В 1911 году в жизни Корчака произошел переворот. Он, врач по образованию, решил посвятить себя педагогической деятельности и возглавил Дом сирот, который как раз переехал в новое трехэтажное здание. Это заведение, просуществовавшее в течение 30 лет, стало также собственным домом директора: Корчак занимал маленькую комнатку под самой крышей. На его попечении находились сначала 100, а затем 200 детей разного возраста. При этом в Доме работали всего восемь человек воспитателей (они же исполняли обязанности обслуживающего персонала) – такие же увлеченные и преданные своему делу люди.
Теперь Корчак методично создавал особый мир – детскую республику, основой которой были равенство, справедливость, отсутствие насилия, тирании и неограниченной власти. Например, в детском доме был создан суд. Дети имели право подать жалобу на воспитателя, поступившего несправедливо. А моральной обязанностью взрослого было требовать оценки своему поступку. Директор, кстати, и сам несколько раз подавал в суд… на самого себя! Это случалось, когда он сомневался в справедливости своих действий (необоснованно заподозрил девочку в краже, оскорбил в сердцах судью, выгнал упрямого баламута из спальни). Интересно, что кодекс для «Товарищеского суда», состоящий из 1000 пунктов, сочинил сам Корчак. Обычно на заседаниях выносились только два приговора: оправдать или простить. А пункт «опасен для окружающих и подлежит исключению» за все 30 лет работы детского дома применялся лишь дважды… Во главе маленького детского «государства» стоял «Совет самоуправления». Удивительный директор создал также первую в мире печатную газету, которую делали сами дети. Называлась она «Maly Przeglad». Кроме того, Старый Доктор разрешил отдельные виды «неблагонравия»: драться по «дуэльному кодексу» (со свидетелями, секундантами, с занесением в специальный журнал повода драки), обмениваться вещами (но только честно, по составленному списку эквивалентов), заключать пари (оформлялось оно у самого директора).
А по вечерам, поднявшись в свою маленькую комнатку, Корчак писал сказки и повести для детей, а также книги о воспитании для взрослых. Печатался он с 1898 года; наиболее известными работами Корчака являются повести «Дети улицы» (1901), «Дитя гостиной» (1906), «Моськи, Иоськи и Срули» (1910), «Исповедь мотылька» (1914), «Король Матиуш I» (1923), «Когда я снова буду маленьким», «Банкротство маленького Джека», пьеса «Сенат безумцев» (1931), а также многочисленные статьи (1900–1939), беседы, книги «Как любить ребенка» (1914) и «Право ребенка на уважение» (1929), «Один на один с Господом Богом» («Молитвы для тех, кто не молится»), дневник (1940–1942).
Уже в 1933 году врач и педагог был одним из наиболее известных писателей и общественных деятелей Польши. Он вырастил не одно поколение и польских воспитанников, поскольку руководил еще одним домом – для детей польской бедноты. Помимо этого, Корчак читал лекции на Высших педагогических курсах и в Свободном Польском университете, готовил для радио цикл передач «Беседы старого доктора», вел работу в суде по делам малолетних преступников, а с 1934 года являлся не сионистским представителем Польши в Международной еврейской организации.
В это же время писатель начал все больше интересоваться судьбами своих воспитанников, живших в Эрец-Исраэле, задумываться над вопросами антисемитизма в Польше. По приглашению своих выпускников Корчак дважды (в 1934 и 1936 годах) побывал на Святой Земле, где встречался с беженцами из Германии. Сам Старый Доктор начал мечтать о том, как под конец жизни поселится в Иерусалиме и в его маленькой комнатке будут с ним только тишина и много-много книг… Немолодой и больной директор уже неоднократно выслушивал советы медиков оставить столь нервную и напряженную работу. К тому же находиться в Польше было довольно опасно. Но… как мог бросить своих еврейских воспитанников их защитник?
В 1939 году, когда началась война, Корчак достал свой майорский мундир и потребовал, чтобы его тоже отправили в армию. А когда на Варшаву стали падать бомбы, Старый Доктор, который ранее проводил на радио беседы из области «шутливой педагогики для взрослых и детей», вновь стал к микрофону. Только теперь он рассказывал об обороне родного города и о том, как должны вести себя дети в случае опасности.
…Когда Варшава пала, Корчак упрямо продолжал носить форму офицера Войска Польского. Знакомые указывали, что писатель провоцирует немцев, мозоля им глаза мундиром. На это директор Дома сирот отвечал: «Это мундир солдата, которого предали». Гитлеровская администрация в 1940 году переселила детей и их наставников в полном составе в еврейское гетто. Когда писатель отправился хлопотать о возвращении сиротам подводы с картофелем, реквизированной властями, его за ношение формы арестовали и отправили в тюрьму Павьяк. Оттуда Старого Доктора его бывшим ученикам и деятелям гетто едва удалось вызволить. Форму строптивый директор снял лишь год спустя: дальнейшее упорство ставило под удар воспитанников…