Но по возвращении во Владивосток Колчак получил внезапное предложение вернуться на службу в Морской генеральный штаб продолжить работу по проведению в жизнь судостроительной программы: министр Воеводский изменил свою позицию. После некоторого колебания Колчак ответил согласием и зимой приехал в столицу. Работы экспедиции продолжались уже без него. А вскоре пост морского министра занял дельный и энергичный адмирал И.К. Григорович, тоже ветеран Порт-Артура. Разработанная при участии Колчака программа модернизации флота обрела поддержку главы правительства П.А. Столыпина.
На этом непосредственная, столь плодотворная и значимая деятельность А.В. Колчака как полярного путешественника и исследователя закончилась. Но интерес к Северу он сохранил на всю жизнь. Так, в 1912 году он участвовал в обсуждении плана известной экспедиции Георгия Седова к Северному полюсу и подверг его критике за авантюризм, вообще выступая против затратной, хотя и сулившей престиж погони к полюсу, за практическое освоение доступных для плавания арктических морей. И уже в Гражданскую войну, будучи Верховным правителем и находясь в Сибири, он держал карту полярных исследований в своем рабочем кабинете и способствовал организации «белогвардейской», как ее именовали в советской литературе, Карской экспедиции Б.А. Вилькицкого и экспедиции полковника Котельникова на север Оби. При его правительстве был образован Комитет по исследованию и использованию Северного морского пути, наметивший планы дальнейших экспедиций.
По возвращении в Морской генеральный штаб Колчак возглавил один из ключевых его отделов, ведавший оперативной подготовкой к войне Балтийского театра военных действий, и параллельно занимался доработкой и «пробиванием» судостроительной программы. Теперь работа была более плодотворной, исчезли прежние препятствия. По этой программе строились корабли мощные, быстроходные, маневренные, с сильным вооружением определенных типов. Потом, уже во время войны, стали вступать в строй новейшие линкоры-дредноуты типа «Севастополь», эсминцы с паротурбинными двигателями типа «Новик» (лучшие в мире на тот период), новые подводные лодки типа «Барс» и первые подводные минные заградители типа «Краб». Кстати, буквально все линкоры, половина крейсеров и треть эсминцев советского Военно-морского флота, в 1941 году вступившего в Великую Отечественную войну, были построены именно по этой программе.
В осуществлении своей программы Колчак тесно сотрудничал с адмиралом Н.О. Эссеном (также героем Порт-Артура), с 1908 года командовавшим Балтийским флотом. В 1912 году Эссен предложил ему вернуться в действующий флот. К тому времени Колчак счел свои задачи по кораблестроительной программе выполненными, штабной работой стал тяготиться и на предложение Эссена дал согласие.
Колчак был переведен на Балтийский флот, где вступил в командование эскадренным миноносцем (эсминцем) «Уссуриец». Через год он назначается на должность флаг-капитана Балтийского флота, аналогичную сухопутной должности генерал-квартирмейстера, то есть начальника оперативного отдела штаба, и производится в капитаны 1-го ранга.
В воздухе уже пахло большой войной. Колчак как один из ближайших помощников командующего флотом целиком сосредоточился на подготовке к ней: разработке мер защиты, минирования и т. п. Время шло, и война неотвратимо приближалась…
К мировой войне вела складывавшаяся годами международная обстановка, порожденная столкновением интересов и устремлений ведущих европейских держав. В роли агрессора выступила развязавшая войну и давно готовившаяся к ней кайзеровская Германия, практически не успевшая к разделу мира на колонии и теперь стремившаяся к его переделу, сокрушению морской мощи Великобритании и к гегемонии на европейском континенте. Ее ближайшая союзница – Австро-Венгрия рассчитывала в результате войны подчинить себе Балканы, освободившиеся от власти одряхлевшей османской Турции. Стремления этих держав сталкивались с жизненными интересами Англии и Франции в их колониальных владениях и одновременно той же Франции и России – на европейском континенте (Россия и сама имела виды на Балканы, и не могла позволить воинственной Германской империи занять место наполеоновской Франции; Франция же, в свою очередь, жаждала реванша за разгром в войне 1870 года и возврата потерянных тогда Эльзаса и Лотарингии).