С Шестаковым Григорий Иванович вместе проводил гидрографические исследования на Чёрном море, оба тогда получили одинаковые награды. Услышав о назначении Шестакова на должность Попова, Григорий Иванович приободрился, решил, что пришёл не только старинный друг, но и единомышленник. Поэтому он не только вёл с Шестаковым откровенные разговоры, но и передал ему всю свою переписку по Балтийскому заводу. В том числе и заготовленный рапорт на имя генерал-адмирала: «В 1877 году мне удалось помочь отстоять от постройки броненосной “Ливадии” (или “Екатерины II”), и затем я был отстранён от должности и потерял в бюджете своём до настоящего года около 10 тысяч рублей. Не знаю, дорого ли мне обойдётся борьба с Балтийской компанией? Сознаю слабость своих сил — я вооружён только средствами конторы над портом, которая не имеет весьма многих данных, имеющихся в канцелярии министерства, против себя же я, как нарушитель спокойного течения дел, имею целое солидарное министерство и силы Балтийского завода Нельзя не прибавить, что, возбуждая вопрос о высоких ценах, я был в праве ожидать сочувственной готовности вникнуть в такой важный вопрос и всевозможных облегчений по дальнейшему разъяснению его, конечно, не со стороны Балтийского завода Ожидал даже поощрения моему главному помощнику по кораблестроительной части, т.к. его бескорыстная деятельность в этом вопросе заслуживает только признательности начальства Исход дела покажет, неизвестный ли благоприятель, или тайный недруг постарался огласить в печати поднятые вопросы. Но, во всяком случае, он оказал делу медвежью услугу, обострив домашний вопрос и доставив прекрасный случай управляющему Балтийским заводом с полною свободою пускаться в печать со своими разглагольствованиями о бескорыстии завода и греховности автора статьи “Голоса”. Тогда как подобной свободы не имеют и не ищут те, кто находит цены завода непомерными. Лучшим судьёй в этом деле, конечно, не газетные статьи, а беспристрастный трибунал Адмиралтейств-Совета», — писал Григорий Иванович.
Напрасно Бутаков так безгранично доверял Шестакову, считая его по-прежнему своим союзником и другом 8 января 1882 года брат Иван, находившийся в непосредственном подчинении у царя, прислал записку Григорию Ивановичу: «Был я сегодня в Департаменте, там уже все знают о переменах и говорят, что Пещуров начал укладываться для переселения. Осторожность необходима, тем паче мне, ездящему в Гатчино». Видимо, Григорий Иванович питал какие-то иллюзии, что его могут назначить вместо Пещурова управляющим морским министерством. В архиве сохранилась записка Шестакова, датированная тем же днём: «Возвращая тебе все бумаги, которые прочёл внимательно, несмотря на то, что все эти дни завален делами. Терпение и терпение — вот мой искренно дружеский совет. Тебе говорили, что перемены будут; подожди же немного. Весь твой И. Шестаков». Григорий Иванович потом с горечью допишет на записке Шестакова: «Ещё 7 января, а может быть и раньше, он знал, что назначается управляющим Морским министерством».
Правильно говорят, что умные люди ещё не самые лучшие. Иван Алексеевич был не только умным, но и коварным человеком. Он не собирался начинать свою деятельность на посту управляющего Морским министерством с продолжения войны с Бутаковым, которую вёл его предшественник, и водил Григория Ивановича за нос, изображая интерес к его предложениям. Вот записка Шестакова от 13 января, которую он послал Бутакову: «Прикажи Кутейникову (Николай Евлампиевич Кутейников в ту пору был старшим кораблестроителем. —