней автор заявил, например, что именно советник президента по безопасности руководил первым этапом секретных бомбардировок Камбоджи, проведенных авиацией США в 1969–1975 годах, когда погибли около 200 тысяч мирных жителей. Журналист также обвинил Киссинджера в участии в подготовке путча в Чили в 1970 году. Этот переворот должен был сорвать инаугурацию коммунистического президента Сальвадора Альенде, но провалился, причем главнокомандующий чилийской армии Рене Шнайдер был убит заговорщиками. В своей книге Хитченс заявил, что смерть чилийского главкома – на совести Киссинджера. Он также возложил на него ответственность за случившийся в 1973 году приход к власти в Чили диктатора Аугусто Пиночета.
Под руководством чилийского диктатора проводились многие операции ЦРУ по физическому устранению неблагонадежных элементов с помощью «эскадронов смерти». Как свидетельствуют архивы, найденные в 1992 году в Парагвае, жертвами одной только «Операции Кондор», задуманной в 1975 году, стали чилийский генерал Карлос Пратс, уругвайские политики Зельмар Микелини и Эктор Гутьеррес Руис и десятки других высокопоставленных особ Южной Америки. Не секрет, что американцы оказывали всемерную поддержку Аугусто Пиночету. Об этом свидетельствуют протоколы заседаний «Комитета 40», который возглавлял некто иной, как Генри Киссинджер.
В журнале американских правых «Глашатай свободы» как-то появилась сенсационная монография Франка Копелла «Генри Киссинджер – советский агент». В ней утверждалось, что бывший госсекретарь работал на КГБ и имел кличку «Бор».
Началось все с того, что на Запад сбежал полковник польской разведки Голеневский. В США он выдал имена крупнейших советских агентов в правительстве и разведке Великобритании, Швеции, Франции, Западной Германии и Израиле, которых арестовали и судили. Затем перебежчик заявил в ЦРУ, что имеет очень важную информацию, но ее он выдаст только лично президенту США. Ему сказали, что президент якобы отказался его принять, и предложили взамен начальника разведки ЦРУ. Бывший польский полковник после долгих раздумий согласился и на этой встрече заявил, что агентом КГБ также является сам Генри Киссинджер! Назревал крупный скандал… Голеневскому заплатили 50 тысяч долларов, объявили сумасшедшим и выбросили из Вашингтона, а изобличающую информацию о Киссинджере похоронили, но она все же попала на страницы правой печати.
Поговаривали также о причастности Генри к Уотергейтскому скандалу в США, в результате которого Ричард Никсон в 1973 году вынужден был покинуть президентское кресло. В те годы Киссинджер являлся «правой рукой» главы Белого дома и занимал должность советника президента по безопасности.
Об этом человеке ходило много различных историй. Рассказывали, например, о докладе, над которым работал лорд Уинстон. Представив текст Киссинджеру, тот вскоре получил его назад с пометкой: «Это лучшее, на что вы способны?» Уинстон отредактировал доклад и вновь отнес его на рассмотрение. Листки вернулись с тем же замечанием. Переделав его еще раз – и снова получив тот же вопрос от Генри, лорд не выдержал: «Да, черт побери, это лучшее, на что я способен!» На что Киссинджер спокойно ответил: «Отлично, полагаю, на этот раз я его прочту».