Председателем кораблестроительного отделения морского технического комитета был Андрей Александрович Попов, который не скрывал своего возмущения действиями, а точнее бездействием, Бутакова. Руководство Балтийского завода, чтобы не срывать сроков изготовления фрегата и механизмов, распорядилось приступить к постройке. При этом строители не имели от морского министерства ни наряда, ни полномочий для ведения работ. Строительство началось без контроля со стороны военных, из материалов, привезенных из-за границы без письменного согласия Морского министерства. 12 мая Бутаков получил строгое замечание от генерал-адмирала за то, что контракты с Балтийским заводом не заключены. После чего Григорий Иванович написал очередной рапорт управляющему Морским министерством. Содержание рапорта вызывает недоумение. Видимо, Бутаков всё не мог забыть, что управляющий Морским министерством контр-адмирал Пещуров был когда-то его подчинённым в Англии во время службы военно-морским агентом. На основании материалов, собранных капитаном над портом Николаем Васильевичем Копытовым, Бутаков до этого уже четыре раза писал Пещурову, сообщая ему о своём требовании правлению Балтийского завода снизить стоимость заказов на 1 086 740 рублей. И каждый раз Пещуров отвечал, что стоимость заказа необходимо оставить в том виде, как её представляет завод. Управляющего Морским министерством можно было понять: вопрос стоимости постройки фрегата согласовали давно, ещё до назначения Бутакова, который занялся ревизией ранее принятого решения.
В своём последнем рапорте Григорий Иванович, обвинил Пещурова в том, что тот дал устное согласие на использование металла, купленного за рубежом Тогда устное распоряжение Пещурова оформили соответствующим распоряжением канцелярии министерства. Вместо того чтобы принять к исполнению решение, Бутаков написал, что просит возложить на канцелярию, «как ведающую под непосредственным Вашим руководством всеми расчётами с этим заводом, или на другое учреждение министерства, и заключение самого контракта с Балтийским заводом». Это был откровенный вызов.
В общем, Григорий Иванович не только вдрызг разругался с правлением Балтийского завода, но и пошёл на открытый конфликт с управляющим Морским министерством. Стоит ли удивляться тому, что адмирал получил соответствующую отповедь. Но Григорий Иванович продолжал упорствовать. А дальше происходит вообще невероятное! В газету «Голос» неведомым путём попали выписки из секретных рапортов Бутакова управляющему Морским министерством. Корреспондент газеты, основываясь на утверждениях адмирала, написал большую статью, в которой разоблачал правление Балтийского завода, которое якобы наживается на военных заказах, невероятно завышая их стоимость. Нетрудно себе представить реакцию в Морском министерстве и на Балтийском заводе. Началась полемика в печати. Великий князь через управляющего Морским министерством потребовал от Григория Ивановича объяснений. Теперь Бутакову пришлось оправдываться, каким образом секретные сведения попали в открытую печать. Григорий Иванович выражал недоумение, откуда шла утечка информации, утверждал, что копии его рапортов лежали в бюро вместе с деньгами, и ничего у него не тронуто. Его объяснения министру читались как: ищите утечку у себя в канцелярии.
Скандал вышел грандиозный, и многие расценили его так, что Бутаков «копает» под великого князя, зная о неприязненных отношениях между племянником-царём, и дядей — генерал-адмиралом, потому и выдал переписку газетчику. Изучив по документам весь жизненный путь адмирала, я глубоко убеждён, что Григорий Иванович был неспособен на такой поступок. Скорее всего, это сделал какой-то «доброхот» из его окружения или в министерстве.
Вскоре Попова в кораблестроительном отделении сменил вице-адмирал Иван Алексеевич Шестаков.
Андрей Александрович Попов, незадолго до ухода с должности, излил душу Константину «.. Бутаков и Копы-тов выступают против контракта на строительство “Владимира Мономаха” и двух машин с Балтийским заводом… Честный Лесовскии понимал Вас и энергическим пособием Вам отстоял завод. Думаю, что и Пещуров, так же как Лесовскии, смотрит на это дело. Я должен сказать, что прежде я считал Бутакова и Копытова только ничтожными людьми, но теперь я не могу допустить, что они были так глупы, чтоб не могли понимать того, что сделали… при всём желании оправдать их поступки, я не могу отыскать в них честного побуждения». Дружили когда-то в севастопольской юности четыре мушкетёра: Бутаков, Шестаков, Попов и Лесовскии. Сначала рассорились Попов и Бутаков.