Но Григорию Ивановичу, приободрившемуся после увольнения генерал-адмирала, не могло и в голову прийти, что Шестаков за его спиной проделал огромную работу, чтобы обойти всех конкурентов и добиться должности управляющего Морским министерством. Когда же вопрос о ею назначении был кулуарно решён, то первое, что сделал «преданный друг», — попросил великого князя Алексея, сменившего Константина, «развести» его с Бутаковым. Тот охотно согласился, поскольку недолюбливал Григория Ивановича, и пообещал поговорить об этом с царём В сентябре состоялось заседание адмиралтейств-совета, под председательством управляющего Морским министерством для разрешения конфликтной ситуации, о чём так ратовал Бутаков. Григорий Иванович собирался выступить на нём с докладом, но ему дали время только для выступления, как и всем остальным. Он рассчитывал на поддержку Шестакова во время разбора дела на адмиралтейств-совете, но жестоко просчитался: тот поддержал его противников. Бутаков остался в одиночестве. Он всё ещё продолжал считать случившееся на совете недоразумением, не хотел замечать предательства Шестакова, продолжал на что-то надеяться. Через три дня после заседания адмиралтейств-совета Ивана Алексеевича Шестакова назначили управляющим Морским министерством Это оказалось полной неожиданностью для Бутакова.
Когда Константина сменил великий князь Алексей, Григорий Иванович настроился на длительную работу. Он даже дал объявление в газетах о том, что «всем служащим, имеющим сообщить о каких-либо технических приспособлениях в судостроении, представляется свободный доступ к нему». Но теперь ему всё стало ясно. С Андреем Александровичем Поповым они воевали с поднятыми забралами, по принципиальным вопросам. А Иван Алексеевич Шестаков, продолжая выдавать себя за друга, нанёс ему удар в спину. А тем временем Шестаков, Алексей и царь решали его судьбу. Александр III согласился с предложением хитроумного Шестакова назначить Григория Ивановича в Государственный совет. Решили до времени об этом не объявлять. Уволили Григория Ивановича Бутакова из Морского министерства тихо, без скандала, можно даже сказать, изящно. Сначала Санкт-Петербургский порт перевели во 2-й разряд, и Бутаков снова потерял в окладе, а потом должность главного командира порта вообще упразднили. Григорий Иванович оказался за штатом. Вот тогда-то Бутакову и предложили место в Государственном совете. Как отметил в своих дневниковых записках Шестаков, Григорий Иванович понял, что потерпел окончательное поражение. Он был полностью сломлен. Человек, которого он считал другом, оказался врагом.
Ею навсегда отлучили от морской службы. Тогда, как удовлетворённо отметил Шестаков, Григорий Иванович попросил лишь сохранить ему прежнее жалованье, и «совсем успокоился». Умело избавился Иван Алексеевич и от капитана 1-го ранга Николая Васильевича Копытова, ближайшего соратника Бутакова в борьбе с Балтийским заводом Ему присвоили звание контр-адмирала и отправили из Петербурга командовать отрядом судов в Тихом океане вместо контр-адмирала Асланбегова. Бутаков тяжело переживал случившееся, даже слёг. Но это был не последний удар судьбы. 18 апреля ему сообщили о скоропостижной кончине его брата Ивана, генерал-адъютанта, вице-адмирала, эскадр-майора царя (эскадр-майор заведовал царскими судами. —
По приказу Шестакова покойного доставили в бывшую квартиру Бутакова в Адмиралтействе, сообщили семье и организовали похороны. Григория Ивановича похоронили со всеми подобающими полному адмиралу и члену Государственного совета почестями на кладбище Александро-Невской лавры. Памятник на его могиле соорудили на средства, собранные по подписке среди моряков. Амалии Арсеньевне назначили пенсию 877 рублей 98 копеек. По традиции того времени вдова пожертвовала тысячу рублей, чтобы процент с этой суммы выдавался ежегодно в виде приза имени покойного адмирала победителю гонок катеров без рулей, под парусами.