В Гамбурге Малер пережил увлечение певицей Анной фон Мильденбург из Вены и тогда же завязалась его многолетняя дружба со скрипачкой Натали Бауэр-Лехнер: они проводили месяцы летнего отдыха вместе, и Натали вела дневник, один из самых достоверных источников сведений о жизни и образе мыслей Малера. В 1897 году он принял католицизм, одной из причин обращения стало желание получить место директора и дирижера Придворной оперы в Вене. Однако на этот шаг он решился вовсе не только по конъюнктурным соображениям, а в полном соответствии со своими убеждениями. Достаточно вслушаться в его музыку, оценить концепцию хотя бы Второй симфонии, которую современники называли «Симфония Воскресения».
Десять лет, которые Малер провел на этом посту, многие музыковеды считают золотым веком Венской оперы: начав свою деятельность в качестве третьего дирижера придворной оперы, он через несколько месяцев занял пост директора и приступил к реформам, которые выдвинули Венскую оперу на первые роли среди европейских театров. Из-за художественного фанатизма Малера, его упрямого характера, пренебрежения некоторыми исполнительскими традициями, стремления проводить осмысленную репертуарную политику, а также необычных темпов, которые он выбирал, и его жестких замечаний во время репетиций, у него появилось немало врагов в Вене – городе, где музыка рассматривалась скорее как объект наслаждения, чем жертвенного служения. В 1903 году Малер пригласил в театр нового сотрудника – венского художника А. Роллера; вместе они создали ряд постановок, в которых применили новые стилистические и технические приемы, сложившиеся на рубеже веков в европейском театральном искусстве. Крупнейшими достижениями на этом пути стали «Тристан и Изольда» (1903), «Фиделио» (1904), «Золото Рейна» и «Дон Жуан» (1905), а также цикл лучших опер Моцарта, подготовленный в 1906 году к 150-летию со дня рождения композитора.
В 1901 году Малер женился на Альме Шиндлер, дочери известного венского художника-пейзажиста и скульптора Эмиля Якоба Шиндлера. Она была на восемнадцать лет моложе мужа, занималась музыкой, даже пыталась сочинять, вообще ощущала себя творческой натурой и вовсе не стремилась прилежно исполнять обязанности хозяйки дома, матери и супруги, как того хотел Малер. Их союз не был безоблачным (в 1910 году напряженность в семейных отношениях побудила Густава даже обратиться за консультацией к 3. Фрейду); тем не менее обретенная стабильность благотворно сказалась на его творчестве. В своем маленьком «композиторском домике», спрятанном в лесу на берегу озера Вёртерзее в Майернигге были написаны симфонии с Пятой по Восьмую и трагический вокальный цикл «Песни об умерших детях» на слова немецкого поэта-романтика Ф. Рюккерта (1901–1904). Этим произведением Малер словно предугадал трагическое событие собственной жизни: в 1907 году его старшая дочь умерла от скарлатины. Тогда же у Малера была диагностирована тяжелая болезнь сердца (впоследствии именно она стала причиной его смерти).
К 1902 году композиторская деятельность Малера получила широкое признание, во многом благодаря поддержке Р. Штрауса (тогда президента Всегерманского музыкального союза), который устроил первое полное исполнение Третьей симфонии, имевшее большой успех. Кроме того, Штраус включил Вторую и Шестую симфонии, а также малеровские песни в программы ежегодного фестиваля возглавлявшегося им Всегерманского музыкального союза. Малера стали часто приглашать дирижировать собственными произведениями, и это привело к конфликту композитора с администрацией Венской оперы, полагавшей, что Малер пренебрегает своими обязанностями художественного руководителя. В то же время Малер был недоволен Штраусом как человеком. Ему казалось, что тот не уделяет ему должного внимания, не воспринимает его серьезно как композитора, а стало быть, не относится серьезно и к музыке вообще. Недовольство Штраусом с годами росло и сказалось на мировоззрении Малера. Однажды он написал жене: «Мое время придет, когда его – кончится».
Презрение Малера к публике было не более чем светской позой. Отношение ценителей музыки чрезвычайно его заботило, и когда сочинение имело успех, он был вне себя от радости. Так, почувствовав, что публика не поспевает за его инструментальными экспериментами в Пятой, Шестой и Седьмой симфониях, он пишет Восьмую, «подарок нации». По словам Малера, процесс сочинения напоминал ему «детскую игру, в которой из одних и тех же кубиков возводятся каждый раз новые постройки. Но сами эти кубики лежат в сознании с детства, ибо только оно есть время собирания и накопления». Шаг за шагом он одолевал скептиков, и в последние годы жизни триумф следовал за триумфом. Он сознательно и целеустремленно писал для аудитории своего времени. Малер и Штраус стремились к одному и тому же: к роскошному развлечению, в то же время утонченному и приправленному иронией. Но Густав никогда бы не признался, что хочет развлекать.